[R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola.

La "incongruencia" puede deberse a que el test de Fisher y el de Tukey 
se calculan de manera diferente.
En este enlace explican esa y alguna otra  de las posibles causas:

http://www.pmean.com/05/TukeyTest.html

Otra de las posibilidades es que las diferencias entre algunas de las 
variedades sean casi marginales y que tras el ajuste de los p-valores 
para tener en cuenta los múltiples tests su significación sea > 0.05. 
Esto lo podrías comprobar usando la función TukeyHSD(), es decir, 
podrías comprobar qué variedades presentan una diferencia más "próxima a 
la significación" viendo cuáles de los "p.adj." están más próximos a 
0.05 (probablemente sean esos pares de variedades los que causan que el 
ANOVA sea significativo:

TukeyHSD(Za,"variety")



Marcelino.


El 20/02/2018 a las 13:48, Yesica Pallavicini Fernandez escribió:
> Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
> un resultado incongruente.
> Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
> variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
> letra ( lo que significa que no hay diferencias).
> Yo esperaba al menos que  1 variedad sea diferente.
>
> Ya he revisado los datos y están bien.
> He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
> diferentes entre si.
>
> ¿A que se puede deber esta incongruencia?
> ¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
>   ¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)
>
> Gracias
>
> summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))
>
>                   Df Sum Sq Mean Sq  F value   Pr(>F)
> variety          23   30.7     1.3    2.396 0.000680 ***
> treat             1  753.8   753.8 1354.597  < 2e-16 ***
> Y                 1  392.6   392.6  705.634  < 2e-16 ***
> rep               1    6.1     6.1   10.894 0.001151 **
> variety:treat    23   31.1     1.4    2.432 0.000553 ***
> variety:Y        23   26.9     1.2    2.101 0.003570 **
> treat:Y           1   14.8    14.8   26.608 6.21e-07 ***
> variety:treat:Y  23   13.2     0.6    1.030 0.429382
> Residuals       191  106.3     0.6
> ---
> Signif. codes:
> 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
>
> out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)
>
>                 yield groups
> Avispa      7.447222      a
> Pelayo      7.446759      a
> Regallo     7.423611      a
> Olivadur    7.395833      a
> Martinur    7.345833      a
> Iride       7.315278      a
> Amilcar     7.303241      a
> Gallareta   7.223611      a
> Ramirez     7.127315      a
> Sula        6.983796      a
> Sculptur    6.983449      a
> Claudio     6.971759      a
> Simeto      6.910648      a
> Bolo        6.907407      a
> Vitron      6.896759      a
> Bolido      6.878704      a
> Mexa        6.804630      a
> D.Pedro     6.779630      a
> Dorondon    6.724537      a
> D.Ricardo   6.656019      a
> Burgos      6.582870      a
> Tussur      6.529514      a
> D.Sebastian 6.412500      a
> Kiko.Nick   6.374074      a
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España