[R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares
PEDRO CONCEJERO CEREZO
pedro.concejerocerezo en telefonica.com
Mar Feb 20 16:15:34 CET 2018
Hola, Yesica,
Tienes 24 categorias en "variety" y si no me equivoco tienes unos 200 y pico casos. Ademas tienes otros 3 factores. Puede ser que no llegues ni a 10 casos por casilla del producto cartesiano de todos esos factores.
Con ello considero que no tienes potencia suficiente para calcular Tukey, date cuenta que Tukey hace *todas* las comparaciones por pares ("pairwise"), imaginate la combinatoria.
Por lo que te dice el anova efectivamente yo apostaria por que hay diferencias entre "varieties" pero con ese diseño no puedes verificar entre que *subconjuntos* hay diferencias, con pairwise (Tukey es relativamente poco conservador, hay seguro variaciones más liberales, pero aun así el problema es la gran cantidad de varieties).
Una alternativa es planificar comparaciones "a priori", esto es, no todas las varieties contra todas, sino siguiendo alguna hipotesis, subgrupos contra subgrupos. Esto no es complicado, busca en google "a priori comparisons anova" seguro que encontraras informacion relevante.
Esto espero que te ayude sobre la primera pregunta. Sobre las otras:
Claro que puedes confiar en esa p de la F "omnibus", pero como suele suceder con el analisis de experimentos, la clave esta en el diseño. En este caso no es incongruencia, es que es un diseño quizas muy complicado para el numero de casos que has incorporado.
Sobre como hacerlo (uf hace mucho tiempo que no hago analisis de experimentos) he encontrado esto:
http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf<http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf>
Saludos!
Pedro
El 20/02/2018 a las 15:07, r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió:
Message: 1
Date: Tue, 20 Feb 2018 13:48:35 +0100
From: Yesica Pallavicini Fernandez <yesipalla en gmail.com><mailto:yesipalla en gmail.com>
To: r-help-es en r-project.org<mailto:r-help-es en r-project.org>
Subject: [R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares
Message-ID:
<CAD11z9xyhhjPh9PJMUQB2NOxKZ34B1G0YOrKA105TiXEOsHYgg en mail.gmail.com><mailto:CAD11z9xyhhjPh9PJMUQB2NOxKZ34B1G0YOrKA105TiXEOsHYgg en mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.
Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.
¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)
Gracias
summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
variety:Y 23 26.9 1.2 2.101 0.003570 **
treat:Y 1 14.8 14.8 26.608 6.21e-07 ***
variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)
yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
Simeto 6.910648 a
Bolo 6.907407 a
Vitron 6.896759 a
Bolido 6.878704 a
Mexa 6.804630 a
D.Pedro 6.779630 a
Dorondon 6.724537 a
D.Ricardo 6.656019 a
Burgos 6.582870 a
Tussur 6.529514 a
D.Sebastian 6.412500 a
Kiko.Nick 6.374074 a
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