[R-sig-eco] Morisita horn similarity index
Martin Weiser
weiser2 at natur.cuni.cz
Fri Nov 27 13:13:24 CET 2015
moses selebatso píše v Pá 27. 11. 2015 v 03:55 +0000:
> Hello
> I am trying to analyse diet overlap (level of similarity) between two species. I have diet composition in %. I have tried to find the best tool, and thought Morisita horn will do, but I cant find the right package for. Is this the best tool?
> Thank you,
> Moses
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-sig-ecology mailing list
> R-sig-ecology at r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
Hi Moses,
this may be a matter of taste, but I like ordinations.
I assume you have data like this:
food.1 food.2... food.n species
2 2 ... 80 A
1 63 ... 5 A
30 20 ... 10 B
7 5 ... 70 B
Then I would run RDA - procedure rda() in the vegan package, with
something like: result<- rda(foodmatrix ~ SpeciesIdentity)
plot(result, disp=c("sp","cn"))
Interpretation of that plot is straightforward:
further the food.item is to the species.identity half, higher the
preferrence.
HTH,
Martin
--
------------------------------
Pokud je tento e-mail součástí obchodního jednání, Přírodovědecká fakulta
Univerzity Karlovy v Praze:
a) si vyhrazuje právo jednání kdykoliv ukončit a to i bez uvedení důvodu,
b) stanovuje, že smlouva musí mít písemnou formu,
c) vylučuje přijetí nabídky s dodatkem či odchylkou,
d) stanovuje, že smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na
všech náležitostech smlouvy.
More information about the R-sig-ecology
mailing list