[R-es] error estándar en un modelo AFT, a mano, en R

Alberto Carmona Bayonas @|berto@c@rmon@b@yon@@ @end|ng |rom gm@||@com
Dom Jul 7 11:10:13 CEST 2019


Hola, me gustaría aprender a obtener el error estándar de una predicción de
supervivencia de un modelo AFT (pe., la probabilidad de supervivencia a un
año), por el método delta.
Esto se hace de forma trivial con la función survest del paquete rms, pero
a mí me gustaría saber reproducirlo a mano.
Sin embargo, cuando he tratado de calcular el método delta a mano obtengo
una cifra equivocada.
¿Alguien puede ayudarme?
Para tratar de reproducir la estimación, incluyo un código de ejemplo:

library(survival)
library(rms)
data(lung)
head(lung)

ddist <- datadist(lung) options(datadist='ddist') lung$SurvObj <-
with(lung, Surv(time, status == 2))
fit <- psm(SurvObj ~ rcs(age,3)+sex+ph.karno, dist="lognormal", x=T , y=T ,
data=lung)
newdata <- expand.grid(age=70, sex=1, ph.karno=60) #
sur<-survest(fit,newdata,times = 365)
sur # obtengo un SE de 0.16.

# tras ello intento reproducirlo a mano
xb<-surlinear.predictors
survival365<−1−pnorm((log(365)−xb)/fitscale)
pdf <- (dnorm((log(365)-xb)/fitscale))/(365∗fitscale)
x <- c(70,70,70,1,60) # son cinco términos por las splines
se <- pdf %% t(x)%%vcov(fit) %% x %% pdf %>% sqrt
se # obtengo 0.059, aproximadamente la mitad
¿Alguien sabe qué está mal?


--
Alberto Carmona Bayonas
Servicio de Hematología y Oncología Médica
Hospital Universitario Morales Meseguer
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