[R-es] Problemas al intentar cargar datos

[dolors giralt casellas]

Muchas gracias!

Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono.

Dolors

2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel <daniel319 en gmail.com>:

> Dolors,
>
> A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el
> paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la
> librería libcurl.
>
> Daniel Merino
>
> El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García <
> victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:
>
> Hola Dolors,
>>
>> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en
>> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN).
>>
>> En la página del paquete (
>> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
>> tienes la orden para instalarlo:
>>
>> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>> > biocLite("GEOquery")
>>
>>
>> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en
>> CRAN:
>>
>> Biobase:
>> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
>> limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
>>
>> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero
>> cambiando el nombre al paquete correspondiente).
>>
>> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de
>> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la
>> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena
>> compatibilidad con nuevos paquetes.
>>
>> Espero que te sirva,
>>
>> Un saludo
>>
>> Víctor Granda García
>> Ph.D. Student
>> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo
>>
>> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas <
>> dolors1985 en gmail.com> escribió:
>>
>> > Hola, buenas tardes,
>> >
>> >
>> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con
>> > versión de R  2.15.2 de 32 bits en windows xp.
>> > he utilizado el siguiente codigo:
>> >
>> > library(Biobase)
>> > library(GEOquery)
>> > library(limma)
>> > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
>> >
>> > Al hacerlo me da este error:
>> >
>> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE)  : couldn't connect to
>> host"
>> >
>> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y
>> al
>> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
>> >
>> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
>> >
>> > utilizando la siguiente sintaxis:
>> >
>> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
>> >
>> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
>> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
>> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de
>> los
>> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)"
>> >
>> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64
>> bits).
>> >
>> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
>> >
>> > Muchas gracias
>> >
>> > Dolors
>> >
>> >         [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-help-es mailing list
>> > R-help-es en r-project.org
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >
>>
>>         [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Daniel
>

	[[alternative HTML version deleted]]