[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Carlos Ortega
cof en qualityexcellence.es
Mar Ago 30 10:25:17 CEST 2016
Hola,
Obtengo el mismo resultado que tú.
En las ayudas no da ninguna indicación de que esa sea la forma, pero si te
funciona...
Yo lo reportaría: https://github.com/yihui/knitr/issues
Ya he visto que has incluido la pregunta en stackoverflow.
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 30 de agosto de 2016, 2:54, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
escribió:
> Muchas gracias Carlos.
>
> Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso #+,
> pero si lo logro cuando uso #". Mi script es spin("prueba.R", knit =
> FALSE) y si me hace un Rmd.
>
> #+
> a = c(1,2,3)
> #+
> mean(a)
>
> Ejecuto,
>
> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>
> y obtengo un prueba.Rmd
>
> ```{r }
> a = c(1,2,3)
> ```{r }
> mean(a)
> ```
>
> Pero si escribo:
>
> #'
> a = c(1,2,3)
> #'
> mean(a)
>
> Ejecucto,
>
> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>
> Obtengo,
>
> ```{r }
> a = c(1,2,3)
> ```
>
>
> ```{r }
> mean(a)
> ```
>
>
> El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
> escribió:
>
>> Hola,
>>
>> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
>> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".
>>
>> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
>> ¿es así?...
>>
>> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
>> ejemplo, que también aparecen separadas:
>>
>>
>> And you can also write two chunks successively like this:
>>
>>
>> ```r
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```
>>
>> ```
>> ## [1] 2.818373
>> ```
>>
>> ```r
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>>
>> ```
>> ## [1] 2.631026
>> ```
>>
>> ```r
>> data(cars)
>> ```
>>
>> ```r
>> cars
>> ```
>>
>> ```
>> ## speed dist
>> ## 1 4 2
>> ## 2 4 10
>> ## 3 7 4
>> ## 4
>>
>>
>> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
>> rmarkdown.
>> Yo tengo la versión
>>
>> > version
>> _
>> platform x86_64-apple-darwin13.4.0
>> arch x86_64
>> os darwin13.4.0
>> system x86_64, darwin13.4.0
>> status
>> major 3
>> minor 3.1
>> year 2016
>> month 06
>> day 21
>> svn rev 70800
>> language R
>> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
>> nickname Bug in Your Hair
>>
>>
>> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>> escribió:
>>
>>> Muchas gracias Carlos.
>>>
>>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>>
>>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>>> diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>>
>>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>>
>>> #+ test-chisq5
>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>> #+ test-chisq4
>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>
>>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>>
>>> ```{r test-chisq5}
>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>> ```{r test-chisq4}
>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>> ```
>>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>>> independientes):
>>>
>>> ```{r test-chisq5}
>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>> ```
>>>
>>> ```{r test-chisq4}
>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>> ```
>>>
>>> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>>> escribió:
>>>
>>>> Hola,
>>>>
>>>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>>>
>>>>
>>>> He probado spin() sobre este script:
>>>> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>>>
>>>> Y ha funcionado perfectamente.
>>>>
>>>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en
>>>> el html y como en el .md los chunks salen separados....
>>>>
>>>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>>>
>>>> Saludos,
>>>> Carlos Ortega
>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>>>> escribió:
>>>>
>>>>> Estimados miembros de la lista,
>>>>>
>>>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
>>>>> entender
>>>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
>>>>> inicio de
>>>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.
>>>>> En
>>>>> el ejemplo abajo
>>>>>
>>>>> #+
>>>>> data(cars)
>>>>>
>>>>> #+
>>>>> cars
>>>>>
>>>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>>>
>>>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>>>> ---------------------------------------------------------
>>>>>
>>>>> #' Traer datos
>>>>>
>>>>> #+
>>>>> data(cars)
>>>>>
>>>>> #+
>>>>> cars
>>>>>
>>>>> #' Gráfico
>>>>>
>>>>> #+
>>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>>>
>>>>> ------------------------------------------------------------------
>>>>>
>>>>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>>>>
>>>>> Traer datos
>>>>>
>>>>> ```{r }
>>>>> data(cars)
>>>>>
>>>>> ```{r }
>>>>> cars
>>>>> ```
>>>>>
>>>>> Gráfico
>>>>>
>>>>> ```{r }
>>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>>> ```
>>>>>
>>>>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2
>>>>> chunks
>>>>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> --
>>>>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>>>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>>>> Universidad Nacional
>>>>> Apartado 1350-3000
>>>>> Heredia
>>>>> COSTA RICA
>>>>> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
>>>>> mspinola10 en gmail.com
>>>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>>>>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
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>>>>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
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