[R] How to apply a function to every element of a dataframe, when the function uses for each colummn and row different values to calculate with?
Jacqueline Oehri
jacqueline.oehri at gmail.com
Fri Aug 23 17:40:43 CEST 2013
Dear David and dear peter
Sorry that I crossposted my question before!!!
Thank you veery much for your answer!!! It turned out to work fine;
except that if you have "fmat" (see below) with a lot of "NaN" in it,
the command:
colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ]
doesnt give the colnames!
m <- data.matrix(m); n <- sum(m); sr <- rowSums(m)
sc <- colSums(m)
m
E <- outer(sr, sc, "*")/n
fmat <- (abs(m - E) )^2/E
colnames(fmat) [ apply(fmat, 1, which.max) ]
>dput(m)
structure(list(PL_7_1_7.txt = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,
0, 0, 0), PL_7_1_8.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0), PUEH_4_0.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
PUEH_7_1_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
UEH_7_2_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)), .Names
= c("PL_7_1_7.txt",
"PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt", "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt"
), row.names = c("821194", "821202", "821206", "827162", "827166",
"827178", "827182", "827186", "827190", "827194", "827198", "827206",
"833166"), class = "data.frame")
---> But I realized by now, that for my analysis, my "reinvented
chi-square-test" is not so good; so I will use another technique,
maybe you can tell me, if this is a better or a worse way?:
A) I originally have two lists; 1. "Sp" & 2. "LCT" ;
"Sp" is constituted of coordinate-Names, that each contain a list of
plant names. (see below)
"LCT" is constituted of landcovertype-names, that each also contain a
list of other plant names. (see below)
I now want to know for each coordinate, to which landcovertype it
belongs most probably.
I do this, by counting for the plantlist of each coordinate-Name in
"Sp"; how many plants do as well occur in the plantlist of each
landcovertype in "LCT".
More precise; from these two lists (Sp & LCT), I made a table
(rownames = coordinate-Names from Sp & colnames = landcovertype-names
from LCT), where for each row, you can see the "jaccard-index" (see
below) for each column.
--> my Question: how can you not only extract the Colnames of the
maximum value per row, but also the maximum value itself? so that in
the end i can add the colname of the maximum value AND the maximum
value itself to the table:
dfj is my dataframe (see below)
cn <- colnames(dfj) [ apply(dfj, 1, which.max) ]
newtable <- cbind(dfj, Delarze= cn, Jaccardvalue= ??? )
(The Jaccard index:
jaccard index "J" ( similarity Index in ecology):
a <- length(intersect(LCT, Sp)
b <- length(Sp)+length(LCT) - length(intersect(LCT, Sp)
J <- a/b)
--> I did the table dfj like this:
data.j <- list()
for(i in seq(along=Sp))
data.j <- c(data.j,
list(sapply(LCT,
function(x) {
(length(intersect(x, Sp[[i]]))) /
(length(Sp[[i]])+length(x) -
length(intersect(x, Sp[[i]])))
})[1:74]))
dfj <- do.call(rbind, data.j)
dfj <- data.frame(dfj)
#rownames für dfj:
rownames(dfj) <-names(Sp)
#colname of the max value per coordinate-Name:
cn <- colnames(dfj) [ apply(dfj, 1, which.max) ]
#???how to find the max.value itself?
vj <- apply(dfj, 1, which.max)
completedfj <- cbind(dfj, Delarze= cn, Jaccardvalue=vj)
B) And how can I make visible, if there are two or more equal values in one row?
Thaank you so much for your answer!!!
Have a nice day & best wishes
Jacqueline
> dput(Sp)
structure(list(`491114` = c("Amaranthus cruentus ", "Chenopodium album",
"Chenopodium polyspermum", "Fallopia convolvulus", "Lolium perenne",
"Polygonum aviculare ", "Polygonum persicaria", "Viola tricolor ",
"Aethusa cynapium", "Anagallis arvensis", "Aphanes arvensis",
"Conyza canadensis ", "Equisetum arvense", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", ""), `491118` = c("Arrhenatherum elatius",
"Calystegia sepium", "Capsella bursa-pastoris", "Centaurium erythraea",
"Chaenorrhinum minus", "Chenopodium album", "Chenopodium polyspermum",
"Crepis setosa", "Dactylis glomerata", "Daucus carota", "Euphorbia exigua",
"Festuca pratensis ", "Geranium dissectum", "Kickxia elatine",
"Kickxia spuria", "Lathyrus tuberosus", "Lolium multiflorum",
"Lolium perenne", "Lotus corniculatus ", "Matricaria recutita",
"Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Picris hieracioides ",
"Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Polygonum
aviculare ",
"Potentilla reptans", "Prunella vulgaris", "Sonchus asper", "Taraxacum
officinale ",
"Trifolium pratense ", "Trifolium repens", "Verbena officinalis",
"Agropyron repens", "Bromus hordeaceus", "Cerastium fontanum ",
"Festuca rubra ", "Poa trivialis ", "Trisetum flavescens", "Veronica arvensis",
"Veronica serpyllifolia ", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
), `497114` = c("Agropyron repens", "Anagallis arvensis", "Carpinus betulus",
"Lolium perenne", "Medicago lupulina", "Plantago major ", "Polygonum
aviculare ",
"Taraxacum officinale ", "Trifolium repens", "Veronica hederifolia",
"Veronica persica", "Plantago lanceolata", "Ligustrum vulgare",
"Lapsana communis", "Poa trivialis ", "", "", "", "", "", "",
"", "", ""), `497118` = c("Plantago major ", "Cardamine hirsuta",
"Conyza canadensis ", "Poa trivialis ", "Sagina procumbens",
"", "", ""), `497142` = c("Alchemilla alpina ", "Anemone narcissiflora",
"Anthyllis vulneraria ", "Arabis ciliata", "Cardamine heptaphylla",
"Carduus defloratus ", "Carex caryophyllea", "Carex ornithopoda",
"Carex sempervirens", "Centaurea montana", "Cotoneaster integerrima",
"Euphrasia salisburgensis", "Festuca ovina ", "Galium anisophyllon",
"Gentiana campestris", "Gentiana lutea", "Gentiana verna", "Globularia
cordifolia",
"Helianthemum nummularium ", "Hieracium murorum ", "Hieracium pilosella ",
"Hippocrepis comosa", "Juniperus communis ", "Laserpitium latifolium",
"Leucanthemum vulgare ", "Linum catharticum", "Lotus corniculatus ",
"Mercurialis perennis", "Phyteuma orbiculare", "Plantago atrata",
"Plantago media", "Poa alpina", "Polygala alpestris", "Polygonatum
verticillatum",
"Polygonum viviparum", "Potentilla crantzii", "Pulsatilla alpina ",
"Ranunculus montanus ", "Scabiosa lucida", "Senecio doronicum",
"Seseli libanotis", "Sesleria caerulea", "Silene nutans ", "Thesium alpinum",
"Thymus serpyllum ", "Trifolium montanum", "Trifolium pratense ",
"Valeriana montana", "Alchemilla vulgaris ", "Campanula thyrsoides",
"Carlina acaulis", "Erigeron alpinus", "Euphorbia verrucosa",
"Gymnadenia conopsea", "Nigritella nigra ", "Rhinanthus minor",
"Sedum album", "Traunsteinera globosa", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", ""), `497146` = c("Ajuga reptans", "Cardamine heptaphylla",
"Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca",
"Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus",
"Knautia dipsacifolia", "Lamium galeobdolon ", "Oxalis acetosella",
"Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea", "Rubus idaeus",
"Vaccinium myrtillus", "Viola reichenbachiana ", "Acer pseudoplatanus",
"Heracleum sphondylium ", "Galium odoratum", "Adenostyles alliariae",
"", "", ""), `503114` = c("Achillea millefolium ", "Alliaria petiolata",
"Arabidopsis thaliana", "Arrhenatherum elatius", "Bromus hordeaceus",
"Bromus sterilis", "Buxus sempervirens", "Cardamine hirsuta",
"Carpinus betulus", "Convolvulus arvensis", "Daucus carota",
"Erodium cicutarium", "Euphorbia helioscopia", "Fallopia convolvulus",
"Festuca pratensis ", "Geranium columbinum", "Geranium pyrenaicum",
"Hordeum murinum ", "Lamium purpureum", "Lapsana communis", "Medicago lupulina",
"Picris hieracioides ", "Plantago lanceolata", "Poa annua", "Poa pratensis ",
"Polygonum aviculare ", "Potentilla reptans", "Ranunculus ficaria",
"Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Veronica persica",
"Vicia sepium", "Acer pseudoplatanus", "Agropyron repens", "Alopecurus
myosuroides",
"Cerastium glomeratum", "Clematis vitalba", "Erophila verna ",
"Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Plantago major ", "Poa bulbosa",
"Poa trivialis ", "Valerianella carinata", "Veronica arvensis",
"Veronica hederifolia", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503118` = c("Ranunculus ficaria",
"Ranunculus acris ", "Stellaria media ", "Rumex acetosa", "Viola hirta",
"Cardamine hirsuta", "Cardamine pratensis ", "Primula acaulis",
"Lysimachia nummularia", "Geum urbanum", "Potentilla sterilis",
"Trifolium repens", "Euphorbia peplus", "Hedera helix", "Ajuga reptans",
"Prunella vulgaris", "Plantago lanceolata", "Plantago media",
"Plantago major ", "Veronica chamaedrys", "Veronica arvensis",
"Veronica persica", "Veronica filiformis", "Bellis perennis",
"Galinsoga ciliata", "Leucanthemum vulgare ", "Hypochaeris radicata",
"Leontodon hispidus ", "Taraxacum officinale ", "Hieracium pilosella ",
"Festuca arundinacea ", "Festuca rubra ", "Poa trivialis ", "Poa pratensis ",
"Lolium perenne", "Trisetum flavescens", "Agrostis stolonifera",
"Anthoxanthum odoratum ", "", "", "", ""), `503130` = c("Oxalis corniculata",
"", "", ""), `503134` = c("Agrostis stolonifera", "Bromus hordeaceus",
"Carpinus betulus", "Dactylis glomerata", "Digitaria ischaemum",
"Equisetum arvense", "Fallopia convolvulus", "Festuca arundinacea ",
"Fraxinus excelsior", "Heracleum sphondylium ", "Holcus lanatus",
"Lolium perenne", "Oxalis fontana", "Phleum pratense ", "Plantago major ",
"Poa annua", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Polygonum persicaria",
"Ranunculus acris ", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
"Trifolium repens", "Veronica serpyllifolia ", "Viola tricolor ",
"Agropyron repens", "Bromus sterilis", "Capsella bursa-pastoris",
"Cerastium fontanum ", "Epilobium tetragonum ", "Geranium robertianum ",
"Polygonum aviculare ", "Trifolium dubium", "Veronica arvensis",
"Vicia sativa ", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503138` =
c("Capsella bursa-pastoris",
"Polygonum aviculare ", "Stellaria media ", "Trifolium pratense ",
"Veronica hederifolia", "Viola tricolor ", "Aphanes arvensis",
"Convolvulus arvensis", "Veronica persica", "Orobanche minor",
"Tripleurospermum perforatum", "", "", "", "", "", ""), `503142` =
c("Acer campestre",
"Acer opalus", "Anemone nemorosa", "Berberis vulgaris", "Carex alba",
"Carex digitata", "Carex flacca", "Carex ornithopoda", "Crataegus monogyna ",
"Daphne laureola", "Euphorbia amygdaloides", "Fagus sylvatica",
"Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Fraxinus excelsior", "Hedera helix",
"Helleborus foetidus", "Hieracium murorum ", "Ilex aquifolium",
"Ligustrum vulgare", "Lonicera xylosteum", "Lotus corniculatus ",
"Mercurialis perennis", "Pinus sylvestris", "Primula veris ",
"Prunus spinosa", "Quercus petraea", "Ranunculus nemorosus ",
"Rosa arvensis", "Rosa canina ", "Sanguisorba minor ", "Sesleria caerulea",
"Sorbus aria", "Taraxacum officinale ", "Teucrium chamaedrys",
"Tilia platyphyllos", "Viburnum lantana", "Viola reichenbachiana ",
"Ajuga reptans", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia",
"Carex caryophyllea", "Carex montana", "Crataegus laevigata",
"Dactylis glomerata", "Euphorbia dulcis", "Pimpinella saxifraga ",
"Primula acaulis", "Ranunculus bulbosus", "Rubus fruticosus ",
"Vinca minor", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503146` =
c("Acer pseudoplatanus",
"Achillea millefolium ", "Alchemilla vulgaris ", "Bellis perennis",
"Bromus erectus ", "Capsella bursa-pastoris", "Carum carvi",
"Cerastium fontanum ", "Chenopodium bonus-henricus", "Cynosurus cristatus",
"Dactylis glomerata", "Geranium pyrenaicum", "Leontodon autumnalis",
"Lolium perenne", "Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Plantago
lanceolata",
"Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris",
"Ranunculus acris ", "Ranunculus bulbosus", "Ranunculus ficaria",
"Stellaria media ", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
"Trifolium repens", "Trisetum flavescens", "Veronica arvensis",
"Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ", "Agrostis stolonifera",
"Festuca pratensis ", "Lamium purpureum", "Poa supina", "Rumex obtusifolius",
"", "", "", "", "", ""), `503150` = c("Agrostis capillaris",
"Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
"Asarum europaeum", "Briza media", "Campanula rhomboidalis",
"Cardamine pratensis ", "Carex montana", "Carex pallescens",
"Carum carvi", "Colchicum autumnale", "Crocus albiflorus", "Cruciata laevipes",
"Dactylis glomerata", "Deschampsia cespitosa", "Euphorbia verrucosa",
"Galium verum ", "Geranium sylvaticum", "Geum rivale", "Helictotrichon
pubescens",
"Hieracium pilosella ", "Hypericum maculatum ", "Knautia dipsacifolia",
"Lathyrus pratensis", "Leontodon hispidus ", "Luzula campestris ",
"Phyteuma spicatum", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago media",
"Poa pratensis ", "Polygonum bistorta", "Potentilla aurea", "Potentilla erecta",
"Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ", "Rhinanthus minor",
"Rumex acetosa", "Stellaria graminea", "Trifolium pratense ",
"Trifolium repens", "Trollius europaeus", "Veronica chamaedrys",
"Veronica officinalis", "Vicia sepium", "Primula elatior", "Plantago
lanceolata",
"Centaurea montana", "Festuca rubra ", "", "", "", "", "", "",
""), `503154` = c("Acer pseudoplatanus", "Ajuga reptans",
"Anthoxanthum odoratum ",
"Aster bellidiastrum", "Astrantia major", "Athyrium filix-femina",
"Cardamine heptaphylla", "Centaurea montana", "Crepis Mollis",
"Crepis paludosa", "Dryopteris dilatata", "Dryopteris filix-mas",
"Fragaria vesca", "Geranium sylvaticum", "Hieracium murorum ",
"Homogyne alpina", "Knautia dipsacifolia", "Lamium galeobdolon ",
"Lonicera nigra", "Luzula sylvatica ", "Melampyrum sylvaticum",
"Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia", "Phyteuma spicatum",
"Picea abies", "Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea",
"Ranunculus nemorosus ", "Solidago virgaurea ", "Sorbus aucuparia",
"Sorbus chamaemespilus", "Vaccinium myrtillus", "Valeriana montana",
"Veratrum album ", "Veronica chamaedrys", "Adenostyles alliariae",
"Dryopteris carthusiana", "Hieracium prenanthoides", "Luzula luzulina",
"Primula elatior", "Ranunculus platanifolius", "Veronica officinalis",
"", "", "", "", "", "", ""), `503158` = c("Andromeda polifolia",
"Calluna vulgaris", "Eriophorum vaginatum", "Pinus mugo ",
"Trichophorum cespitosum",
"Vaccinium oxycoccos", "Vaccinium uliginosum ", "Melampyrum pratense",
""), `503162` = c("Abies alba", "Adenostyles glabra", "Athyrium filix-femina",
"Dryopteris dilatata", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca", "Galium odoratum",
"Geranium sylvaticum", "Hieracium murorum ", "Listera cordata",
"Lonicera nigra", "Maianthemum bifolium", "Oxalis acetosella",
"Paris quadrifolia", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
"Prenanthes purpurea", "Rubus idaeus", "Rubus saxatilis", "Sorbus aucuparia",
"Vaccinium myrtillus", "Dryopteris carthusiana", "Luzula sylvatica ",
"Melampyrum sylvaticum", "Rosa arvensis", "Rubus fruticosus ",
"", "", "", "", "", "", "", ""), `509122` = c("Bromus hordeaceus",
"Cardamine hirsuta", "Cerastium fontanum ", "Clematis vitalba",
"Convolvulus arvensis", "Digitaria sanguinalis", "Erodium cicutarium",
"Erophila verna ", "Festuca rubra ", "Fraxinus excelsior", "Geranium dissectum",
"Lolium perenne", "Picris hieracioides ", "Plantago lanceolata",
"Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris",
"Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Trifolium repens",
"Veronica persica", "Vitis vinifera ", "Lamium purpureum", "Poa annua",
"", "", ""), `509142` = c("Achillea millefolium ", "Agropyron repens",
"Agrostis stolonifera", "Arenaria serpyllifolia ", "Arrhenatherum elatius",
"Bromus erectus ", "Centaurea jacea ", "Cerastium semidecandrum",
"Cirsium arvense", "Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata",
"Echium vulgare", "Erodium cicutarium", "Erophila verna ", "Festuca
arundinacea ",
"Galium mollugo ", "Lolium perenne", "Picris hieracioides ",
"Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
"Polygonum aviculare ", "Ranunculus acris ", "Sanguisorba minor ",
"Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Thymus serpyllum ",
"Tripleurospermum perforatum", "Vicia sativa ", "Mercurialis annua",
"Galium verum ", "Senecio inaequidens", "Trisetum flavescens",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", ""), `509146` = c("Poa pratensis ", "Taraxacum officinale ",
"Veronica arvensis", "Veronica hederifolia", "Veronica persica",
"Viola tricolor ", "Stellaria media ", "", "", "", "", ""), `509150` =
c("Anagallis arvensis",
"Capsella bursa-pastoris", "Cerastium fontanum ", "Dactylis glomerata",
"Fallopia convolvulus", "Fraxinus excelsior", "Geum urbanum",
"Hypochaeris radicata", "Lolium multiflorum", "Phleum pratense ",
"Plantago major ", "Poa pratensis ", "Rumex obtusifolius", "Stellaria media ",
"Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Veronica arvensis",
"Veronica persica", "Viola tricolor ", "Brassica napus", "Lamium purpureum",
"Poa annua", "Veronica hederifolia", "", "", "", "", "", "",
"", "", ""), `509154` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
"Ajuga reptans", "Corylus avellana", "Fagus sylvatica", "Festuca altissima",
"Fragaria vesca", "Geranium sylvaticum", "Heracleum sphondylium ",
"Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus", "Knautia dipsacifolia",
"Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ", "Lonicera nigra",
"Lonicera xylosteum", "Luzula pilosa", "Melampyrum sylvaticum",
"Melica nutans", "Oxalis acetosella", "Picea abies", "Polygonatum
verticillatum",
"Prenanthes purpurea", "Primula elatior", "Rosa pendulina", "Rubus idaeus",
"Rubus saxatilis", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia", "Vaccinium myrtillus",
"Viola reichenbachiana ", "", "", "", ""), `509158` = c("Achillea millefolium ",
"Acinos alpinus", "Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Alchemilla alpina ",
"Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ", "Anthyllis vulneraria ",
"Arabis ciliata", "Asperula cynanchica", "Bellis perennis", "Briza media",
"Campanula rotundifolia", "Carduus defloratus ", "Carlina acaulis",
"Carum carvi", "Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cirsium acaule",
"Crocus albiflorus", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
"Euphorbia verrucosa", "Festuca ovina ", "Festuca rubra ", "Galium
anisophyllon",
"Gentiana lutea", "Gentiana verna", "Hieracium murorum ", "Hieracium
pilosella ",
"Hippocrepis comosa", "Homogyne alpina", "Leucanthemum vulgare ",
"Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ", "Medicago lupulina",
"Phyteuma orbiculare", "Plantago atrata", "Plantago lanceolata",
"Plantago media", "Poa alpina", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
"Potentilla neumanniana", "Ranunculus acris ", "Rumex acetosa",
"Scabiosa columbaria", "Sesleria caerulea", "Silene nutans ",
"Thymus serpyllum ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
"Valeriana officinalis ", "Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis",
"Veronica serpyllifolia ", "Botrychium lunaria", "Hypericum maculatum ",
"Polygala alpestris", "Potentilla crantzii", "Ranunculus montanus ",
"Rhinanthus minor", "", "", "", "", "", "", "", ""), `509162` =
c("Achillea millefolium ",
"Agrostis stolonifera", "Alchemilla vulgaris ", "Bellis perennis",
"Bromus erectus ", "Cardamine pratensis ", "Carex flacca", "Carum carvi",
"Cerastium arvense ", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
"Festuca pratensis ", "Festuca rubra ", "Fraxinus excelsior",
"Galium anisophyllon", "Helictotrichon pubescens", "Heracleum sphondylium ",
"Hieracium pilosella ", "Leontodon autumnalis", "Lotus corniculatus ",
"Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Pimpinella major",
"Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Plantago media", "Poa annua",
"Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Potentilla neumanniana",
"Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ", "Rumex acetosa", "Rumex obtusifolius",
"Sanguisorba minor ", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
"Thymus serpyllum ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
"Trisetum flavescens", "Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ",
"Vicia cracca ", "Cerastium fontanum ", "Primula elatior", "Ajuga reptans",
"Glechoma hederacea ", "Galeopsis tetrahit", "Euphrasia rostkoviana",
"Campanula rotundifolia", "Senecio jacobaea", "Cirsium vulgare",
"Cirsium arvense", "Crepis Mollis", "Carex hirta", "Agrostis capillaris",
"", "", "", "", "", "", "", ""), `509166` = c("Ajuga reptans",
"Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ", "Arrhenatherum elatius",
"Bellis perennis", "Carex flacca", "Carum carvi", "Coeloglossum viride",
"Crepis Mollis", "Crocus albiflorus", "Cynosurus cristatus",
"Dactylis glomerata", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
"Geum urbanum", "Lathyrus pratensis", "Leucanthemum vulgare ",
"Lolium perenne", "Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ",
"Plantago lanceolata", "Plantago media", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
"Primula veris ", "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ",
"Ranunculus montanus ",
"Rhinanthus alectorolophus", "Rumex acetosa", "Taraxacum officinale ",
"Trifolium pratense ", "Trifolium repens", "Veronica chamaedrys",
"Veronica serpyllifolia ", "Agrostis capillaris", "Cerastium fontanum ",
"Galium anisophyllon", "Geum rivale", "Helictotrichon pubescens",
"Phleum pratense ", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago major ",
"Poa alpina", "Polygonum aviculare ", "Veronica arvensis", "",
"", "", "", ""), `515150` = c("Centaurea cyanus", "Chenopodium album",
"Poa annua", "Polygonum aviculare ", "Polygonum persicaria",
"Trifolium repens", "Viola tricolor ", "Polygonum hydropiper",
"", "", "", "", "", ""), `515154` = c("Acer pseudoplatanus",
"Achillea millefolium ", "Agrostis capillaris", "Anthoxanthum odoratum ",
"Arrhenatherum elatius", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia",
"Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cerastium glomeratum",
"Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata", "Daucus carota",
"Fraxinus excelsior", "Galium verum ", "Hypericum perforatum",
"Hypochaeris radicata", "Linum catharticum", "Lotus corniculatus ",
"Luzula campestris ", "Myosotis ramosissima", "Phleum pratense ",
"Pimpinella saxifraga ", "Plantago lanceolata", "Poa pratensis ",
"Potentilla neumanniana", "Ranunculus bulbosus", "Rumex acetosa",
"Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Trisetum flavescens",
"Veronica arvensis", "Veronica chamaedrys", "Ajuga reptans",
"Alopecurus pratensis", "Carex flacca", "Dianthus carthusianorum ",
"Festuca arundinacea ", "Festuca rubra ", "Galium mollugo ",
"Holcus lanatus", "Knautia arvensis", "Scabiosa columbaria",
"Thymus serpyllum ", "Veronica serpyllifolia ", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", ""), `515158` = c("Abies alba", "Acer platanoides",
"Acer pseudoplatanus", "Cardamine heptaphylla", "Euphorbia amygdaloides",
"Fagus sylvatica", "Festuca altissima", "Fraxinus excelsior",
"Galium odoratum", "Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ",
"Melittis melissophyllum", "Mercurialis perennis", "Oxalis acetosella",
"Phyteuma spicatum", "Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea",
"Rubus idaeus", "Viola reichenbachiana ", "Hordelymus europaeus",
"", "", "", ""), `515162` = c("Acer pseudoplatanus", "Adenostyles alliariae",
"Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Arabis ciliata", "Asplenium viride",
"Aster bellidiastrum", "Carex ornithopoda", "Centaurea montana",
"Chaerophyllum hirsutum ", "Dryopteris filix-mas", "Epilobium montanum",
"Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Galium anisophyllon", "Geranium
sylvaticum",
"Hieracium murorum ", "Homogyne alpina", "Lamium galeobdolon ",
"Leontodon hispidus ", "Leucanthemum vulgare ", "Lonicera nigra",
"Luzula luzulina", "Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia",
"Phyteuma spicatum", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
"Polystichum lonchitis", "Ranunculus nemorosus ", "Rubus idaeus",
"Saxifraga rotundifolia", "Silene vulgaris ", "Sorbus aucuparia",
"Vaccinium myrtillus", "Vaccinium vitis-idaea", "Valeriana montana",
"Veronica officinalis", "Veronica urticifolia", "Viola biflora",
"Knautia dipsacifolia", "Primula elatior", "Rosa pendulina",
"Rumex alpestris", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", ""), `515166` = c("Achillea millefolium ", "Agrostis capillaris",
"Alchemilla alpina ", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
"Anthyllis vulneraria ", "Arabis ciliata", "Asperula cynanchica",
"Briza media", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia", "Cardamine
pratensis ",
"Carex caryophyllea", "Carex flacca", "Carlina acaulis", "Carum carvi",
"Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cirsium acaule",
"Coeloglossum viride", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
"Erophila verna ", "Euphorbia cyparissias", "Festuca ovina ",
"Festuca rubra ", "Gymnadenia conopsea", "Helianthemum nummularium ",
"Helictotrichon pubescens", "Hieracium pilosella ", "Hippocrepis comosa",
"Hypericum maculatum ", "Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ",
"Medicago lupulina", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago atrata",
"Plantago lanceolata", "Plantago media", "Poa alpina", "Poa trivialis ",
"Potentilla erecta", "Potentilla neumanniana", "Primula veris ",
"Prunella vulgaris", "Ranunculus bulbosus", "Rhinanthus alectorolophus",
"Rhinanthus minor", "Sanguisorba minor ", "Silene nutans ", "Thymus serpyllum ",
"Trifolium montanum", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
"Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis", "Veronica serpyllifolia ",
"Picea abies", "Ranunculus acris ", "Ranunculus montanus ", "Rumex acetosa",
"Potentilla crantzii", "Linum catharticum", "Galium anisophyllon",
"Leucanthemum vulgare ", "Trisetum flavescens", "Crocus albiflorus",
"", "", "", "", "", ""), `521150` = c("Agropyron repens", "Agrostis
stolonifera",
"Anthriscus sylvestris", "Arrhenatherum elatius", "Bellis perennis",
"Bromus hordeaceus", "Cerastium fontanum ", "Crepis biennis",
"Dactylis glomerata", "Festuca arundinacea ", "Geum urbanum",
"Glechoma hederacea ", "Heracleum sphondylium ", "Holcus lanatus",
"Lolium multiflorum", "Lolium perenne", "Myosotis arvensis",
"Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
"Potentilla reptans", "Ranunculus acris ", "Ranunculus ficaria",
"Rumex acetosa", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
"Trifolium dubium", "Trifolium pratense ", "Trisetum flavescens",
"Veronica arvensis", "Veronica chamaedrys", "Veronica hederifolia",
"Veronica serpyllifolia ", "Lysimachia nummularia", "Trifolium repens",
"Hedera helix", "Daucus carota", "Prunella vulgaris", "Fraxinus excelsior",
"Leucanthemum vulgare ", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
"", "", ""), `521154` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
"Anemone nemorosa", "Fagus sylvatica", "Fraxinus excelsior",
"Galeopsis tetrahit", "Galium odoratum", "Hedera helix", "Lamium galeobdolon ",
"Luzula pilosa", "Rubus fruticosus ", "Viburnum opulus", "Castanea sativa",
"Deschampsia cespitosa", "Picea abies", "", "", "", "", "", ""
), `521158` = character(0), `521162` = c("Agropyron repens",
"Agrostis capillaris", "Bromus hordeaceus", "Bromus sterilis",
"Chenopodium album", "Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata",
"Echinochloa crus-galli", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
"Geranium dissectum", "Hedera helix", "Holcus mollis", "Lamium purpureum",
"Lolium multiflorum", "Lolium perenne", "Plantago lanceolata",
"Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Polygonum aviculare ", "Ranunculus acris ",
"Stellaria media ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
"Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ", "Cerastium fontanum ",
"Rumex acetosa", "Viola tricolor ", "Brassica napus", "Sorbus aria",
"Prunus avium", "Acer pseudoplatanus", "Geranium pyrenaicum",
"Fraxinus excelsior", "Galium aparine", "Taraxacum officinale ",
"Festuca arundinacea ", "Holcus lanatus", "Digitaria sanguinalis",
"Setaria pumila", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `521166` =
c("Acer platanoides",
"Acer pseudoplatanus", "Adoxa moschatellina", "Alliaria petiolata",
"Anthriscus sylvestris", "Arrhenatherum elatius", "Arum maculatum",
"Chaerophyllum aureum", "Clinopodium vulgare", "Convolvulus arvensis",
"Crataegus monogyna ", "Fraxinus excelsior", "Galium aparine",
"Galium odoratum", "Geranium robertianum ", "Glechoma hederacea ",
"Hedera helix", "Lamium maculatum", "Lapsana communis", "Poa nemoralis",
"Poa trivialis ", "Ranunculus bulbosus", "Rubus caesius", "Taraxacum
officinale ",
"Urtica dioica", "Veronica chamaedrys", "Veronica hederifolia",
"Viola alba ", "Agropyron repens", "Brachypodium pinnatum", "Crepis biennis",
"Dactylis glomerata", "Euonymus europea", "Festuca rubra ", "Galium mollugo ",
"Poa pratensis ", "Quercus petraea", "Ranunculus acris ", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `521170` = c("Achillea millefolium ",
"Agrostis capillaris", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
"Bromus erectus ", "Cardamine pratensis ", "Carex flacca", "Carum carvi",
"Cerastium fontanum ", "Crepis Mollis", "Cynosurus cristatus",
"Dactylis glomerata", "Festuca pratensis ", "Galium verum ",
"Helictotrichon pubescens", "Hypericum perforatum", "Lathyrus pratensis",
"Leucanthemum vulgare ", "Lolium perenne", "Lotus corniculatus ",
"Luzula campestris ", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago lanceolata",
"Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ",
"Rumex acetosa", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
"Trifolium repens", "Trisetum flavescens", "Veronica chamaedrys",
"Veronica serpyllifolia ", "Vicia sepium", "Anemone nemorosa",
"Hypericum maculatum ", "Rhinanthus minor", "Leontodon autumnalis",
"Festuca rubra ", "Crocus albiflorus", "", ""), `521174` = c("Abies alba",
"Acer pseudoplatanus", "Corylus avellana", "Euphorbia dulcis",
"Fagus sylvatica", "Galium odoratum", "Hedera helix", "Lonicera xylosteum",
"Mercurialis perennis", "Pinus sylvestris", "Viola reichenbachiana ",
"Fraxinus excelsior", "Picea abies", "", ""), `521178` = c("Abies alba",
"Acer pseudoplatanus", "Anemone nemorosa", "Cardamine heptaphylla",
"Carex muricata ", "Corylus avellana", "Dactylis glomerata",
"Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca",
"Galium odoratum", "Geranium robertianum ", "Heracleum sphondylium ",
"Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus", "Knautia dipsacifolia",
"Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ", "Lonicera nigra",
"Lonicera xylosteum", "Luzula sylvatica ", "Melica nutans",
"Mercurialis perennis",
"Milium effusum", "Moehringia trinervia", "Mycelis muralis",
"Oxalis acetosella", "Polygonatum verticillatum", "Ranunculus aconitifolius",
"Ribes alpinum", "Ribes petraeum", "Rosa pendulina", "Rubus idaeus",
"Sambucus racemosa", "Solidago virgaurea ", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia",
"Veronica chamaedrys", "Viola reichenbachiana ", "Ajuga reptans",
"Fraxinus excelsior", "Hypericum hirsutum", "Phyteuma spicatum",
"Primula elatior", "", "", "", "", "", ""), `527154` = c("Achillea
millefolium ",
"Apera spica-venti", "Brassica napus", "Daucus carota", "Equisetum arvense",
"Euphorbia platyphyllos", "Fallopia convolvulus", "Lolium multiflorum",
"Medicago sativa", "Papaver rhoeas", "Poa annua", "Rumex obtusifolius",
"Sherardia arvensis", "Sonchus asper", "Taraxacum officinale ",
"Tripleurospermum perforatum", "Veronica persica", "Viola tricolor ",
"Chenopodium album", "Cerastium fontanum ", "Polygonum persicaria",
"Fagopyrum esculentum", "Anagallis arvensis", "Oxalis fontana",
"Convolvulus arvensis", "Myosotis arvensis", "Plantago major ",
"Veronica hederifolia", "Poa trivialis ", "Lolium perenne", "Setaria pumila",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""), `527158` = c("Agropyron repens",
"Festuca pratensis ", "Polygonum aviculare ", "Sinapis arvensis",
"Brassica napus", "Viola tricolor ", "", "", "", "", ""), `527162` =
c("Aethusa cynapium",
"Capsella bursa-pastoris", "Chenopodium album", "Chenopodium polyspermum",
"Plantago major ", "Poa annua", "Polygonum aviculare ", "Polygonum
lapathifolium ",
"Solanum nigrum ", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
"Anagallis arvensis", "Atriplex patula", "Brassica napus", "Matricaria
discoidea",
"Polygonum persicaria", "Rumex obtusifolius", "Sonchus oleraceus",
"Trifolium repens", "Tripleurospermum perforatum", "Viola tricolor ",
"", "", "", "", "", ""), `527166` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
"Anemone nemorosa", "Carpinus betulus", "Corylus avellana", "Fagus sylvatica",
"Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Lamium galeobdolon ",
"Phyteuma spicatum", "Rubus fruticosus ", "", "", "", ""), `527170` =
c("Acer opalus",
"Asplenium ruta-muraria", "Brachypodium sylvaticum", "Campanula rotundifolia",
"Carex digitata", "Carex halleriana", "Crataegus monogyna ",
"Euphorbia dulcis", "Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Hepatica nobilis",
"Hieracium murorum ", "Hippocrepis emerus", "Ligustrum vulgare",
"Melittis melissophyllum", "Primula acaulis", "Sesleria caerulea",
"Sorbus aria", "Taxus baccata", "Teucrium chamaedrys", "Thymus serpyllum ",
"Bromus erectus ", "Melica nutans", "Melica uniflora", "Mercurialis perennis",
"Viola hirta", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", ""), `527174` = c("Abies alba", "Corylus avellana",
"Fagus sylvatica", "Fragaria vesca", "Fraxinus excelsior", "Galium odoratum",
"Galium rotundifolium", "Hedera helix", "Hieracium murorum ",
"Juglans regia", "Luzula pilosa", "Picea abies", "Rubus fruticosus ",
"Rubus idaeus", "Sorbus aria", "Viola reichenbachiana ", "Euonymus europea",
"Quercus petraea", "", "", "", "", ""), `527178` = c("Arabidopsis thaliana",
"Bellis perennis", "Bromus hordeaceus", "Capsella bursa-pastoris",
"Cardamine hirsuta", "Cerastium fontanum ", "Dactylis glomerata",
"Lolium multiflorum", "Medicago sativa", "Myosotis arvensis",
"Phleum pratense ", "Plantago lanceolata", "Poa trivialis ",
"Ranunculus acris ", "Rumex obtusifolius", "Stellaria media ",
"Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Veronica arvensis",
"Veronica persica", "Arrhenatherum elatius", "Erophila verna ",
"Festuca pratensis ", "Lamium purpureum", "Poa pratensis ",
"Ranunculus bulbosus",
"Rumex acetosa", "Trifolium repens", "", "", "", "", ""), `527182` =
c("Abies alba",
"Acer pseudoplatanus", "Cardamine pentaphyllos", "Dryopteris filix-mas",
"Fagus sylvatica", "Fraxinus excelsior", "Galium odoratum", "Lamium
galeobdolon ",
"Mercurialis perennis", "", ""), `527186` = c("Abies alba", "Acer
pseudoplatanus",
"Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ",
"Anemone nemorosa", "Campanula rotundifolia", "Cardamine hirsuta",
"Carex digitata", "Carex sylvatica", "Dactylis glomerata",
"Dactylorhiza maculata ",
"Epilobium montanum", "Euphorbia cyparissias", "Fagus sylvatica",
"Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Hieracium murorum ", "Lonicera nigra",
"Lonicera xylosteum", "Luzula pilosa", "Melampyrum sylvaticum",
"Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia", "Picea abies", "Poa nemoralis",
"Potentilla erecta", "Ranunculus acris ", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia",
"Trifolium pratense ", "Veronica chamaedrys", "Vicia sepium",
"Viola reichenbachiana ", "Ranunculus nemorosus ", "Arabis ciliata",
"Primula elatior", "Rubus idaeus", "Galeopsis tetrahit", "Veronica officinalis",
"Galium odoratum", "Taraxacum officinale ", "Luzula luzulina",
"Hordelymus europaeus", "Anthoxanthum odoratum ", "Polygonatum verticillatum",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
), `527190` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus", "Ajuga reptans",
"Athyrium filix-femina", "Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica",
"Galeopsis tetrahit", "Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ",
"Lonicera nigra", "Moehringia trinervia", "Mycelis muralis",
"Oxalis acetosella", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
"Primula elatior", "Ribes petraeum", "Rubus idaeus", "Sambucus racemosa",
"Sorbus aucuparia", "Dactylis glomerata", "Epilobium montanum",
"Phyteuma spicatum", "Taraxacum officinale ", "Veronica chamaedrys",
"", "", "", "", "", "", ""), `527194` = c("Agrostis capillaris",
"Alchemilla vulgaris ", "Alopecurus pratensis", "Anthoxanthum odoratum ",
"Anthriscus sylvestris", "Cerastium fontanum ", "Crepis biennis",
"Dactylis glomerata", "Fraxinus excelsior", "Heracleum sphondylium ",
"Lolium perenne", "Myosotis scorpioides", "Phleum pratense ",
"Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
"Ranunculus acris ", "Rumex acetosa", "Rumex obtusifolius",
"Sanguisorba officinalis",
"Silene dioica", "Taraxacum officinale ", "Trifolium repens",
"Trisetum flavescens", "Veronica arvensis", "Veronica serpyllifolia ",
"Vicia cracca ", "Vicia sepium", "Cardamine pratensis ", "Trifolium pratense ",
""), `527198` = c("Abies alba", "Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ",
"Anemone nemorosa", "Anthoxanthum odoratum ", "Asplenium trichomanes",
"Campanula rotundifolia", "Cardamine hirsuta", "Carex ornithopoda",
"Carex sylvatica", "Centaurea montana", "Clinopodium vulgare",
"Corylus avellana", "Dactylis glomerata", "Dactylorhiza maculata ",
"Euphorbia cyparissias", "Festuca rubra ", "Fragaria vesca",
"Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ", "Hieracium pilosella ",
"Hypericum maculatum ", "Lamium galeobdolon ", "Leucanthemum vulgare ",
"Luzula pilosa", "Moehringia muscosa", "Mycelis muralis", "Oxalis acetosella",
"Picea abies", "Polygonatum verticillatum", "Potentilla erecta",
"Primula elatior", "Ranunculus nemorosus ", "Ranunculus platanifolius",
"Rosa pendulina", "Rubus idaeus", "Sedum album", "Senecio ovatus",
"Sorbus aucuparia", "Taraxacum officinale ", "Vaccinium myrtillus",
"Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis", "Vicia sepium",
"Viola reichenbachiana ", "Agrostis capillaris", "Cardamine pratensis ",
"Epilobium montanum", "Fagus sylvatica", "Gentiana lutea", "Geranium
sylvaticum",
"Luzula luzulina", "Ranunculus aconitifolius", "Ranunculus lanuginosus",
"", "", "", "", "", "")), .Names = c("491114", "491118", "497114",
"497118", "497142", "497146", "503114", "503118", "503130", "503134",
"503138", "503142", "503146", "503150", "503154", "503158", "503162",
"509122", "509142", "509146", "509150", "509154", "509158", "509162",
"509166", "515150", "515154", "515158", "515162", "515166", "521150",
"521154", "521158", "521162", "521166", "521170", "521174", "521178",
"527154", "527158", "527162", "527166", "527170", "527174", "527178",
"527182", "527186", "527190", "527194", "527198"))
> dput(LCT)
structure(list(AFH_8_2_1_1.txt = c("Hypochaeris glabra", "Papaver argemone",
"Raphanus raphanistrum", "Vicia tetrasperma", "Vicia villosa",
"Anthemis arvensis", "Apera spica-venti", "Aphanes arvensis",
"Arabidopsis thaliana", "Matricaria chamomilla", "Scleranthus annuus"
), AFH_8_2_1_2.txt = c("Adonis aestivalis", "Adonis flammea",
"Ajuga chamaepitys", "Androsace maxima", "Asperula arvensis",
"Bifora radians", "Bupleurum rotundifolium", "Caucalis platycarpos",
"Conringia orientalis", "Consolida regalis", "Euphorbia exigua",
"Fumaria vaillantii", "Galium tricornutum", "Iberis amara", "Kickxia spuria",
"Lathyrus aphaca", "Lathyrus cicera", "Lathyrus tuberosus", "Myagrum
perfoliatum",
"Nigella arvensis", "Orlaya grandiflora", "Polycnemum arvense",
"Reseda phyteuma", "Scandix pecten-veneris", "Silene noctiflora",
"Stachys annua", "Thymelaea passerina", "Torilis arvensis", "Turgenia
latifolia",
"Vaccaria hispanica", "Valerianella rimosa", "Kickxia elatine",
"Papaver rhoeas", "Ranunculus arvensis", "Viola arvensis"),
AFH_8_2_3_1.txt = c("Chenopodium glaucum",
"Chrysanthemum segetum", "Erysimum cheiranthoides", "Galeopsis speciosa",
"Oxalis dillenii", "Oxalis fontana", "Chenopodium ficifolium",
"Chenopodium polyspermum", "Chenopodium rubrum", "Galinsoga ciliata",
"Polygonum persicaria", "Ranunculus repens"), AFH_8_2_3_2.txt =
c("Fumaria officinalis",
"Mercurialis annua", "Veronica polita", "Allium vineale", "Althaea hirsuta",
"Calendula arvensis", "Eranthis hyemalis", "Erucastrum gallicum",
"Euphorbia helioscopia", "Euphorbia peplus", "Fumaria schleicheri",
"Geranium dissectum", "Geranium rotundifolium", "Lamium hybridum",
"Muscari racemosum", "Ornithogalum umbellatum", "Thlaspi alliaceum",
"Tulipa sylvestris", "Aethusa cynapium", "Lamium purpureum",
"Sonchus oleraceus", "Veronica persica"), AFH_8_2_3_3.txt =
c("Amaranthus cruentus",
"Digitaria ischaemum", "Galinsoga parviflora", "Panicum miliaceum",
"Setaria pumila", "Setaria glauca", "Setaria verticillata",
"Amaranthus bouchonii",
"Amaranthus retroflexus", "Digitaria sanguinalis", "Echinochloa crus-galli",
"Panicum capillare", "Panicum dichotomiflorum"), AFH_8_2_3_4.txt =
c("Eragrostis pilosa",
"Bufonia paniculata", "Eragrostis cilianensis", "Heliotropium europaeum",
"Setaria italica", "Tragus racemosus", "Amaranthus albus", "Amaranthus blitum",
"Digitaria sanguinalis", "Eragrostis minor", "Erodium cicutarium",
"Portulaca oleracea"), FCH_5_2_2.txt = c("Digitalis purpurea",
"Senecio sylvaticus", "Epilobium angustifolium"), FCH_6_6_1.txt =
c("Abies alba",
"Picea abies", "Vaccinium myrtillus"), FCH_6_6_2.txt = c("Galium triflorum",
"Calamagrostis villosa", "Picea abies", "Vaccinium myrtillus"
), FCH_6_6_3.txt = c("Larix decidua", "Pinus cembra", "Rhododendron
ferrugineum",
"Vaccinium gaultherioides", "Vaccinium myrtillus"), FCH_6_6_4.txt =
c("Larix decidua",
"Rhododendron ferrugineum", "Vaccinium myrtillus", "Vaccinium vitis-idaea"
), FCL_6_4_1.txt = c("Aster amellus", "Cirsium tuberosum", "Thlaspi montanum",
"Calamagrostis varia", "Molinia arundinacea", "Pinus sylvestris"
), FCL_6_4_2.txt = c("Cytisus nigricans", "Daphne cneorum", "Leontodon incanus",
"Rhamnus saxatilis", "Thesium rostratum", "Carex alba", "Erica carnea",
"Picea abies", "Pinus sylvestris"), FCL_6_4_3.txt = c("Astragalus exscapus",
"Astragalus monspessulanus", "Coronilla minima", "Odontites viscosus",
"Ononis rotundifolia", "Arctostaphylos uva-ursi", "Carex humilis",
"Pinus sylvestris"), FCL_6_5_3.txt = c("Picea abies", "Vaccinium myrtillus"
), FCL_6_6_5.txt = c("Daphne striata", "Erica carnea", "Pinus mugo",
"Rhododendron hirsutum"), FDH_5_2_1.txt = c("Arctium nemorosum",
"Bromus ramosus", "Geranium bohemicum", "Hypericum hirsutum",
"Stachys alpina", "Atropa bella-donna", "Fragaria vesca", "Galeopsis tetrahit",
"Rubus idaeus"), FDH_6_1_4.txt = c("Carex brizoides", "Carex pendula",
"Carex remota", "Carex strigosa", "Equisetum telmateia", "Malaxis monophyllos",
"Matteuccia struthiopteris", "Prunus padus", "Ribes rubrum",
"Ulmus laevis", "Fraxinus excelsior", "Quercus robur"), FDH_6_2_3.txt
= c("Allium ursinum",
"Anemone nemorosa", "Arum maculatum", "Circaea lutetiana", "Fagus sylvatica",
"Galium odoratum"), FDL_6_1_1.txt = c("Carex elongata", "Dryopteris cristata",
"Galium elongatum", "Hypericum androsaemum", "Osmunda regalis",
"Ribes nigrum", "Thelypteris palustris", "Alnus glutinosa"),
FDL_6_1_2.txt = c("Salix fragilis", "Salix viminalis", "Salix x rubens",
"Salix alba"), FDL_6_1_3.txt = c("Alnus incana", "Equisetum hyemale",
"Rubus caesius"), FDL_6_2_2.txt = c("Fagus sylvatica", "Luzula luzuloides",
"Luzula nivea", "Luzula sylvatica", "Melampyrum pratense",
"Quercus petraea"), FDL_6_3_1.txt = c("Aconitum variegatum",
"Campanula latifolia", "Lunaria rediviva", "Phyllitis scolopendrium",
"Polystichum setiferum", "Acer pseudoplatanus", "Mercurialis perennis"
), FDL_6_3_2.txt = c("Euonymus latifolius", "Staphylea pinnata",
"Acer opalus", "Corylus avellana", "Mercurialis perennis",
"Tilia cordata", "Tilia platyphyllos"), FDL_6_3_3.txt =
c("Dactylis polygama",
"Isopyrum thalictroides", "Stellaria holostea", "Anemone nemorosa",
"Carex montana", "Carex pilosa", "Carpinus betulus", "Festuca heterophylla",
"Quercus petraea", "Quercus robur"), FDL_6_3_4.txt = c("Asplenium
onopteris",
"Buglossoides purpurocaerulea", "Lonicera etrusca", "Mercurialis ovata",
"Viola suavis", "Acer opalus", "Carex montana", "Cornus mas",
"Hippocrepis emerus", "Quercus petraea", "Quercus pubescens"
), FDL_6_3_5.txt = c("Celtis australis", "Cnidium silaifolium",
"Lathyrus venetus", "Cornus mas", "Fraxinus ornus", "Hippocrepis emerus",
"Ostrya carpinifolia", "Quercus pubescens", "Teucrium chamaedrys"
), FDL_6_3_6.txt = c("Festuca heterophylla", "Luzula nivea",
"Molinia arundinacea", "Pteridium aquilinum", "Quercus petraea"
), FDL_6_3_7.txt = c("Castanea sativa", "Festuca heteraphylla",
"Luzula nivea", "Molinia arundinacea", "Pteridium aquilinum",
"Quercus petraea"), FDL_6_5_1.txt = c("Betula pendula", "Betula pubescens",
"Molinia caerulea", "Vaccinium myrtillus"), FMH_6_2_4.txt =
c("Cardamine heptaphylla",
"Fagus sylvatica", "Galium odoratum", "Lamium galeobdolon",
"Mercurialis perennis"), FMH_6_2_5.txt = c("Abies alba",
"Adenostyles alliariae", "Athyrium filix-femina", "Fagus sylvatica",
"Hordelymus europaeus", "Picea abies"), FML_6_2_1.txt =
c("Cephalanthera damasonium",
"Cephalanthera longifolia", "Cephalanthera rubra", "Acer opalus",
"Carex alba", "Carex flacca", "Carex montana", "Fagus sylvatica",
"Quercus petraea", "Sesleria caerulea", "Taxus baccata"),
FML_6_4_4.txt = c("Chimaphila umbellata", "Diphasiastrum complanatum",
"Calluna vulgaris", "Pinus sylvestris", "Vaccinium myrtillus"
), FML_6_5_2.txt = c("Pinus mugo", "Vaccinium myrtillus",
"Vaccinium uliginosum"), GDL_4_2_1_1.txt = c("Festuca rupicola",
"Festuca valesiaca", "Stipa capillata", "Stipa eriocaulis Borbas",
"Achillea tomentosa", "Alyssum alpestre", "Artemisia vallesiaca",
"Astragalus onobrychis", "Centaurea valesiaca", "Dracocephalum austriacum",
"Ephedra helvetica", "Linum austriacum", "Onosma helvetica",
"Onosma pseudoarenaria", "Poa molinerii", "Poa perconcinna",
"Potentilla cinerea", "Pulsatilla halleri", "Scabiosa triandra",
"Carex humilis", "Koeleria macrantha", "Koeleria vallesiana"
), GDL_4_2_1_2.txt = c("Adonis vernalis", "Astragalus exscapus",
"Hypochaeris maculata", "Inula spiraeifolia", "Knautia purpurea",
"Onobrychis arenaria", "Oxytropis halleri", "Potentilla alba",
"Potentilla arenaria", "Scabiosa ochroleuca", "Stipa pennata",
"Tephroseris integrifolia", "Thesium linophyllon", "Veronica prostrata",
"Brachypodium pinnatum", "Bromus erectus", "Carex humilis"
), GDL_4_2_2.txt = c("Allium carinatum", "Anthyllis montana",
"Eryngium campestre", "Helianthemum apenninum", "Helianthemum canum",
"Potentilla leucopolitana", "Pulsatilla vulgaris", "Salvia sclarea",
"Anthericum liliago", "Artemisia campestris", "Bromus erectus",
"Festuca guestfalica", "Fumana procumbens", "Globularia bisnagarica",
"Hippocrepis comosa", "Linum tenuifolium", "Potentilla neumanniana",
"Stachys recta", "Teucrium chamaedrys", "Trinia glauca",
"Veronica spicata"), GDL_4_2_3.txt = c("Chrysopogon grylus",
"Heteropogon contortus", "Bromus erectus", "Cleistogenes serotina",
"Danthonia alpina", "Bothriochloa ischaemum", "Bromus erectus",
"Carex humilis"), GDL_4_2_4.txt = c("Anacamptis pyramidalis",
"Euphorbia verrucosa", "Gentiana ciliata", "Gentiana germanica",
"Himantoglossum hircinum", "Ononis repens", "Ophrys apifera",
"Ophrys apifera", "Ophrys araneola", "Ophrys holosericea",
"Ophrys sphegodes", "Orchis morio", "Orchis simia", "Orchis tridentate",
"Polygala calcarea", "Prunella laciniata", "Spiranthes spiralis",
"Brachypodium pinnatum", "Bromus erectus", "Festuca ovina",
"Onobrychis viciifolia", "Sanguisorba minor"), GDL_4_3_1.txt =
c("Arabis ciliata",
"Arenaria grandiflora", "Bupleurum ranunculoides", "Carex baldensis",
"Hieracium pilosum", "Hieracium villosum", "Koeleria eriostachya",
"Oxytropis helvetica", "Oxytropis jacquinii", "Scutellaria alpina",
"Taraxacum aquilonare", "Carex austroalpina", "Carex sempervirens",
"Festuca curvula", "Sesleria caerulea"), GDL_4_3_5.txt = c("Arnica montana",
"Geum montanum", "Ajuga pyramidalis", "Campanula barbata",
"Gentiana acaulis", "Hypochaeris uniflora", "Luzula alpina",
"Meum athamanticum", "Pseudorchis albida", "Agrostis schraderiana",
"Antennaria dioica", "Leontodon helveticus", "Nardus stricta"
), GDL_4_3_6.txt = c("Armeria alpina", "Euphrasia christii",
"Koeleria hirsuta", "Laserpitium halleri", "Sempervivum wulfenii",
"Valeriana celtica", "Festuca acuminata", "Festuca paniculata",
"Festuca scabriculmis", "Helictotrichon pratense", "Poa violacea"
), GFGH_4_5_3.txt = c("Crepis capillaris", "Gaudinia fragilis",
"Leontodon autumnalis", "Phleum bertolonii", "Senecio jacobaea",
"Trifolium patens", "Veronica filiformis", "Bellis perennis",
"Cynosurus cristatus", "Festuca pratensis", "Festuca rubra",
"Lolium perenne", "Prunella vulgaris", "Trifolium repens"
), GFGH_4_5_4.txt = c("Cerastium fontanum", "Crepis aurea",
"Phleum rhaeticum", "Festuca rubra", "Poa alpina", "Trifolium badium"
), GFMH_4_5_1.txt = c("Arrhenatherum elatius", "Campanula patula",
"Crepis biennis", "Geranium pratense", "Malva moschata",
"Anthriscus sylvestris", "Bromus hordeaceus", "Dactylis glomerata",
"Festuca pratensis", "Holcus lanatus", "Poa trivialis",
"Rhinanthus alectorolophus",
"Rumex acetosa"), GFMH_4_5_2.txt = c("Campanula rhomboidalis",
"Cardaminopsis halleri", "Centaurea pseudophrygia", "Muscari botryoides",
"Narcissus radiiflorus", "Polygonum alpinum", "Thlaspi brachypetalum",
"Geranium sylvaticum", "Polygonum bistorta", "Trisetum flavescens",
"Trollius europaeus"), GWL_2_2_1.txt = c("Carex acuta", "Carex
appropinquata",
"Carex elata", "Carex riparia\xca", "Carex vesicaria", "Carex cespitosa",
"Carex disticha", "Carex juncella", "Peucedanum palustre",
"Rorippa x anceps", "Scutellaria galericulata", "Senecio paludosus",
"Carex paniculata", "Carex rostrata", "Carex vulpina"),
GWL_2_2_2.txt = c("Carex canescens",
"Eriophorum scheuchzeri", "Cardamine matthioli", "Carex echinata",
"Carex norvegica", "Carex paupercula", "Phleum alpinum",
"Stellaria palustris", "Viola palustris", "Carex nigra",
"Trichophorum cespitosum"), GWL_2_2_3.txt = c("Carex davalliana",
"Schoenus ferrugineus", "Schoenus nigricans", "Carex dioica",
"Dactylorhiza cruenta", "Eriophorum latifolium", "Liparis loeselii",
"Orchis palustris", "Pinguicula leptoceras", "Primula farinosa",
"Spiranthes aestivalis", "Swertia perennis", "Carex panicea",
"Trichophorum cespitosum", "Typha minima"), GWL_2_3_1.txt =
c("Allium angulosum",
"Allium suaveolens", "Anagallis tenella", "Carex tomentosa",
"Cirsium tuberosum", "Festuca trichophylla", "Gentiana amarella",
"Gentiana asclepiadea", "Gentiana pneumonanthe", "Gladiolus imbricatus",
"Gladiolus palustris", "Gratiola officinalis", "Iris sibirica",
"Juncus acutiflorus", "Laserpitium prutenicum", "Lathyrus palustris",
"Lotus maritimus", "Oenanthe lachenalii", "Oenanthe peucedanifolia",
"Ophioglossum vulgatum", "Scorzonera humilis", "Selinum carvifolia",
"Serratula tinctoria", "Sisyrinchium montanum", "Viola elatior",
"Viola persicifolia", "Viola pumila", "Juncus conglomeratus",
"Molinia caerulea"), GWL_2_3_2.txt = c("Bromus racemosus",
"Cirsium rivulare", "Crepis paludosa", "Fritillaria meleagris",
"Lotus pedunculatus", "Myosotis nemorosa", "Senecio aquaticus",
"Scirpus sylvaticus", "Caltha palustris", "Polygonum bistorta",
"Ranunculus aconitifolius"), GWL_4_3_3.txt = c("Carex ferruginea",
"Agrostis schleicheri", "Crepis bocconei", "Dianthus superbus",
"Festuca norica", "Festuca pulchella", "Lathyrus occidentalis",
"Pedicularis foliosa", "Pedicularis rostratospicata", "Phleum hirsutum",
"Serratula tinctoria", "Traunsteinera globosa", "Calamagrostis varia",
"Festuca violacea", "Laserpitium latifolium"), PL_2_5_1.txt =
c("Anagallis minima",
"Blackstonia acuminata", "Blackstonia perfoliata", "Carex bohemica",
"Centaurium pulchellum", "Cyperus michelianus", "Eleocharis ovata",
"Gnaphalium luteoalbum", "Gypsophila muralis", "Illecebrum verticillatum",
"Isolepis setacea", "Juncus ambiguus", "Juncus capitatus",
"Juncus sphaerocarpus", "Juncus tenageia", "Limosella aquatica",
"Lindernia procumbens", "Ludwigia palustris", "Lythrum hyssopifolia",
"Lythrum portula", "Montia fontana", "Myosurus minimus",
"Radiola linoides", "Ranunculus sardous", "Sagina apetala",
"Sagina nodosa", "Sagina subulata", "Schoenoplectus supinus",
"Spergularia segetalis", "Veronica acinifolia", "Veronica anagalloides",
"Veronica scutellata", "Cyperus flavescens", "Cyperus fuscus",
"Juncus bufonius"), PL_2_5_2.txt = c("Bidens bipinnata",
"Bidens cernua", "Bidens connata", "Bidens frondosa", "Bidens radiata",
"Bidens subalternans", "Brassica nigra", "Corrigiola litoralis",
"Potentilla supina", "Pulicaria vulgaris", "Ranunculus sceleratus",
"Rumex maritimus", "Sisymbrium supinum", "Veronica peregrina",
"Alopecurus aequalis", "Bidens tripartita", "Impatiens balfourii",
"Polygonum hydropiper", "Polygonum lapathifolium", "Polygonum minus",
"Polygonum mite"), PL_3_2_1_1.txt = c("Calamagrostis pseudophragmites",
"Chondrilla chondrilloides", "Erigeron acer", "Glaucium flavum",
"Hieracium staticifolium", "Ptychotis saxifraga", "Scrophularia canina",
"Trifolium saxatile", "Epilobium dodonaei", "Epilobium fleischeri"
), PL_3_3_1_5.txt = c("Calamintha nepetoides", "Centranthus angustifolius",
"Erysimum ochroleucum", "Iberis linifolia", "Linaria alpina",
"Scrophularia juratensis", "Achnatherum calamagrostis", "Galeopsis
angustifolia",
"Rumex scutatus"), PL_3_3_2_3.txt = c("Anarrhinum bellidifolium",
"Epilobium lanceolatum", "Galeopsis segetum", "Rumex scutatus",
"Sedum album", "Senecio viscosus"), PL_4_1_1.txt = c("Arabis auriculata",
"Cerastium brachypetalum", "Cerastium pumilum", "Clypeola jonthlaspi",
"Dianthus gratianopolitanus", "Erophila praecox", "Micropus erectus",
"Minuartia hybrida", "Minuartia rubra", "Veronica praecox",
"Alyssum alyssoides", "Hornungia petraea", "Poa badensis",
"Saxifraga tridactylites", "Sedum album", "Sedum sexangulare"
), PL_4_1_3.txt = c("Aira caryophyllea", "Aira elegantissima",
"Cruciata pedemontana", "Filago minima", "Filago pyramidata",
"Gagea saxatilis", "Minuartia viscosa", "Myosotis discolor",
"Myosotis ramosissima", "Myosotis stricta", "Potentilla argentea",
"Scleranthus annuus", "Vicia lathyroides", "Vulpia bromoides",
"Arabidopsis thaliana", "Poa bulbosa", "Sedum montanum",
"Veronica verna"), PL_4_6_1.txt = c("Anthemis tinctoria",
"Asparagus officinalis", "Calepina irregularis", "Carex praecox",
"Centaurea stoebe", "Chondrilla juncea", "Falcaria vulgaris",
"Melica transsilvanica", "Scorzonera laciniata", "Tragopogon dubius",
"Agropyron intermedium", "Agropyron repens", "Bromus inermis",
"Cardaria draba", "Convolvulus arvensis"), PL_5_3_6.txt =
c("Myricaria germanica",
"Calamagrostis epigejos", "Hippopha\x91 rhamnoides", "Salix daphnoides",
"Salix elaeagnos", "Salix purpurea"), PL_6_3_9.txt = c("Robinia
pseudoacacia",
"Bromus sterilis", "Chelidonium majus", "Clematis vitalba"
), PL_7_1_1.txt = c("Agropyron pungens", "Alopecurus geniculatus",
"Apium repens", "Barbarea vulgaris", "Holoschoenus romanus",
"Inula britannica", "Juncus compressus", "Mentha pulegium",
"Mentha suaveolens", "Plantago major", "Pulicaria dysenterica",
"Teucrium scordium", "Trifolium fragiferum", "Agropyron repens",
"Agrostis stolonifera", "Carex hirta", "Carex otrubae", "Equisetum arvense",
"Festuca arundinacea", "Juncus inflexus", "Mentha longifolia",
"Potentilla anserina", "Potentilla reptans", "Ranunculus repens",
"Rumex conglomeratus", "Rumex crispus", "Rumex obtusifolius"
), PL_7_1_3.txt = c("Gagea fragifera", "Alchemilla vulgaris",
"Plantago major", "Poa supina"), PL_7_1_4.txt = c("Chenopodium botrys",
"Consolida ajacis", "Cynosurus echinatus", "Eruca sativa",
"Erysimum repandum", "Hirschfeldia incana", "Hymenolobus pauciflorus",
"Lepidium densiflorum", "Lepidium graminifolium", "Sinapis alba",
"Sisymbrium austriacum", "Stellaria pallida", "Asperugo procumbens",
"Bromus sterilis", "Bromus tectorum", "Cirsium arvense",
"Descurainia sophia", "Hordeum murinum", "Lactuca serriola",
"Lepidium virginicum", "Malva neglecta", "Sisymbrium officinale",
"Tripleurospermum perforatum"), PL_7_1_5.txt = c("Anchusa officinalis",
"Arabis nova", "Carthamus lanatus", "Centaurea solstitialis",
"Chenopodium urbicum", "Echinops sphaerocephalus", "Marrubium vulgare",
"Nepeta cataria", "Nepeta nuda", "Salvia sylvestris", "Silybum marianum",
"Stachys germanica", "Verbascum phlomoides", "Artemisia absinthium",
"Carduus nutans", "Cirsium arvense", "Cirsium eriophorum",
"Cynoglossum officinale", "Onopordum acanthium", "Verbascum densiflorum"
), PL_7_1_6.txt = c("Ambrosia psilostachya", "Berteroa incana",
"Crepis setosa", "Euphorbia virgata", "Oenothera glazioviana",
"Oenothera parviflora", "Rumex thyrsiflorus", "Tanacetum vulgare",
"Daucus carota", "Erigeron annuus", "Melilotus albus", "Melilotus
officinalis",
"Oenothera biennis", "Pastinaca sativa", "Poa compressa"),
PL_7_1_7.txt = c("Tephroseris tenuifolia", "Aconitum compactum",
"Chenopodium bonus-henricus", "Cirsium spinosissimum", "Rumex alpinus",
"Senecio alpinus"), PL_7_1_8.txt = c("Armoracia rusticana",
"Ballota nigra", "Conium maculatum", "Lamium album", "Leonurus cardiaca",
"Mentha spicata", "Rumex longifolius", "Rumex patientia",
"Symphytum asperum", "Arctium lappa", "Arctium minus", "Arctium tomentosum",
"Artemisia vulgaris", "Bunias orientalis", "Cirsium arvense",
"Cirsium vulgare", "Phytolacca americana", "Urtica dioica"
), PUEH_4_0.txt = c("Cuscuta campestris", "Phacelia tanacetifolia",
"Sanguisorba dodecandra", "Trifolium alexandrinum", "Trifolium incarnatum",
"Trifolium incarnatum ssp. molinerii", "Trifolium resupinatum",
"Trifolium subterraneum", "Trigonella caerulea", "Vicia sativa",
"Agrostis stolonifera", "Festuca rubra", "Lolium perenne",
"Poa annua"), PUEH_7_1_2.txt = c("Amaranthus deflexus", "Centaurea
calcitrapa",
"Coronopus didymus", "Coronopus squamatus", "Sclerochloa dura",
"Cynodon dactylon", "Matricaria discoidea", "Plantago major",
"Poa annua", "Polygonum arenastrum", "Polygonum aviculare"
), UEH_7_2_2.txt = c("Euphorbia humifusa", "Euphorbia maculata",
"Euphorbia prostrata", "Polycarpon tetraphyllum", "Poa annua",
"Sagina procumbens")), .Names = c("AFH_8_2_1_1.txt", "AFH_8_2_1_2.txt",
"AFH_8_2_3_1.txt", "AFH_8_2_3_2.txt", "AFH_8_2_3_3.txt", "AFH_8_2_3_4.txt",
"FCH_5_2_2.txt", "FCH_6_6_1.txt", "FCH_6_6_2.txt", "FCH_6_6_3.txt",
"FCH_6_6_4.txt", "FCL_6_4_1.txt", "FCL_6_4_2.txt", "FCL_6_4_3.txt",
"FCL_6_5_3.txt", "FCL_6_6_5.txt", "FDH_5_2_1.txt", "FDH_6_1_4.txt",
"FDH_6_2_3.txt", "FDL_6_1_1.txt", "FDL_6_1_2.txt", "FDL_6_1_3.txt",
"FDL_6_2_2.txt", "FDL_6_3_1.txt", "FDL_6_3_2.txt", "FDL_6_3_3.txt",
"FDL_6_3_4.txt", "FDL_6_3_5.txt", "FDL_6_3_6.txt", "FDL_6_3_7.txt",
"FDL_6_5_1.txt", "FMH_6_2_4.txt", "FMH_6_2_5.txt", "FML_6_2_1.txt",
"FML_6_4_4.txt", "FML_6_5_2.txt", "GDL_4_2_1_1.txt", "GDL_4_2_1_2.txt",
"GDL_4_2_2.txt", "GDL_4_2_3.txt", "GDL_4_2_4.txt", "GDL_4_3_1.txt",
"GDL_4_3_5.txt", "GDL_4_3_6.txt", "GFGH_4_5_3.txt", "GFGH_4_5_4.txt",
"GFMH_4_5_1.txt", "GFMH_4_5_2.txt", "GWL_2_2_1.txt", "GWL_2_2_2.txt",
"GWL_2_2_3.txt", "GWL_2_3_1.txt", "GWL_2_3_2.txt", "GWL_4_3_3.txt",
"PL_2_5_1.txt", "PL_2_5_2.txt", "PL_3_2_1_1.txt", "PL_3_3_1_5.txt",
"PL_3_3_2_3.txt", "PL_4_1_1.txt", "PL_4_1_3.txt", "PL_4_6_1.txt",
"PL_5_3_6.txt", "PL_6_3_9.txt", "PL_7_1_1.txt", "PL_7_1_3.txt",
"PL_7_1_4.txt", "PL_7_1_5.txt", "PL_7_1_6.txt", "PL_7_1_7.txt",
"PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt", "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt"
))
2013/8/21 David Winsemius <dwinsemius at comcast.net>:
>
> PLEASE do not crosspost to Rhelp and googlegroups. (removed that address.)
>
> On Aug 20, 2013, at 9:43 AM, Jacqueline Oehri wrote:
>
>> Dear R users
>>
>>
>> I have a question concerning applying a function to each element of a dataframe:
>>
>>
>> 1)
>> --> I have a dataframe like this: "d":
>> (columnames: names of Landcovertypes, rownames: coordinates, nr:
>> rowsums, nc:colummnsums)
>> (look at the end of the mail for the structure of d, dput(d) )
>> here, "d" has 14 rows and 6 colummns:
>>
>>> d
>> PL_7_1_7.txt PL_7_1_8.txt PUEH_4_0.txt PUEH_7_1_2.txt UEH_7_2_2.txt nr
>> 821194 0 0 0 0 0 29
>> 821202 0 0 0 0 0 8
>> 821206 1 0 0 0 0 2
>> 827162 1 0 0 0 0 6
>> 827166 0 1 1 1 1 17
>> 827178 0 0 0 0 0 0
>> 827182 1 0 0 0 0 4
>> 827186 0 0 0 0 0 16
>> 827190 0 0 0 0 0 16
>> 827194 0 0 0 0 0 18
>> 827198 0 0 0 0 0 19
>> 827206 0 0 0 0 0 19
>> 833166 0 0 0 0 0 8
>> nc 86 120 905 300 309 18733
>>
>>
>> -->And i want to apply the following function "f" to each element xij
>> of the dataframe "d":
>> (xij is the element of the dataframe "d" at row nr. "i" and colummn
>> nr. "j", x11 is therefore the element in the first row & the first
>> collumn, which in case of "d" is equal to "0".)
>>
>> f = (x[i][j] -((nr[i]*nc[j])/n))^2/((nr[i]*nc[j])/n)
>
> Looks like you are trying to reinvent the chisq.test function. These are snippets of that code with the continuity correction material removed:
>
> sr <- rowSums(x)
> sc <- colSums(x)
> E <- outer(sr, sc, "*")/n
> STATISTIC <- sum( ..see below.. )
>
> You would probably remove the sum and go with
>
> fmat <- (abs(x - E) )^2/E
>
> (I'm not sure why that abs is in the `chisq.test` code.)
>
>>
>>
>> so that in the end I will have a new dataframe "e", which contains the
>> results of the function "f" as its elements instead of the original
>> values! (do you know what I mean?)
>> Do you have any hints how to do that?
>>
>> 2) After this, I wanted to filter out for EACH ROW in "e" the maximum
>> value in the row & assign or link the respective columname of this
>> maxiumum value to the respective rowname;
>> so that in the end I will know for each rowname,
>
> Just index the column names by the result of row-which.max:
>
> colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ] # (be sure to remove the "nr" column)
>
> Test to see if I'm missing anything:
>
> chisq.test # to see the code
>
> # posting dput() on the corner of your matrix was a good idea:
>
> m <- d[!rownames(d)=="nc", !colnames(d)=="nr"]
> m <- data.matrix(m); n <- sum(m); sr <- rowSums(m)
> sc <- colSums(m)
> E <- outer(sr, sc, "*")/n
> fmat <- (abs(m - E) )^2/E
> colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ]
>
> [1] "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
> [5] "PL_7_1_8.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
> [9] "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
> [13] "PL_7_1_7.txt"
>
> The sum of the "predicteds" checks out:
>> sum(E, na.rm=TRUE)
> [1] 7
>
>> round(fmat, 3)
> PL_7_1_7.txt PL_7_1_8.txt PUEH_4_0.txt PUEH_7_1_2.txt UEH_7_2_2.txt
> 821194 NaN NaN NaN NaN NaN
> 821202 NaN NaN NaN NaN NaN
> 821206 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
> 827162 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
> 827166 1.714 0.321 0.321 0.321 0.321
> 827178 NaN NaN NaN NaN NaN
> 827182 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
> 827186 NaN NaN NaN NaN NaN
> 827190 NaN NaN NaN NaN NaN
> 827194 NaN NaN NaN NaN NaN
> 827198 NaN NaN NaN NaN NaN
> 827206 NaN NaN NaN NaN NaN
> 833166 NaN NaN NaN NaN NaN
>
> Obviously with a more complete set of data than you offered you would get fewer NaN rows caused by the zero denominators in your data.
>
> Note that which.max of c(0,0,0,0,0) is 1, so be aware that there is ambiguity when the row count is zero.
>
> --
> David
>
>> which columname "fits
>> best to it" i.e. which columname had the biggest value for this
>> respective row.
>> For example, in dataframe "d", in the third row called "821206 ", the
>> maximum-value lies in the first colummn, which is named "PL_7_1_7.txt
>> ". In this example I would link the name "821206 " somehow to the name
>> "PL_7_1_7.txt ".
>>
>> Do you have any suggestions for me, how to do this the best way? or
>> where i should look up possible solutions? I m really lost...
>
>>
>> What i tried until now was this:
>>
>>>
>> f.good <- function(x, nr, nc, n) {
>> n <- d[14,6]
>> nr <- d[,6]
>> nc <- d[14,]
>> z1 <- (x-((nr*nc)/n))^2/((nr*nc)/n)
>> return(z1)
>> }
>>
>> and then i wanted to use the "apply" function:
>>
>>>
>> apply(d, c(1,2), f.good)
>>
>> but it never worked at all, and I think Im far away from a solution!
>>
>> Can somebody help me out and give me a hint what to do? does somebody
>> know a clever way to achieve tasks 1) &2) ?
>>
>> Im very glad about every input!!!!!
>>
>> Thanks a lot already!!! Have a nice day!
>>
>> Best wishes,
>> Jacqueline
>>
>>
>>> dput(d)
>> structure(list(PL_7_1_7.txt = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,
>> 0, 0, 0, 86), PL_7_1_8.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
>> 0, 0, 0, 120), PUEH_4_0.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
>> 0, 0, 0, 905), PUEH_7_1_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
>> 0, 0, 0, 0, 300), UEH_7_2_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
>> 0, 0, 0, 0, 309), nr = c(29, 8, 2, 6, 17, 0, 4, 16, 16, 18, 19,
>> 19, 8, 18733)), .Names = c("PL_7_1_7.txt", "PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt",
>> "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt", "nr"), row.names = c("821194",
>> "821202", "821206", "827162", "827166", "827178", "827182", "827186",
>> "827190", "827194", "827198", "827206", "833166", "nc"), class = "data.frame")
>>
>> ______________________________________________
>> R-help at r-project.org mailing list
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
>> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
> David Winsemius
> Alameda, CA, USA
>
More information about the R-help
mailing list