[BioC] Problem with some exonmap X.to.Y functions

[Sophie Gallina]

Hi,

I have problems with some exonmap functions :
I  made test for the functions X.to.Y described in the page
http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/exonmap/html/X.toY.html
using  ensembl ID for TP53 gene.

probeset.to.exon and exon.to.probeset work fine,
the other functions do not work, that is

    probeset.to.transcript, probeset.to.gene,
    exon.to.transcript, exon.to.gene
    transcript.to.exon, transcript.to.probeset, transcript.to.gene
    gene.to.exon, gene.to.probeset
    symbol.to.probeset, symbol.to.gene

plot.gene don't work neither.

What I am missing ?
Thanks,
Sophie Gallina

Here is the trace of  the execution
=================================================
R version 2.5.1 (2007-06-27)
Copyright (C) 2007 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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 > library(exonmap)
Le chargement a nécessité le package : affy
Le chargement a nécessité le package : Biobase
Le chargement a nécessité le package : tools

Welcome to Bioconductor

  Vignettes contain introductory material. To view, type
  'openVignette()'. To cite Bioconductor, see
  'citation("Biobase")' and for packages 'citation(pkgname)'.

Le chargement a nécessité le package : affyio
Le chargement a nécessité le package : simpleaffy
Le chargement a nécessité le package : genefilter
Le chargement a nécessité le package : survival
Le chargement a nécessité le package : splines
Le chargement a nécessité le package : RColorBrewer
Le chargement a nécessité le package : RMySQL
Le chargement a nécessité le package : DBI
Le chargement a nécessité le package : plier
 > xmapDatabase("Human")
Switching to human database...
done.
 > # the probeset 3102398 is in TP53 gene
 > # ENSG00000141510 : ensembl gene ID for TP53
 > # ENST00000269305 : one of the ensembl Transcript ID for TP53
 > # ENSE00000697174 : one of the ensembl exon ID for TP53
 >
 > # the 2 next functions are OK
 > probeset.to.exon("3102398")
[1] "ENSE00000697174"
 > exon.to.probeset("ENSE00000697174")
[1] "3102398"
 >
 > # next ones don't work
 > probeset.to.transcript("3102398");
[1] NA
 > probeset.to.gene("3102398");
[1] NA
 > exon.to.transcript("ENSE00000697174")
[1] NA
 > exon.to.gene("ENSE00000697174")
[1] NA
 > transcript.to.exon("ENST00000269305")
NULL
 > transcript.to.probeset("ENST00000269305")
NULL
 > transcript.to.gene("ENST00000269305")
NULL
 > gene.to.exon("ENSG00000141510")
NULL
 > gene.to.probeset("ENSG00000141510")
NULL
 > symbol.to.probeset("TP53", 
db=c("hugo","symbol","UniProt","RefSeqPeptide","RFAM","UniProtSpliceVariant","miRNA"))
NULL
 > symbol.to.gene("TP53")
NULL
 >
 > plot.gene("ENSG00000141510")
Erreur dans apply(all.probes[all.probes[, 5] != 1, ], 1, function(p) { :
    dim(X) doit avoir un longueur positive
Exécution arrêtée


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Génomique et physiologie moléculaire des maladies métaboliques
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