[R-sig-Geo] Error in SpatialPointsDataFrame(...,match.ID=TRUE)?

Thu Oct 10 00:28:21 CEST 2013

I am trying to figure out if I'm missing something very obvious, or if
I came across a potentially serious bug.  I'm using examples from
"Applied Spatial Data Analysis with R" to create a
SpatialPointsDataFrame from the (attached) text file which is from
http://www.asdar-book.org/data2ed.php?chapter=1

The issue I'm having is in the creation of
"CRAN_SpatialPointsDataFrame2" which uses a re-ordered dataframe, but
continues to have the same rownames.  You'll see from the final step
that the coordinates are no longer "in sync" (joined properly) to the
data frame.

Ideas?

###

input_file <- "CRAN051001a.txt" # Attached to this message or from
http://www.asdar-book.org/data2ed.php?chapter=1

# import the file
CRAN_df <- read.table(cran_file,header=TRUE)

# Create a coordinate matrix:
CRAN_mat <- cbind(CRAN_df$long, CRAN_df$lat)

# Add rownames:
row.names(CRAN_mat) <- 1:nrow(CRAN_mat)

# Define a CRS:
CRAN_CRS <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84")

# Create SpatialPointsDataFrame:
CRAN_SpatialPointsDataFrame1 <-
SpatialPointsDataFrame(coords=CRAN_mat,data=CRAN_df,
proj4string=CRAN_CRS,match.ID=TRUE)

# SpatialPoints coords match the dataframe long and lat:
CRAN_SpatialPointsDataFrame1[1,]

# Reorder the dataframe:
s <- sample(nrow(CRAN_df))
CRAN_df_reordered <- CRAN_df[s,]
rownames(CRAN_df_reordered)
rownames(CRAN_df_reordered["1",])

# Now join using match.ID=TRUE:
CRAN_SpatialPointsDataFrame2 <-
SpatialPointsDataFrame(coords=CRAN_mat,data=CRAN_df_reordered,
proj4string=CRAN_CRS,match.ID=TRUE)
CRAN_SpatialPointsDataFrame2["1",]
# Not matching!

-- 
Jonathan A. Greenberg, PhD
Assistant Professor
Global Environmental Analysis and Remote Sensing (GEARS) Laboratory
Department of Geography and Geographic Information Science
University of Illinois at Urbana-Champaign
259 Computing Applications Building, MC-150
605 East Springfield Avenue
Champaign, IL  61820-6371
Phone: 217-300-1924
http://www.geog.illinois.edu/~jgrn/
AIM: jgrn307, MSN: jgrn307 at hotmail.com, Gchat: jgrn307, Skype: jgrn3007
-------------- next part --------------
"place" "north" "east" "loc" "long" "lat"
"Brisbane" "27d28'S" "153d02'E" "Australia" 153.033333333333 -27.4666666666667
"Melbourne" "37d49'S" "144d58'E" "Australia" 144.966666666667 -37.8166666666667
"Wien" "48d13'N" "16d20'E" "Austria" 16.3333333333333 48.2166666666667
"Curitiba" "25d25'S" "49d16'W" "Brazil" -49.2666666666667 -25.4166666666667
"Viçoza" "20d45'S" "42d52'W" "Brazil" -42.8666666666667 -20.75
"Rio de Janeiro" "22d54'S" "43d12'W" "Brazil" -43.2 -22.9
"Piracicaba" "22d43'S" "47d38'W" "Brazil" -47.6333333333333 -22.7166666666667
"Saõ Paulo" "23d32'S" "46d38'W" "Brazil" -46.6333333333333 -23.5333333333333
"Burnaby" "49d15'N" "122d57'W" "British Columbia (CAN)" -122.95 49.25
"Toronto" "43d39'N" "79d23'W" "Ontario (CAN)" -79.3833333333333 43.65
"Nanjing" "32d03'N" "118d47'E" "China" 118.783333333333 32.05
"Aalborg" "57d03'N" "9d56'E" "Denmark" 9.93333333333333 57.05
"Toulouse" "43d36'N" "1d26'E" "France" 1.43333333333333 43.6
"Lyon" "45d45'N" "4d51'E" "France" 4.85 45.75
"Paris" "48d52'N" "2d20'E" "France" 2.33333333333333 48.8666666666667
"Berlin" "52d30'N" "13d22'E" "Germany" 13.3666666666667 52.5
"Hamburg" "53d33'N" "9d59'E" "Germany" 9.98333333333333 53.55
"Köln" "50d56'N" "6d59'E" "Germany" 6.98333333333333 50.9333333333333
"Mainz" "50d01'N" "8d16'E" "Germany" 8.26666666666667 50.0166666666667
"München" "48d08'N" "11d34'E" "Germany" 11.5666666666667 48.1333333333333
"Budapest" "47d30'N" "19d05'E" "Hungary" 19.0833333333333 47.5
"Arezzo" "43d25'N" "11d53'E" "Italy" 11.8833333333333 43.4166666666667
"Ferrara" "44d50'N" "11d35'E" "Italy" 11.5833333333333 44.8333333333333
"Milano" "45d28'N" "9d12'E" "Italy" 9.2 45.4666666666667
"Palermo" "38d07'N" "13d22'E" "Italy" 13.3666666666667 38.1166666666667
"Aizu" "37d30'N" "139d56'E" "Japan" 139.933333333333 37.5
"Tsukuba" "36d13'N" "140d06'E" "Japan" 140.1 36.2166666666667
"Seoul" "37d33'N" "126d58'E" "Korea" 126.966666666667 37.55
"Lublin" "51d15'N" "22d35'E" "Poland" 22.5833333333333 51.25
"Wroclaw" "51d06'N" "17d0'E" "Poland" 17 51.1
"Porto" "41d11'N" "8d36'W" "Portugal" -8.6 41.1833333333333
"Besnica" "46d02'N" "14d49'E" "Slovenia" 14.8166666666667 46.0333333333333
"Ljubljana" "46d03'N" "14d31'E" "Slovenia" 14.5166666666667 46.05
"Cape Town" "33d55'S" "18d22'E" "South Africa" 18.3666666666667 -33.9166666666667
"Grahamstown" "33d19'S" "26d31'E" "South Africa" 26.5166666666667 -33.3166666666667
"Madrid" "40d24'N" "3d41'W" "Spain" -3.68333333333333 40.4
"Zürich" "47d23'N" "8d32'E" "Switzerland" 8.53333333333333 47.3833333333333
"Bern" "46d57'N" "7d26'E" "Switzerland" 7.43333333333333 46.95
"Bern" "46d57'N" "7d26'E" "Switzerland" 7.43333333333333 46.95
"Istanbul" "41d01'N" "28d58'E" "Turkey" 28.9666666666667 41.0166666666667
"Taichung" "24d09'N" "120d41'E" "Taiwan" 120.683333333333 24.15
"Taipei" "25d03'N" "121d31'E" "Taiwan" 121.516666666667 25.05
"Bristol" "51d27'N" "2d35'W" "England" -2.58333333333333 51.45
"London" "51d30'N" "0d10'W" "England" -0.166666666666667 51.5
"Berkeley, CA" "37d52'N" "122d16'W" "California" -122.266666666667 37.8666666666667
"Los Angeles, CA" "34d03'N" "118d15'W" "California" -118.25 34.05
"Ames, IA" "42d02'N" "93d37'W" "Iowa" -93.6166666666667 42.0333333333333
"Houghton, MI" "47d07'N" "88d34'W" "Michigan" -88.5666666666667 47.1166666666667
"St. Louis, MO" "38d38'N" "90d12'W" "Missouri" -90.2 38.6333333333333
"Chapel Hill, NC" "35d55'N" "79d03'W" "North Carolina" -79.05 35.9166666666667
"Pittsburgh, PA" "40d26'N" "80d0'W" "Pennsylvania" -80 40.4333333333333
"Pittsburgh, PA" "40d26'N" "80d0'W" "Pennsylvania" -80 40.4333333333333
"Dallas, TX" "32d47'N" "96d48'W" "Texas" -96.8 32.7833333333333
"Seattle, WA" "47d36'N" "122d20'W" "Washington" -122.333333333333 47.6