[BioC] (no subject)

[Wolfgang Huber]

Dear Emilie

I think you will increase your chances of getting a useful reply if you 
follow the posting guide.

      Wolfgang

On Jun/14/10 3:57 PM, emilie sohier wrote:
> Hello, i am a French bioinformatics student.
>
> I want to use the crlmm package to make the copy number,for this i use the function
>
>> gensnp=genotype(file.path("SNP6",filessnp),cdfName="genomewidesnp6",copynumber=TRUE)
>> cnSet=crlmmCopynumber(gensnp2[[1]])
>> cn=copyNumber(cnSet)
>
>
> But i have the result
>> cn
> SNP_A-1989634 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> SNP_A-1989647 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> SNP_A-1989659 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> SNP_A-4266322 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> SNP_A-1989663 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> SNP_A-1989664 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
>
> I don't know why.
>
> Thanks for your help.
>
> _______________________________________________
> Bioconductor mailing list
> Bioconductor at stat.math.ethz.ch
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioconductor
> Search the archives: http://news.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor

-- 


Wolfgang Huber
EMBL
http://www.embl.de/research/units/genome_biology/huber