[R] plotting the regression coefficients

[greg holly]

Hi Petr;

Thanks so much. This is great! Although last Sunday, alternatively, I have
solved the problem using the following statement at the very end of the
program.

* ggsave('circle.pdf', p4, height = 70, width = 8, device=pdf, limitsize =
F, dpi=300).*

This works very well too.

Asa my categorical variables are in my Y axis, my R program reorders the
names on Y-axis. However, I would like have and plot output with the names
as they are. Is there any way to have plot without ordering the names of
variables on Y-axis?

Regards,
Greg.

On Mon, Feb 12, 2018 at 10:12 AM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz> wrote:

> Hi
>
>
>
> Maybe there are other ways but I would split data to several chunks e.g.
> in list and use for cycle to fill multipage pdf.
>
>
>
> With the toy data something like
>
>
>
> library(reshape2)
>
> library(ggplot2)
>
> temp <- melt(temp)
>
> temp.s<-split(temp, cut(1:nrow(temp), 2))
>
>
>
> pdf("temp.pdf")
>
> for (i in 1: length(temp.s)) {
>
> p <- ggplot(temp.s[[i]], aes(x=par1, y=variable, size=abs(value),
> colour=factor(sign(value))))
>
> print(p+geom_point())
>
> }
>
> dev.off()
>
>
>
> But the real code partly depends on your real data.
>
>
>
> Cheers
>
> Petr
>
>
>
> *From:* greg holly [mailto:mak.hholly at gmail.com]
> *Sent:* Saturday, February 10, 2018 9:05 PM
>
> *To:* PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz>
> *Cc:* r-help mailing list <r-help at r-project.org>
> *Subject:* Re: [R] plotting the regression coefficients
>
>
>
> Hi Peter;
>
>
>
> The R code you provided works very well. Once again thanks so much for
> this. The number of variables in my data set that should appear on the
> y-axis is 733 and they are not numerical (for example the name of one
> variable is *palmitoyl-arachidonoyl-glycerol (16:0/20:4) [1]**. So, the
> plot looks very messy in one page. How can I make the plot to print out on
> multiple pages?
>
>
>
> Regards,
>
>
>
> Greg
>
>
>
> On Thu, Feb 8, 2018 at 4:33 PM, greg holly <mak.hholly at gmail.com> wrote:
>
> Hi Petr;
>
>
>
> Thanks so much. Exactly this is what I need. I will play to change color
> and so on but this backbound is perfect to me. I do appreciate your help
> and support.
>
>
>
> Regards,
>
> Greg
>
>
>
> On Thu, Feb 8, 2018 at 1:29 PM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz> wrote:
>
> Hi
>
> I copied your values to R, here it is
>
>
>
> > dput(temp)
>
>
>
> temp <- structure(list(par1 = structure(1:4, .Label = c("x1", "x2", "x3",
>
> "x4"), class = "factor"), y1 = c(-0.19, 0.45, -0.09, -0.16),
>
>     y2 = c(0.4, -0.75, 0.14, -0.01), y3 = c(-0.06, -8.67, 1.42,
>
>     2.21), y4 = c(0.13, -0.46, 0.06, 0.06)), .Names = c("par1",
>
> "y1", "y2", "y3", "y4"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
>
> -4L))
>
>
>
> For plotting it need to be reshaped
>
>
>
> library(reshape2)
>
> library(ggplot2)
>
>
>
> temp <- melt(temp)
>
> p <- ggplot(temp, aes(x=par1, y=variable, size=abs(value),
> colour=factor(sign(value))))
>
> p+geom_point()
>
>
>
> Is this what you wanted?
>
>
>
> Cheers
>
> Petr
>
> And preferably do not post in HTML, the email content could be scrambled.
>
>
>
> *From:* greg holly [mailto:mak.hholly at gmail.com]
> *Sent:* Thursday, February 8, 2018 9:23 AM
> *To:* PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz>
> *Cc:* r-help mailing list <r-help at r-project.org>
> *Subject:* Re: [R] plotting the regression coefficients
>
>
>
> Hi Petr;
>
>
>
> Thanks for your reply. It is much appreciated. A small example is given
> below for 4 independent and 4 dependent variables only. The values given
> are regression coefficients.I have looked ggplot documents before writing
> to you. Unfortunately, I could not figure out as my experience in ggplot is
> ignorable
>
>
>
> Regards.
>
> Greg
>
>
>
> y1 y2 y3 y4
>
> x1 -0.19 0.40 -0.06 0.13
>
> x2 0.45 -0.75 -8.67 -0.46
>
> x3 -0.09 0.14 1.42 0.06
>
> x4 -0.16 -0.01 2.21 0.06
>
>
>
>
>
> On Thu, Feb 8, 2018 at 10:19 AM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz>
> wrote:
>
> Hi
>
> Example, example, example - preferably working.
>
> Wild guess - did you try ggplot?
>
> Cheers
> Petr
>
>
>
> > -----Original Message-----
> > From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org] On Behalf Of greg
> holly
> > Sent: Thursday, February 8, 2018 8:14 AM
> > To: r-help mailing list <r-help at r-project.org>
> > Subject: [R] plotting the regression coefficients
> >
> > Hi Dear all;
> >
> > I would like to create a plot for regression coefficients with each
> independent
> > variable (x) along the side and the phenotypes (y) across the top (as
> given
> > below). For each data point, direction and magnitude of effect could be
> color
> > and significance could be the size of the circle? Is this possible?
> >
> >
> > I would greatly be appreciated your help.
> >
> > Thanks,
> >
> > Greg
> >
> >
> >
> >   y1 y2 y3 y4 y5 y6
> > x1
> > x2
> > x3
> > x4
> > x5
> > x6
> > x7
> > x8
> > x9
> > x10
> > x11
> > x12
> > x13
> > x14
> > x15
> > x16
> > x17
> > .
> > .
> >
>
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ______________________________________________
> > R-help at r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/
> posting-guide.html
> > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
> ________________________________
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie
> vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany
> příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn
> nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes
> any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any
> amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only
> upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter
> into any contracts on behalf of the company except for cases in which
> he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization
> or power of attorney is submitted to the recipient or the person
> represented by the recipient, or the existence of such authorization is
> known to the recipient of the person represented by the recipient.
>
>
>
>
> ------------------------------
>
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie
> vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany
> příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn
> nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes
> any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any
> amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only
> upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter
> into any contracts on behalf of the company except for cases in which
> he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization
> or power of attorney is submitted to the recipient or the person
> represented by the recipient, or the existence of such authorization is
> known to the recipient of the person represented by the recipient.
>
>
>
>
>
> ------------------------------
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie
> vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany
> příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn
> nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes
> any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any
> amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only
> upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter
> into any contracts on behalf of the company except for cases in which
> he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization
> or power of attorney is submitted to the recipient or the person
> represented by the recipient, or the existence of such authorization is
> known to the recipient of the person represented by the recipient.
>

	[[alternative HTML version deleted]]