[R-es] Knitr problema con xtable

[Rodrigo López Correa]

Muchas gracias Javier, posiblemente sea eso.

Saludos,

Rodrigo.

El 18 de septiembre de 2015, 9:26, Javier Rubén Marcuzzi <
javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:

> Posiblemente es la compilación. Hace un tiempo que no toco lyx, en algunas
> oportunidades es genial y en otras da trabajo. Pienso en lo siguiente, por
> ejemplo en latex para las referencias bibliográficas hay que compilar dos
> veces el mismo archivo (salvo una actualización que desconozco si existe).
> Lyx usa el compilador de latex, latex usa varios archivos para llegar al
> resultado, el ejemplo 1 tiene knitr. ¿Qué pasa si la superposición de capas
> hace que la compilación de problemas?
>
>
>
> Javier Rubén Marcuzzi
> Técnico en Industrias Lácteas
> Veterinario
>
>
>
>
>
>
> *De: *Rodrigo López Correa
> *Enviado: *lunes, 10 de agosto de 2015 16:20
> *Para: *R-help-es
> *Asunto: *[R-es] Knitr problema con xtable
>
>
>
>
>
> Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx
>
> y tengo el siguiente problema:
>
>
>
> 1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una
>
> tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx.
>
>
>
>
>
> ## @knitr q1
>
>
>
> library(knitr)
>
>
>
> library(RMySQL)
>
>
>
> library(xtable)
>
>
>
>
>
> #abro la base datos mysql
>
>
>
> con <- dbConnect(MySQL(),
>
>
>
>                  user="XXX", password="xxx",
>
>
>
>                  dbname="hol", host="xxx")
>
>
>
>
>
> uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;")
>
>
>
> quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5)))
>
>
>
> quantile(uno$nhijl,probs=0.5)
>
>
>
> quantile(uno$nhijl,probs=0.75)
>
>
>
> min(uno$nhijl)
>
>
>
> max(uno$nhijl)
>
>
>
>
>
> #tabla
>
>
>
>
> tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5),
>
> mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl)))))
>
>
>
> rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil", "Mediana", "Media",
>
> "3er.cuartil", "Máximo"))
>
>
>
> print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE)
>
>
>
>
>
> 2) Desde Lyx quise leer el script en R:
>
>
>
> <<>>=
>
>
>
> read_chunk("descriptiva_resumen.R")
>
>
>
> @
>
>
>
> <<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>=
>
>
>
> @
>
>
>
> *Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes
>
> 2 opciones con resultados diferentes:*
>
>
>
> 3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf los
>
> resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo
>
> visualizar.
>
>
>
> Entonces las 2 opciones que seguí fueron:
>
>
>
> OPCION 3.1:
>
>
>
> - Cerré el archivo pdf
>
>
>
> - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
>
>
>
> - Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*.
>
>
>
> Resultado: *Falló la exportación*
>
>
>
> OPTION 3.2
>
>
>
> *- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3),
>
>
>
> - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
>
>
>
> - Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había
>
> minimizado.*
>
>
>
>
>
> Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script*
>
>
>
>
>
> *No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el
>
> resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original
>
> results""asis"  y sin tener que hacer tantos pasos. *
>
>
>
> Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda!
>
>
>
> Saludos,
>
>
>
> Rodrigo.
>
>
>
> --
>
> *Dr. Rodrigo López Correa.*
>
>
>
> Miguel Barreiro 3186.
>
> Montevideo.
>
> Uruguay.
>
> Cel: 099 660 549.
>
>
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> R-help-es mailing list
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> R-help-es en r-project.org
>
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>
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-- 
*Dr. Rodrigo López Correa.*

Miguel Barreiro 3186.
Montevideo.
Uruguay.
Cel: 099 660 549.

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