[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Manuel Spínola
mspinola10 en gmail.com
Mar Ago 30 14:19:55 CEST 2016
Muchas gracias Carlos.
Si incluí una versión en inglés de mi pregunta en Stackoverflow. Veamos
que responden.
Manuel
El 30 de agosto de 2016, 2:25, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> Obtengo el mismo resultado que tú.
> En las ayudas no da ninguna indicación de que esa sea la forma, pero si te
> funciona...
>
> Yo lo reportaría: https://github.com/yihui/knitr/issues
>
> Ya he visto que has incluido la pregunta en stackoverflow.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 30 de agosto de 2016, 2:54, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso
>> #+, pero si lo logro cuando uso #". Mi script es spin("prueba.R", knit =
>> FALSE) y si me hace un Rmd.
>>
>> #+
>> a = c(1,2,3)
>> #+
>> mean(a)
>>
>> Ejecuto,
>>
>> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>>
>> y obtengo un prueba.Rmd
>>
>> ```{r }
>> a = c(1,2,3)
>> ```{r }
>> mean(a)
>> ```
>>
>> Pero si escribo:
>>
>> #'
>> a = c(1,2,3)
>> #'
>> mean(a)
>>
>> Ejecucto,
>>
>> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>>
>> Obtengo,
>>
>> ```{r }
>> a = c(1,2,3)
>> ```
>>
>>
>> ```{r }
>> mean(a)
>> ```
>>
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
>>> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".
>>>
>>> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
>>> ¿es así?...
>>>
>>> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
>>> ejemplo, que también aparecen separadas:
>>>
>>>
>>> And you can also write two chunks successively like this:
>>>
>>>
>>> ```r
>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ## [1] 2.818373
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ## [1] 2.631026
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> data(cars)
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> cars
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ## speed dist
>>> ## 1 4 2
>>> ## 2 4 10
>>> ## 3 7 4
>>> ## 4
>>>
>>>
>>> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
>>> rmarkdown.
>>> Yo tengo la versión
>>>
>>> > version
>>> _
>>> platform x86_64-apple-darwin13.4.0
>>> arch x86_64
>>> os darwin13.4.0
>>> system x86_64, darwin13.4.0
>>> status
>>> major 3
>>> minor 3.1
>>> year 2016
>>> month 06
>>> day 21
>>> svn rev 70800
>>> language R
>>> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
>>> nickname Bug in Your Hair
>>>
>>>
>>> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>>
>>>
>>> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>>> escribió:
>>>
>>>> Muchas gracias Carlos.
>>>>
>>>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>>>
>>>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>>>> diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>>>
>>>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>>>
>>>> #+ test-chisq5
>>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>>> #+ test-chisq4
>>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>>
>>>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>>>
>>>> ```{r test-chisq5}
>>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>>> ```{r test-chisq4}
>>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>> ```
>>>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>>>> independientes):
>>>>
>>>> ```{r test-chisq5}
>>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>>> ```
>>>>
>>>> ```{r test-chisq4}
>>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>> ```
>>>>
>>>> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>>>> escribió:
>>>>
>>>>> Hola,
>>>>>
>>>>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>>>>
>>>>>
>>>>> He probado spin() sobre este script:
>>>>> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>>>>
>>>>> Y ha funcionado perfectamente.
>>>>>
>>>>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto
>>>>> en el html y como en el .md los chunks salen separados....
>>>>>
>>>>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>>>>
>>>>> Saludos,
>>>>> Carlos Ortega
>>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>>>>> escribió:
>>>>>
>>>>>> Estimados miembros de la lista,
>>>>>>
>>>>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
>>>>>> entender
>>>>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
>>>>>> inicio de
>>>>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de
>>>>>> chunk. En
>>>>>> el ejemplo abajo
>>>>>>
>>>>>> #+
>>>>>> data(cars)
>>>>>>
>>>>>> #+
>>>>>> cars
>>>>>>
>>>>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>>>>
>>>>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>>>>> ---------------------------------------------------------
>>>>>>
>>>>>> #' Traer datos
>>>>>>
>>>>>> #+
>>>>>> data(cars)
>>>>>>
>>>>>> #+
>>>>>> cars
>>>>>>
>>>>>> #' Gráfico
>>>>>>
>>>>>> #+
>>>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>>>>
>>>>>> ------------------------------------------------------------------
>>>>>>
>>>>>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>>>>>
>>>>>> Traer datos
>>>>>>
>>>>>> ```{r }
>>>>>> data(cars)
>>>>>>
>>>>>> ```{r }
>>>>>> cars
>>>>>> ```
>>>>>>
>>>>>> Gráfico
>>>>>>
>>>>>> ```{r }
>>>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>>>> ```
>>>>>>
>>>>>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2
>>>>>> chunks
>>>>>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
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>>>>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>>>>> Universidad Nacional
>>>>>> Apartado 1350-3000
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