[Bioc-devel] Build failing for MutationalPatterns

[Martin Morgan]

On 11/29/2017 09:58 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
> Dear Bioconductor,
> 
> The build for MutationalPatterns has been failing for a week.  The exact same code built fine, because the last commit ups the version number to 1.4.1, which is the version that is available on Bioconductor.
> 
> I also cannot reproduce the error with the code from upstream on my computer. What can we do about this to fix the build on your infrastructure?

I reproduced this on my linux laptop, installing the package and then 
running

   MutationalPatterns/vignettes master$ Rdev CMD Sweave --pdf 
Introduction_to_MutationalPatterns.Rnw

The key to reproducibility is using the same software as the build 
system -- currently, R-devel and Bioc-devel with current packages

   $ Rdev -e "BiocInstaller::biocVersion()" # 3.7
   $ Rdev -e "BiocInstaller::isDevel()"   # TRUE
   $ Rdev -e "BiocInstaller::biocValid()" # TRUE

and to be sure that you're running in a clean checkout of your package, 
e.g., by cloning into tmp

   $ cd /tmp
   $ git clone https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns

Martin

> 
> Kind regards,
> Roel Janssen
> 
> ------------------------------------------------------------------------------
> 
> De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
> uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
> ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
> te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
> Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
> (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
> de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
> 
> Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
> 
> ------------------------------------------------------------------------------
> 
> This message may contain confidential information and ...{{dropped:10}}