[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Manuel Spínola
mspinola10 en gmail.com
Mar Ago 30 02:54:24 CEST 2016
Muchas gracias Carlos.
Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso #+,
pero si lo logro cuando uso #". Mi script es spin("prueba.R", knit =
FALSE) y si me hace un Rmd.
#+
a = c(1,2,3)
#+
mean(a)
Ejecuto,
> spin("prueba.R", knit = FALSE)
y obtengo un prueba.Rmd
```{r }
a = c(1,2,3)
```{r }
mean(a)
```
Pero si escribo:
#'
a = c(1,2,3)
#'
mean(a)
Ejecucto,
> spin("prueba.R", knit = FALSE)
Obtengo,
```{r }
a = c(1,2,3)
```
```{r }
mean(a)
```
El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".
>
> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
> ¿es así?...
>
> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
> ejemplo, que también aparecen separadas:
>
>
> And you can also write two chunks successively like this:
>
>
> ```r
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.818373
> ```
>
> ```r
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.631026
> ```
>
> ```r
> data(cars)
> ```
>
> ```r
> cars
> ```
>
> ```
> ## speed dist
> ## 1 4 2
> ## 2 4 10
> ## 3 7 4
> ## 4
>
>
> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
> rmarkdown.
> Yo tengo la versión
>
> > version
> _
> platform x86_64-apple-darwin13.4.0
> arch x86_64
> os darwin13.4.0
> system x86_64, darwin13.4.0
> status
> major 3
> minor 3.1
> year 2016
> month 06
> day 21
> svn rev 70800
> language R
> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
> nickname Bug in Your Hair
>
>
> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>
>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>> diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>
>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>
>> #+ test-chisq5
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> #+ test-chisq4
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>
>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>> independientes):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```
>>
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>>
>>>
>>> He probado spin() sobre este script:
>>> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>>
>>> Y ha funcionado perfectamente.
>>>
>>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en
>>> el html y como en el .md los chunks salen separados....
>>>
>>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>>
>>>
>>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>>> escribió:
>>>
>>>> Estimados miembros de la lista,
>>>>
>>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
>>>> entender
>>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
>>>> inicio de
>>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.
>>>> En
>>>> el ejemplo abajo
>>>>
>>>> #+
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> #+
>>>> cars
>>>>
>>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>>
>>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>>> ---------------------------------------------------------
>>>>
>>>> #' Traer datos
>>>>
>>>> #+
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> #+
>>>> cars
>>>>
>>>> #' Gráfico
>>>>
>>>> #+
>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>>
>>>> ------------------------------------------------------------------
>>>>
>>>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>>>
>>>> Traer datos
>>>>
>>>> ```{r }
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> ```{r }
>>>> cars
>>>> ```
>>>>
>>>> Gráfico
>>>>
>>>> ```{r }
>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>> ```
>>>>
>>>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2
>>>> chunks
>>>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>>> Universidad Nacional
>>>> Apartado 1350-3000
>>>> Heredia
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