[R-es] Problemas al intentar cargar datos

[daniel]

Dolors,

A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el
paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la
librería libcurl.

Daniel Merino

El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García <
victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:

> Hola Dolors,
>
> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en
> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN).
>
> En la página del paquete (
> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
> tienes la orden para instalarlo:
>
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> > biocLite("GEOquery")
>
>
> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en
> CRAN:
>
> Biobase:
> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
> limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
>
> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero
> cambiando el nombre al paquete correspondiente).
>
> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de
> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la
> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena
> compatibilidad con nuevos paquetes.
>
> Espero que te sirva,
>
> Un saludo
>
> Víctor Granda García
> Ph.D. Student
> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo
>
> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas <
> dolors1985 en gmail.com> escribió:
>
> > Hola, buenas tardes,
> >
> >
> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con
> > versión de R  2.15.2 de 32 bits en windows xp.
> > he utilizado el siguiente codigo:
> >
> > library(Biobase)
> > library(GEOquery)
> > library(limma)
> > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
> >
> > Al hacerlo me da este error:
> >
> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE)  : couldn't connect to
> host"
> >
> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al
> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
> >
> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
> >
> > utilizando la siguiente sintaxis:
> >
> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
> >
> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de los
> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)"
> >
> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64
> bits).
> >
> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
> >
> > Muchas gracias
> >
> > Dolors
> >
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Daniel

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