[R-es] Knitr problema con xtable

[Javier Rubén Marcuzzi]

Posiblemente es la compilación. Hace un tiempo que no toco lyx, en algunas oportunidades es genial y en otras da trabajo. Pienso en lo siguiente, por ejemplo en latex para las referencias bibliográficas hay que compilar dos veces el mismo archivo (salvo una actualización que desconozco si existe). Lyx usa el compilador de latex, latex usa varios archivos para llegar al resultado, el ejemplo 1 tiene knitr. ¿Qué pasa si la superposición de capas hace que la compilación de problemas? 

Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario



De: Rodrigo López Correa
Enviado: lunes, 10 de agosto de 2015 16:20
Para: R-help-es
Asunto: [R-es] Knitr problema con xtable


Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx
y tengo el siguiente problema:

1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una
tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx.


## @knitr q1

library(knitr)

library(RMySQL)

library(xtable)


#abro la base datos mysql

con <- dbConnect(MySQL(),

                 user="XXX", password="xxx",

                 dbname="hol", host="xxx")


uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;")

quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5)))

quantile(uno$nhijl,probs=0.5)

quantile(uno$nhijl,probs=0.75)

min(uno$nhijl)

max(uno$nhijl)


#tabla

tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5),
mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl)))))

rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil", "Mediana", "Media",
"3er.cuartil", "Máximo"))

print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE)


2) Desde Lyx quise leer el script en R:

<<>>=

read_chunk("descriptiva_resumen.R")

@

<<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>=

@

*Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes
2 opciones con resultados diferentes:*

3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf los
resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo
visualizar.

Entonces las 2 opciones que seguí fueron:

OPCION 3.1:

- Cerré el archivo pdf

- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original

- Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*.

Resultado: *Falló la exportación*

OPTION 3.2

*- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3),

- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original

- Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había
minimizado.*


Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script*


*No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el
resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original
results""asis"  y sin tener que hacer tantos pasos. *

Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda!

Saludos,

Rodrigo.

-- 
*Dr. Rodrigo López Correa.*

Miguel Barreiro 3186.
Montevideo.
Uruguay.
Cel: 099 660 549.

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