[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

Carlos Ortega cof en qualityexcellence.es
Mar Ago 30 01:45:36 CEST 2016


Hola,

A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".

En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk, ¿es
así?...

Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
ejemplo, que también aparecen separadas:


And you can also write two chunks successively like this:


```r
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```

```
## [1] 2.818373
```

```r
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```

```
## [1] 2.631026
```

```r
data(cars)
```

```r
cars
```

```
##    speed dist
## 1      4    2
## 2      4   10
## 3      7    4
## 4


No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
rmarkdown.
Yo tengo la versión

> version
               _
platform       x86_64-apple-darwin13.4.0
arch           x86_64
os             darwin13.4.0
system         x86_64, darwin13.4.0
status
major          3
minor          3.1
year           2016
month          06
day            21
svn rev        70800
language       R
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair


Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es



El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
escribió:

> Muchas gracias Carlos.
>
> Tengo la versión de knitr 1.14
>
> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
> diferentes.  Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>
> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>
> #+ test-chisq5
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> #+ test-chisq4
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>
> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>
> ```{r test-chisq5}
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> ```{r test-chisq4}
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
> ```
> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
> independientes):
>
> ```{r test-chisq5}
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> ```
>
> ```{r test-chisq4}
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
> ```
>
> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
> escribió:
>
>> Hola,
>>
>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>
>>
>> He probado spin() sobre este script:
>> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>
>> Y ha funcionado perfectamente.
>>
>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en
>> el html y como en el .md los chunks salen separados....
>>
>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>>
>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
>> escribió:
>>
>>> Estimados miembros de la lista,
>>>
>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
>>> entender
>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio
>>> de
>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.  En
>>> el ejemplo abajo
>>>
>>> #+
>>> data(cars)
>>>
>>> #+
>>> cars
>>>
>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>
>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>> ---------------------------------------------------------
>>>
>>> #' Traer datos
>>>
>>> #+
>>> data(cars)
>>>
>>> #+
>>> cars
>>>
>>> #' Gráfico
>>>
>>> #+
>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>>
>>> ------------------------------------------------------------------
>>>
>>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>>
>>> Traer datos
>>>
>>> ```{r }
>>> data(cars)
>>>
>>> ```{r }
>>> cars
>>> ```
>>>
>>> Gráfico
>>>
>>> ```{r }
>>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>> ```
>>>
>>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks
>>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>> Universidad Nacional
>>> Apartado 1350-3000
>>> Heredia
>>> COSTA RICA
>>> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
>>> mspinola10 en gmail.com
>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
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>>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
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>>
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
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