[R-sig-eco] multipart
Merdas Saifi
saifieco at gmail.com
Wed Apr 8 11:27:17 CEST 2015
Hi Peter,
Ok, great
Thank you very much!
Best regards
Saifi
2015-04-07 22:33 UTC+02:00, Peter Solymos <solymos at ualberta.ca>:
> Hi Saifi,
>
> Here is how you can set up your design variables to be used in the formula
> interface of multipart() or adipart() in vegan. You need to adjust the
> settings and make sure that the results make sense, because you know the
> data.
>
> library(vegan)
> # x <- structure(...) # just copied your data frame from dput()
> x <- as.matrix(x)
> z <- data.frame(
> transect=1:30,
> site=rep(1:10, each=3),
> treatment=as.factor(rep(c("grazed","protected"), each=15)))
> (res <- multipart(x ~ transect + site + treatment, z))
>
> Cheers,
>
> Peter
>
>
> --
> Péter Sólymos
> 780-492-8534 | solymos at ualberta.ca | peter.solymos.org
> Alberta Biodiversity Monitoring Institute http://www.abmi.ca
> Boreal Avian Modelling Project http://www.borealbirds.ca
>
> On Tue, Apr 7, 2015 at 1:22 PM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com> wrote:
>
>> 2015-04-07 20:33 UTC+02:00, Sarah Goslee <sarah.goslee at gmail.com>:
>> > Hi,
>> >
>> > You sent this just to me, not to the list. The list does not allow
>> > attachments. Please follow the suggestions already made and provide
>> > example data and code *in the body of your email*.
>> >
>> >
>> > Without a reproducible example that includes some sample data (fake is
>> > fine), the code you used, and some clear idea of what output you
>> > expect, it's impossible to figure out how to help you. Here are some
>> > suggestions for creating a good reproducible example:
>> >
>> http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example
>> >
>> > Sarah
>> >
>> > On Tue, Apr 7, 2015 at 2:15 PM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com>
>> > wrote:
>> >> 2015-04-07 17:11 UTC+02:00, Sarah Goslee <sarah.goslee at gmail.com>:
>> >>> Please provide a reproducible example including sample data and the
>> >>> code you've already tried.
>> >>>
>> >>> Without a reproducible example that includes some sample data (fake
>> >>> is
>> >>> fine), the code you used, and some clear idea of what output you
>> >>> expect, it's impossible to figure out how to help you. Here are some
>> >>> suggestions for creating a good reproducible example:
>> >>>
>> http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example
>> >>>
>> >>> Sarah
>> >>>
>> >>> On Tue, Apr 7, 2015 at 11:04 AM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com>
>> >>> wrote:
>> >>>> Hello,
>> >>>>
>> >>>> I'm trying to perform Multiplicative Diversity Partitioning with
>> >>>> multipart function in R, i've 30 transects with frequency or
>> >>>> presence
>> >>>> absence data, 15 of them are grazed and 15 are protected, each 03
>> >>>> transects forms a site, so i want to analyse beta diversity at
>> >>>> multiple spatial scales to quantify among-transects and among-sites.
>> >>>>
>> >>>> Many thanks,
>> >>>>
>> >>>> Saifi
>> >>>>
>> >>>>
>> >>>>
>> >>>
>> >>> --
>> >>> Sarah Goslee
>> >>> http://www.functionaldiversity.org
>> >>>
>> >>
>> >> Hello Sarah,
>> >>
>> >> Thank you for your reply
>> >>
>> >> I want to analyse beta diversity at multiple spatial scales
>> >> among-transects and among-sites in grazed and protected areas.
>> >> (exemple attached)
>> >> i tried with following the example using (mite) dataset, but i did not
>> >> know how to do?
>> >>
>> >> Best regards
>> >>
>> >> Saifi
>> >>
>> >
>> > --
>> > Sarah Goslee
>> > http://www.functionaldiversity.org
>> >
>> Hello,
>>
>> I want to analyse beta diversity at multiple spatial scales
>> among-transects and among-sites in grazed and protected areas.
>> i tried with following the example using (mite) dataset, but i did not
>> know how to do in the code?
>>
>> This is an example of data frame containing 30 transects and 101
>> species, I've 02 traitements (grazed and protected areas) the first
>> 15 transects are grazed and the second 15 transects are protected,
>> each 03 transects in each traitement forms a sites, so 5 sites grazed
>> and 5 sites protected.
>>
>>
>> > dput(dataframe)
>> structure(list(Species1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species2 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 7L, 8L, 3L, 4L, 8L, 1L, 4L,
>> 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 2L), Species3 = c(2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 2L, 0L, 3L, 1L, 1L, 3L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L), Species4 = c(3L, 0L, 1L,
>> 2L, 2L, 2L, 3L, 9L, 13L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
>> 0L, 3L, 0L, 57L, 0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species5 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species6 = c(56L,
>> 20L, 3L, 15L, 10L, 25L, 55L, 2L, 0L, 17L, 45L, 32L, 12L, 15L,
>> 14L, 74L, 20L, 25L, 23L, 32L, 7L, 63L, 83L, 85L, 210L, 167L,
>> 157L, 199L, 121L, 74L), Species7 = c(4L, 8L, 6L, 3L, 6L, 12L,
>> 0L, 5L, 2L, 4L, 17L, 4L, 12L, 1L, 7L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species8 = c(2L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Species9 = c(0L,
>> 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species10 = c(1L,
>> 0L, 0L, 19L, 1L, 0L, 11L, 0L, 11L, 16L, 13L, 24L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 13L, 21L, 15L, 26L, 20L,
>> 7L), Species11 = c(5L, 22L, 75L, 3L, 4L, 6L, 12L, 6L, 15L, 10L,
>> 12L, 12L, 41L, 22L, 15L, 0L, 6L, 0L, 210L, 81L, 98L, 133L, 5L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 12L), Species12 = c(1L, 3L, 3L, 0L, 10L,
>> 9L, 5L, 1L, 2L, 2L, 7L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 5L, 8L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species13 = c(0L, 1L, 0L,
>> 3L, 7L, 6L, 5L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 6L, 2L, 6L, 7L, 0L,
>> 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 27L, 27L, 28L, 0L, 1L, 8L), Species14 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 2L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species15 = c(0L,
>> 0L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 2L, 8L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 2L, 0L, 0L), Species16 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species17 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 1L, 91L,
>> 25L, 7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 9L), Species18 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L, 2L, 0L, 1L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 10L), Species19 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L), Species20 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species21 = c(1L,
>> 2L, 3L, 2L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 31L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species22 = c(0L,
>> 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L), Species23 = c(0L,
>> 1L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species24 = c(0L,
>> 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species25 = c(0L,
>> 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 2L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species26 = c(0L,
>> 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 0L, 2L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species27 = c(0L,
>> 2L, 8L, 9L, 6L, 0L, 10L, 7L, 5L, 1L, 3L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 10L, 1L, 0L, 0L), Species28 =
>> c(0L,
>> 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species29 = c(0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Species30 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species31 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 8L, 0L, 0L, 11L, 2L, 12L, 8L,
>> 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species32 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species33 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 19L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species34 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Species35 = c(12L,
>> 4L, 38L, 3L, 8L, 0L, 1L, 2L, 0L, 10L, 4L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species36 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
>> 0L, 1L, 0L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L), Species37 = c(5L,
>> 9L, 17L, 5L, 6L, 0L, 31L, 10L, 12L, 14L, 37L, 5L, 12L, 0L, 16L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 12L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
>> Species38 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 14L, 3L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species39 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 14L, 18L,
>> 4L, 4L, 1L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L), Species40 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 27L,
>> 19L, 9L, 18L, 22L, 9L, 10L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L
>> ), Species41 = c(0L, 5L, 2L, 2L, 15L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 4L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L,
>> 0L, 9L, 1L, 2L, 6L), Species42 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species43 = c(1L, 0L,
>> 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 2L, 7L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), Species44 =
>> c(1L,
>> 5L, 1L, 36L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
>> 13L, 30L, 76L, 16L, 20L, 9L, 4L, 3L, 4L, 1L, 6L, 7L, 5L,
>> 7L, 10L), Species45 = c(0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species46 = c(0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
>> 1L, 1L, 0L, 1L, 7L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species47 = c(9L,
>> 2L, 8L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L,
>> 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 3L),
>> Species48 = c(1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L,
>> 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L), Species49 = c(0L, 0L, 2L, 5L, 1L, 9L, 8L,
>> 5L, 0L, 1L, 2L, 5L, 0L, 6L, 9L, 7L, 5L, 31L, 0L, 0L, 2L,
>> 3L, 5L, 1L, 28L, 45L, 36L, 37L, 38L, 46L), Species50 = c(0L,
>> 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
>> 0L, 0L, 9L, 9L, 41L, 1L, 8L, 0L, 9L, 0L, 1L, 6L, 3L, 4L),
>> Species51 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 1L, 0L, 0L), Species52 = c(0L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 1L, 0L, 3L, 4L, 1L, 0L, 2L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 0L, 6L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 2L), Species53 = c(0L, 0L, 2L,
>> 0L, 8L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species54 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 2L, 5L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L),
>> Species55 = c(8L, 12L, 9L, 0L, 12L, 0L, 5L, 1L, 0L, 15L,
>> 12L, 0L, 10L, 0L, 0L, 7L, 1L, 0L, 6L, 0L, 0L, 4L, 1L, 16L,
>> 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L), Species56 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L,
>> 0L, 3L, 3L, 0L, 6L, 2L, 1L, 0L, 1L, 2L), Species57 = c(1L,
>> 0L, 0L, 0L, 4L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 29L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L
>> ), Species58 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
>> 0L, 3L, 0L, 2L, 5L), Species59 = c(1L, 0L, 1L, 2L, 2L, 0L,
>> 2L, 1L, 6L, 3L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species60 = c(0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species61 =
>> c(30L,
>> 49L, 23L, 51L, 37L, 50L, 23L, 30L, 33L, 22L, 15L, 45L, 36L,
>> 30L, 45L, 21L, 12L, 35L, 52L, 56L, 23L, 51L, 37L, 50L, 23L,
>> 30L, 33L, 35L, 34L, 90L), Species62 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species63 = c(0L,
>> 1L, 1L, 2L, 0L, 3L, 0L, 1L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 4L, 3L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 4L, 3L, 0L, 0L),
>> Species64 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L), Species65 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species66 = c(2L, 23L, 10L,
>> 8L, 9L, 6L, 3L, 33L, 25L, 5L, 0L, 14L, 6L, 14L, 10L, 0L,
>> 0L, 0L, 10L, 3L, 2L, 19L, 43L, 36L, 0L, 13L, 1L, 4L, 1L,
>> 0L), Species67 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L,
>> 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species68 = c(9L, 4L, 25L, 2L, 12L,
>> 1L, 16L, 1L, 6L, 12L, 0L, 1L, 14L, 0L, 9L, 7L, 0L, 0L, 3L,
>> 2L, 13L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 1L, 4L), Species69 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
>> Species70 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L,
>> 0L, 1L, 0L, 0L), Species71 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
>> 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L), Species72 = c(1L, 2L, 3L,
>> 0L, 3L, 0L, 4L, 2L, 0L, 2L, 0L, 3L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 2L, 15L, 0L), Species73 = c(30L,
>> 50L, 22L, 25L, 9L, 12L, 40L, 70L, 56L, 33L, 46L, 10L, 4L,
>> 3L, 5L, 0L, 0L, 11L, 23L, 8L, 19L, 0L, 10L, 9L, 9L, 38L,
>> 29L, 19L, 25L, 34L), Species74 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 31L, 33L, 43L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 8L, 1L, 0L, 3L), Species75 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 8L, 3L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 7L, 8L, 1L, 0L, 0L),
>> Species76 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
>> 2L, 3L, 3L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L), Species77 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
>> 23L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species78 = c(1L, 0L, 1L,
>> 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L), Species79 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L),
>> Species80 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 2L), Species81 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species82 = c(0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 6L, 6L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species83 = c(1L,
>> 1L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 11L, 14L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
>> Species84 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L), Species85 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 8L, 1L, 2L,
>> 2L, 3L, 2L, 1L, 4L, 1L, 0L, 0L), Species86 = c(7L, 5L, 9L,
>> 5L, 0L, 12L, 0L, 0L, 0L, 0L, 12L, 25L, 13L, 5L, 2L, 0L, 2L,
>> 4L, 8L, 6L, 7L, 8L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species87 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
>> 1L, 4L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 5L, 1L, 4L, 13L, 8L, 2L),
>> Species88 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
>> 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 1L, 0L), Species89 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L), Species90 = c(0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 2L, 0L, 0L, 5L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species91 = c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 6L, 0L, 0L),
>> Species92 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 2L), Species93 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species94 = c(9L, 6L, 5L,
>> 10L, 22L, 12L, 7L, 3L, 22L, 15L, 23L, 2L, 14L, 16L, 22L,
>> 0L, 0L, 0L, 1L, 18L, 8L, 2L, 0L, 1L, 3L, 4L, 1L, 1L, 22L,
>> 27L), Species95 = c(263L, 209L, 175L, 153L, 156L, 200L, 57L,
>> 122L, 256L, 230L, 140L, 90L, 100L, 80L, 85L, 151L, 110L,
>> 122L, 192L, 145L, 107L, 139L, 327L, 263L, 209L, 175L, 153L,
>> 189L, 143L, 62L), Species96 = c(15L, 12L, 5L, 2L, 5L, 9L,
>> 22L, 0L, 25L, 43L, 22L, 0L, 30L, 13L, 22L, 179L, 155L, 268L,
>> 6L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 9L, 70L, 6L, 65L, 146L), Species97 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L),
>> Species98 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 12L, 0L, 0L), Species99 = c(0L, 2L, 0L, 4L, 4L, 3L, 0L,
>> 0L, 5L, 3L, 2L, 2L, 1L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L), Species100 = c(0L, 1L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 14L, 26L,
>> 26L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Species101 =
>> c(0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
>> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names =
>> c("Species1",
>> "Species2", "Species3", "Species4", "Species5", "Species6", "Species7",
>> "Species8", "Species9", "Species10", "Species11", "Species12",
>> "Species13", "Species14", "Species15", "Species16", "Species17",
>> "Species18", "Species19", "Species20", "Species21", "Species22",
>> "Species23", "Species24", "Species25", "Species26", "Species27",
>> "Species28", "Species29", "Species30", "Species31", "Species32",
>> "Species33", "Species34", "Species35", "Species36", "Species37",
>> "Species38", "Species39", "Species40", "Species41", "Species42",
>> "Species43", "Species44", "Species45", "Species46", "Species47",
>> "Species48", "Species49", "Species50", "Species51", "Species52",
>> "Species53", "Species54", "Species55", "Species56", "Species57",
>> "Species58", "Species59", "Species60", "Species61", "Species62",
>> "Species63", "Species64", "Species65", "Species66", "Species67",
>> "Species68", "Species69", "Species70", "Species71", "Species72",
>> "Species73", "Species74", "Species75", "Species76", "Species77",
>> "Species78", "Species79", "Species80", "Species81", "Species82",
>> "Species83", "Species84", "Species85", "Species86", "Species87",
>> "Species88", "Species89", "Species90", "Species91", "Species92",
>> "Species93", "Species94", "Species95", "Species96", "Species97",
>> "Species98", "Species99", "Species100", "Species101"), class =
>> "data.frame", row.names = c("transect1",
>> "transect2", "transect3", "transect4", "transect5", "transect6",
>> "transect7", "transect8", "transect9", "transect10", "transect11",
>> "transect12", "transect13", "transect14", "transect15", "transect16",
>> "transect17", "transect18", "transect19", "transect20", "transect21",
>> "transect22", "transect23", "transect24", "transect25", "transect26",
>> "transect27", "transect28", "transect29", "transect30"))
>>
>> Best regards
>>
>> Saifi
>>
>>
>> *--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> *Merdas SaifiDivision of desertification supervisionCentre for Scientific
>> and Technical Research on Arid Regions (MHESR) (DGSRTD)Campus
>> Universitaire
>> Mohamed Kheider, BP 1682R.P Biskra 07000 AlgeriaE-mail :
>> saifieco at gmail.com
>> <saifieco at gmail.com>Phone : (213) 0559 092 656*
>>
>> _______________________________________________
>> R-sig-ecology mailing list
>> R-sig-ecology at r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
>>
>
--
*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
*Merdas SaifiDivision of desertification supervisionCentre for Scientific
and Technical Research on Arid Regions (MHESR) (DGSRTD)Campus Universitaire
Mohamed Kheider, BP 1682R.P Biskra 07000 AlgeriaE-mail : saifieco at gmail.com
<saifieco at gmail.com>Phone : (213) 0559 092 656*
More information about the R-sig-ecology
mailing list