[R-sig-eco] multipart
Peter Solymos
solymos at ualberta.ca
Tue Apr 7 22:33:25 CEST 2015
Hi Saifi,
Here is how you can set up your design variables to be used in the formula
interface of multipart() or adipart() in vegan. You need to adjust the
settings and make sure that the results make sense, because you know the
data.
library(vegan)
# x <- structure(...) # just copied your data frame from dput()
x <- as.matrix(x)
z <- data.frame(
transect=1:30,
site=rep(1:10, each=3),
treatment=as.factor(rep(c("grazed","protected"), each=15)))
(res <- multipart(x ~ transect + site + treatment, z))
Cheers,
Peter
--
Péter Sólymos
780-492-8534 | solymos at ualberta.ca | peter.solymos.org
Alberta Biodiversity Monitoring Institute http://www.abmi.ca
Boreal Avian Modelling Project http://www.borealbirds.ca
On Tue, Apr 7, 2015 at 1:22 PM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com> wrote:
> 2015-04-07 20:33 UTC+02:00, Sarah Goslee <sarah.goslee at gmail.com>:
> > Hi,
> >
> > You sent this just to me, not to the list. The list does not allow
> > attachments. Please follow the suggestions already made and provide
> > example data and code *in the body of your email*.
> >
> >
> > Without a reproducible example that includes some sample data (fake is
> > fine), the code you used, and some clear idea of what output you
> > expect, it's impossible to figure out how to help you. Here are some
> > suggestions for creating a good reproducible example:
> >
> http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example
> >
> > Sarah
> >
> > On Tue, Apr 7, 2015 at 2:15 PM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com> wrote:
> >> 2015-04-07 17:11 UTC+02:00, Sarah Goslee <sarah.goslee at gmail.com>:
> >>> Please provide a reproducible example including sample data and the
> >>> code you've already tried.
> >>>
> >>> Without a reproducible example that includes some sample data (fake is
> >>> fine), the code you used, and some clear idea of what output you
> >>> expect, it's impossible to figure out how to help you. Here are some
> >>> suggestions for creating a good reproducible example:
> >>>
> http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example
> >>>
> >>> Sarah
> >>>
> >>> On Tue, Apr 7, 2015 at 11:04 AM, Merdas Saifi <saifieco at gmail.com>
> >>> wrote:
> >>>> Hello,
> >>>>
> >>>> I'm trying to perform Multiplicative Diversity Partitioning with
> >>>> multipart function in R, i've 30 transects with frequency or presence
> >>>> absence data, 15 of them are grazed and 15 are protected, each 03
> >>>> transects forms a site, so i want to analyse beta diversity at
> >>>> multiple spatial scales to quantify among-transects and among-sites.
> >>>>
> >>>> Many thanks,
> >>>>
> >>>> Saifi
> >>>>
> >>>>
> >>>>
> >>>
> >>> --
> >>> Sarah Goslee
> >>> http://www.functionaldiversity.org
> >>>
> >>
> >> Hello Sarah,
> >>
> >> Thank you for your reply
> >>
> >> I want to analyse beta diversity at multiple spatial scales
> >> among-transects and among-sites in grazed and protected areas.
> >> (exemple attached)
> >> i tried with following the example using (mite) dataset, but i did not
> >> know how to do?
> >>
> >> Best regards
> >>
> >> Saifi
> >>
> >
> > --
> > Sarah Goslee
> > http://www.functionaldiversity.org
> >
> Hello,
>
> I want to analyse beta diversity at multiple spatial scales
> among-transects and among-sites in grazed and protected areas.
> i tried with following the example using (mite) dataset, but i did not
> know how to do in the code?
>
> This is an example of data frame containing 30 transects and 101
> species, I've 02 traitements (grazed and protected areas) the first
> 15 transects are grazed and the second 15 transects are protected,
> each 03 transects in each traitement forms a sites, so 5 sites grazed
> and 5 sites protected.
>
>
> > dput(dataframe)
> structure(list(Species1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species2 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 7L, 8L, 3L, 4L, 8L, 1L, 4L,
> 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 2L), Species3 = c(2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 2L, 0L, 3L, 1L, 1L, 3L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L), Species4 = c(3L, 0L, 1L,
> 2L, 2L, 2L, 3L, 9L, 13L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
> 0L, 3L, 0L, 57L, 0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species5 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species6 = c(56L,
> 20L, 3L, 15L, 10L, 25L, 55L, 2L, 0L, 17L, 45L, 32L, 12L, 15L,
> 14L, 74L, 20L, 25L, 23L, 32L, 7L, 63L, 83L, 85L, 210L, 167L,
> 157L, 199L, 121L, 74L), Species7 = c(4L, 8L, 6L, 3L, 6L, 12L,
> 0L, 5L, 2L, 4L, 17L, 4L, 12L, 1L, 7L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species8 = c(2L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Species9 = c(0L,
> 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species10 = c(1L,
> 0L, 0L, 19L, 1L, 0L, 11L, 0L, 11L, 16L, 13L, 24L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 13L, 21L, 15L, 26L, 20L,
> 7L), Species11 = c(5L, 22L, 75L, 3L, 4L, 6L, 12L, 6L, 15L, 10L,
> 12L, 12L, 41L, 22L, 15L, 0L, 6L, 0L, 210L, 81L, 98L, 133L, 5L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 12L), Species12 = c(1L, 3L, 3L, 0L, 10L,
> 9L, 5L, 1L, 2L, 2L, 7L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 5L, 8L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species13 = c(0L, 1L, 0L,
> 3L, 7L, 6L, 5L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 6L, 2L, 6L, 7L, 0L,
> 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 27L, 27L, 28L, 0L, 1L, 8L), Species14 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 2L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species15 = c(0L,
> 0L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 2L, 8L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 2L, 0L, 0L), Species16 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species17 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 1L, 91L,
> 25L, 7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 9L), Species18 = c(0L,
> 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L, 2L, 0L, 1L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 10L), Species19 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L), Species20 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species21 = c(1L,
> 2L, 3L, 2L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 31L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species22 = c(0L,
> 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L), Species23 = c(0L,
> 1L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species24 = c(0L,
> 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species25 = c(0L,
> 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 2L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Species26 = c(0L,
> 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 0L, 2L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species27 = c(0L,
> 2L, 8L, 9L, 6L, 0L, 10L, 7L, 5L, 1L, 3L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 10L, 1L, 0L, 0L), Species28 = c(0L,
> 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species29 = c(0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Species30 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species31 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 8L, 0L, 0L, 11L, 2L, 12L, 8L,
> 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species32 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species33 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 19L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species34 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Species35 = c(12L,
> 4L, 38L, 3L, 8L, 0L, 1L, 2L, 0L, 10L, 4L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species36 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
> 0L, 1L, 0L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L), Species37 = c(5L,
> 9L, 17L, 5L, 6L, 0L, 31L, 10L, 12L, 14L, 37L, 5L, 12L, 0L, 16L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 12L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
> Species38 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 14L, 3L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species39 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 14L, 18L,
> 4L, 4L, 1L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L), Species40 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 27L,
> 19L, 9L, 18L, 22L, 9L, 10L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L
> ), Species41 = c(0L, 5L, 2L, 2L, 15L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 4L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L,
> 0L, 9L, 1L, 2L, 6L), Species42 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species43 = c(1L, 0L,
> 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 2L, 7L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), Species44 = c(1L,
> 5L, 1L, 36L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
> 13L, 30L, 76L, 16L, 20L, 9L, 4L, 3L, 4L, 1L, 6L, 7L, 5L,
> 7L, 10L), Species45 = c(0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species46 = c(0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
> 1L, 1L, 0L, 1L, 7L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species47 = c(9L,
> 2L, 8L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L,
> 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 3L),
> Species48 = c(1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L,
> 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L), Species49 = c(0L, 0L, 2L, 5L, 1L, 9L, 8L,
> 5L, 0L, 1L, 2L, 5L, 0L, 6L, 9L, 7L, 5L, 31L, 0L, 0L, 2L,
> 3L, 5L, 1L, 28L, 45L, 36L, 37L, 38L, 46L), Species50 = c(0L,
> 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
> 0L, 0L, 9L, 9L, 41L, 1L, 8L, 0L, 9L, 0L, 1L, 6L, 3L, 4L),
> Species51 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 1L, 0L, 0L), Species52 = c(0L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 1L, 0L, 3L, 4L, 1L, 0L, 2L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 0L, 6L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 2L), Species53 = c(0L, 0L, 2L,
> 0L, 8L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species54 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 2L, 5L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L),
> Species55 = c(8L, 12L, 9L, 0L, 12L, 0L, 5L, 1L, 0L, 15L,
> 12L, 0L, 10L, 0L, 0L, 7L, 1L, 0L, 6L, 0L, 0L, 4L, 1L, 16L,
> 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L), Species56 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L,
> 0L, 3L, 3L, 0L, 6L, 2L, 1L, 0L, 1L, 2L), Species57 = c(1L,
> 0L, 0L, 0L, 4L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 29L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L
> ), Species58 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
> 0L, 3L, 0L, 2L, 5L), Species59 = c(1L, 0L, 1L, 2L, 2L, 0L,
> 2L, 1L, 6L, 3L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species60 = c(0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species61 = c(30L,
> 49L, 23L, 51L, 37L, 50L, 23L, 30L, 33L, 22L, 15L, 45L, 36L,
> 30L, 45L, 21L, 12L, 35L, 52L, 56L, 23L, 51L, 37L, 50L, 23L,
> 30L, 33L, 35L, 34L, 90L), Species62 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species63 = c(0L,
> 1L, 1L, 2L, 0L, 3L, 0L, 1L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 4L, 3L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 4L, 3L, 0L, 0L),
> Species64 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L), Species65 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species66 = c(2L, 23L, 10L,
> 8L, 9L, 6L, 3L, 33L, 25L, 5L, 0L, 14L, 6L, 14L, 10L, 0L,
> 0L, 0L, 10L, 3L, 2L, 19L, 43L, 36L, 0L, 13L, 1L, 4L, 1L,
> 0L), Species67 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L,
> 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species68 = c(9L, 4L, 25L, 2L, 12L,
> 1L, 16L, 1L, 6L, 12L, 0L, 1L, 14L, 0L, 9L, 7L, 0L, 0L, 3L,
> 2L, 13L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 1L, 4L), Species69 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
> Species70 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L,
> 0L, 1L, 0L, 0L), Species71 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
> 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L), Species72 = c(1L, 2L, 3L,
> 0L, 3L, 0L, 4L, 2L, 0L, 2L, 0L, 3L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 2L, 15L, 0L), Species73 = c(30L,
> 50L, 22L, 25L, 9L, 12L, 40L, 70L, 56L, 33L, 46L, 10L, 4L,
> 3L, 5L, 0L, 0L, 11L, 23L, 8L, 19L, 0L, 10L, 9L, 9L, 38L,
> 29L, 19L, 25L, 34L), Species74 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 31L, 33L, 43L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 8L, 1L, 0L, 3L), Species75 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 8L, 3L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 7L, 8L, 1L, 0L, 0L),
> Species76 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
> 2L, 3L, 3L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L), Species77 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
> 23L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species78 = c(1L, 0L, 1L,
> 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L), Species79 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L),
> Species80 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 2L), Species81 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species82 = c(0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 6L, 6L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species83 = c(1L,
> 1L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 11L, 14L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
> Species84 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L), Species85 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 8L, 1L, 2L,
> 2L, 3L, 2L, 1L, 4L, 1L, 0L, 0L), Species86 = c(7L, 5L, 9L,
> 5L, 0L, 12L, 0L, 0L, 0L, 0L, 12L, 25L, 13L, 5L, 2L, 0L, 2L,
> 4L, 8L, 6L, 7L, 8L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species87 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
> 1L, 4L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 5L, 1L, 4L, 13L, 8L, 2L),
> Species88 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
> 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 1L, 0L), Species89 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L), Species90 = c(0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 2L, 0L, 0L, 5L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species91 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 6L, 0L, 0L),
> Species92 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 2L), Species93 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Species94 = c(9L, 6L, 5L,
> 10L, 22L, 12L, 7L, 3L, 22L, 15L, 23L, 2L, 14L, 16L, 22L,
> 0L, 0L, 0L, 1L, 18L, 8L, 2L, 0L, 1L, 3L, 4L, 1L, 1L, 22L,
> 27L), Species95 = c(263L, 209L, 175L, 153L, 156L, 200L, 57L,
> 122L, 256L, 230L, 140L, 90L, 100L, 80L, 85L, 151L, 110L,
> 122L, 192L, 145L, 107L, 139L, 327L, 263L, 209L, 175L, 153L,
> 189L, 143L, 62L), Species96 = c(15L, 12L, 5L, 2L, 5L, 9L,
> 22L, 0L, 25L, 43L, 22L, 0L, 30L, 13L, 22L, 179L, 155L, 268L,
> 6L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 9L, 70L, 6L, 65L, 146L), Species97 = c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L),
> Species98 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 12L, 0L, 0L), Species99 = c(0L, 2L, 0L, 4L, 4L, 3L, 0L,
> 0L, 5L, 3L, 2L, 2L, 1L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L), Species100 = c(0L, 1L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 14L, 26L,
> 26L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Species101 =
> c(0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names =
> c("Species1",
> "Species2", "Species3", "Species4", "Species5", "Species6", "Species7",
> "Species8", "Species9", "Species10", "Species11", "Species12",
> "Species13", "Species14", "Species15", "Species16", "Species17",
> "Species18", "Species19", "Species20", "Species21", "Species22",
> "Species23", "Species24", "Species25", "Species26", "Species27",
> "Species28", "Species29", "Species30", "Species31", "Species32",
> "Species33", "Species34", "Species35", "Species36", "Species37",
> "Species38", "Species39", "Species40", "Species41", "Species42",
> "Species43", "Species44", "Species45", "Species46", "Species47",
> "Species48", "Species49", "Species50", "Species51", "Species52",
> "Species53", "Species54", "Species55", "Species56", "Species57",
> "Species58", "Species59", "Species60", "Species61", "Species62",
> "Species63", "Species64", "Species65", "Species66", "Species67",
> "Species68", "Species69", "Species70", "Species71", "Species72",
> "Species73", "Species74", "Species75", "Species76", "Species77",
> "Species78", "Species79", "Species80", "Species81", "Species82",
> "Species83", "Species84", "Species85", "Species86", "Species87",
> "Species88", "Species89", "Species90", "Species91", "Species92",
> "Species93", "Species94", "Species95", "Species96", "Species97",
> "Species98", "Species99", "Species100", "Species101"), class =
> "data.frame", row.names = c("transect1",
> "transect2", "transect3", "transect4", "transect5", "transect6",
> "transect7", "transect8", "transect9", "transect10", "transect11",
> "transect12", "transect13", "transect14", "transect15", "transect16",
> "transect17", "transect18", "transect19", "transect20", "transect21",
> "transect22", "transect23", "transect24", "transect25", "transect26",
> "transect27", "transect28", "transect29", "transect30"))
>
> Best regards
>
> Saifi
>
>
> *--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
>
>
>
>
>
>
>
> *Merdas SaifiDivision of desertification supervisionCentre for Scientific
> and Technical Research on Arid Regions (MHESR) (DGSRTD)Campus Universitaire
> Mohamed Kheider, BP 1682R.P Biskra 07000 AlgeriaE-mail :
> saifieco at gmail.com
> <saifieco at gmail.com>Phone : (213) 0559 092 656*
>
> _______________________________________________
> R-sig-ecology mailing list
> R-sig-ecology at r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
>
[[alternative HTML version deleted]]
More information about the R-sig-ecology
mailing list