[R-sig-Debian] R 2.11 on Ubuntu 9.10 does not complain abt unexisting objects

mat matthieu.stigler at gmail.com
Tue May 11 19:25:34 CEST 2010


Dirk Eddelbuettel a écrit :
> On 11 May 2010 at 15:29, Matthieu Stigler wrote:
> | Dirk Eddelbuettel a écrit :
> | > On 11 May 2010 at 09:08, Matthieu Stigler wrote:
> | > | Hi
> | > | 
> | > | I recently updated to R 2.11 and see a strange problem. When run into 
> | > | the console, R does not warn when calling an unexisting object, see 
> | > | below. I don't know if this is related, but I am not able to run the R 
> | > | CMD BATCH properly... Did someone see a similar problem? Which 
> | > | information can I provide more on this problem?
> | > | 
> | > | Thanks for help!
> | > | 
> | > | Matthieu
> | > | 
> | > |  $R
> | > | 
> | > | R version 2.11.0 (2010-04-22)
> | > | Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
> | > | ISBN 3-900051-07-0
> | > | 
> | > | R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
> | > | Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
> | > | Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
> | > | 
> | > | R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
> | > | Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
> | > | 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
> | > | 
> | > | Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
> | > | en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
> | > | Tapez 'q()' pour quitter R.
> | > | 
> | > |  > abakljhdk
> | > |  > sdfhkjh
> | > |  >
> | > | 
> | > |  >sessionInfo()
> | > | R version 2.11.0 (2010-04-22)
> | > | i486-pc-linux-gnu
> | > | 
> | > | locale:
> | > |  [1] LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8       LC_NUMERIC=C             
> | > |  [3] LC_TIME=fr_FR.UTF-8        LC_COLLATE=fr_FR.UTF-8   
> | > |  [5] LC_MONETARY=C              LC_MESSAGES=fr_FR.UTF-8  
> | > |  [7] LC_PAPER=fr_FR.UTF-8       LC_NAME=C                
> | > |  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C           
> | > | [11] LC_MEASUREMENT=fr_FR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C      
> | > | 
> | > | attached base packages:
> | > | [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
> | >
> | > Cannot reproduce this:
> | >
> | >   edd at joe:~$ R
> | >   
> | >   R version 2.11.0 (2010-04-22)
> | >   Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
> | >   ISBN 3-900051-07-0
> | >   
> | >   R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
> | >   You are welcome to redistribute it under certain conditions.
> | >   Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
> | >   
> | >     Natural language support but running in an English locale
> | >   
> | >   R is a collaborative project with many contributors.
> | >   Type 'contributors()' for more information and
> | >   'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
> | >   
> | >   Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
> | >   'help.start()' for an HTML browser interface to help.
> | >   Type 'q()' to quit R.
> | >   
> | >   R> asdasdgAf
> | >   Error: object 'asdasdgAf' not found
> | >   R> 
> | >
> | >   
> | > How did you start R?  What other irregular settings could you have?
> | >
> | > I doubt this has anything to do with R 2.11.0 or any other version.  You may
> | > have hosed something else on your system. 
> | >
> | >   
> | thanks for your answer Dirk!
> | 
> | Well the fact is that I have the same problem on my computer at home... 
> | which has the same configuration (R 2.11 with Ubuntu 9.10). I feel the 
> | problem come actually from revolution-r.
> | 
> | I realized indeed that I have the same problem using emacs, but not 
> | using another Gui Rkward... When starting emacs or console R, I have:
> |  >ls()
> | [1] "hasRevoR" "ow"       "quiet"  
> |  > quiet
> | [1] FALSE
> |  > hasRevoR
> | [1] TRUE
> |  > ow
> | $warn
> | [1] 0
> |  >sdkfjh
> | 
> | 
> | $show.error.messages
> | [1] TRUE
> | 
> | While in rkward:
> |  >ls()
> | [1] "quiet"
> | 
> | quiet
> | [1] TRUE
> |  >dgh
> | Erreur : objet 'dgh' introuvable
> | 
> | And indeed, removing revo-r
> | sudo apt-get remove r-revolution-revobase
> | 
> | resolved my problem... And the other problem mentioned (R CMD BATCH does 
> | not work) seems to have been solved also!
>
> That still makes little sense.  My machine stil has the revo packages --
> which are not in part 'shadowed' by the newer R versions in Ubuntu and in
> CRAN's Ubuntu repository -- and I have none of the problems you show here.
>
> And for that matter neither do numerous other Ubuntu users from whom we would
> have heard here.
>   
yes, that's strange! I don't understand why I have it on my two machines 
but nobody else! I confirm btw that removing r-revolution also solved 
the same problem on the home machine, see:
mat at cunix:~$ R

R version 2.11.0 (2010-04-22)
Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.

R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.

Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

 > asdkfjh
 > asdf
 > q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
mat at cunix:~$ sudo apt-get remove r-revolution-revobase
[sudo] password for mat:
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances      
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus 
nécessaires :
  revolution-mkl r-cran-dosnow r-cran-domc php5-cli r-cran-iterators
  r-cran-foreach php5-common
Veuillez utiliser « apt-get autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
  r-revolution-revobase revolution-r
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 2 à enlever et 0 non mis à jour.
Après cette opération, 283ko d'espace disque seront libérés.
Souhaitez-vous continuer [O/n] ?
(Lecture de la base de données... 325878 fichiers et répertoires déjà 
installés.)
Suppression de revolution-r ...
Suppression de r-revolution-revobase ...
mat at cunix:~$ R

R version 2.11.0 (2010-04-22)
Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.

R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.

Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

REvolution R enhancements not installed.  For improved
performance and other extensions: apt-get install revolution-r

 > sdg
Erreur : objet 'sdg' introuvable
 >

> | Should I make a bug report? On launchpad?
>
> Respectfully, I think you have too little evidence for any bug report.
>
>



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