[R] How to apply a function to every element of a dataframe, when the function uses for each colummn and row different values to calculate with?
David Winsemius
dwinsemius at comcast.net
Fri Aug 23 19:20:05 CEST 2013
On Aug 23, 2013, at 10:40 AM, Jacqueline Oehri wrote:
> Dear David and dear peter
>
> Sorry that I crossposted my question before!!!
> Thank you veery much for your answer!!! It turned out to work fine;
> except that if you have "fmat" (see below) with a lot of "NaN" in it,
> the command:
>
> colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ]
>
> doesnt give the colnames!
It does with the m object immediately below.
You are asked to provide a minimal example. Failing a minimal example then at least post code that can be cut-and-pasted. You have post a very long octothorpe(#)-free code/text mixture below, and I for one do not feel honor bound to make it urn.
--
David.
>
> m <- data.matrix(m); n <- sum(m); sr <- rowSums(m)
> sc <- colSums(m)
> m
> E <- outer(sr, sc, "*")/n
> fmat <- (abs(m - E) )^2/E
> colnames(fmat) [ apply(fmat, 1, which.max) ]
>
>> dput(m)
> structure(list(PL_7_1_7.txt = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,
> 0, 0, 0), PL_7_1_8.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
> 0), PUEH_4_0.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
> PUEH_7_1_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
> UEH_7_2_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)), .Names
> = c("PL_7_1_7.txt",
> "PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt", "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt"
> ), row.names = c("821194", "821202", "821206", "827162", "827166",
> "827178", "827182", "827186", "827190", "827194", "827198", "827206",
> "833166"), class = "data.frame")
>
>
>
> ---> But I realized by now, that for my analysis, my "reinvented
> chi-square-test" is not so good; so I will use another technique,
> maybe you can tell me, if this is a better or a worse way?:
>
> A) I originally have two lists; 1. "Sp" & 2. "LCT" ;
> "Sp" is constituted of coordinate-Names, that each contain a list of
> plant names. (see below)
> "LCT" is constituted of landcovertype-names, that each also contain a
> list of other plant names. (see below)
>
> I now want to know for each coordinate, to which landcovertype it
> belongs most probably.
> I do this, by counting for the plantlist of each coordinate-Name in
> "Sp"; how many plants do as well occur in the plantlist of each
> landcovertype in "LCT".
> More precise; from these two lists (Sp & LCT), I made a table
> (rownames = coordinate-Names from Sp & colnames = landcovertype-names
> from LCT), where for each row, you can see the "jaccard-index" (see
> below) for each column.
>
> --> my Question: how can you not only extract the Colnames of the
> maximum value per row, but also the maximum value itself? so that in
> the end i can add the colname of the maximum value AND the maximum
> value itself to the table:
>
> dfj is my dataframe (see below)
>
> cn <- colnames(dfj) [ apply(dfj, 1, which.max) ]
>
> newtable <- cbind(dfj, Delarze= cn, Jaccardvalue= ??? )
>
>
> (The Jaccard index:
> jaccard index "J" ( similarity Index in ecology):
>
> a <- length(intersect(LCT, Sp)
> b <- length(Sp)+length(LCT) - length(intersect(LCT, Sp)
>
> J <- a/b)
>
> --> I did the table dfj like this:
>
> data.j <- list()
> for(i in seq(along=Sp))
> data.j <- c(data.j,
> list(sapply(LCT,
> function(x) {
>
> (length(intersect(x, Sp[[i]]))) /
>
> (length(Sp[[i]])+length(x) -
>
> length(intersect(x, Sp[[i]])))
> })[1:74]))
> dfj <- do.call(rbind, data.j)
> dfj <- data.frame(dfj)
>
> #rownames für dfj:
> rownames(dfj) <-names(Sp)
>
> #colname of the max value per coordinate-Name:
> cn <- colnames(dfj) [ apply(dfj, 1, which.max) ]
>
> #???how to find the max.value itself?
> vj <- apply(dfj, 1, which.max)
>
>
> completedfj <- cbind(dfj, Delarze= cn, Jaccardvalue=vj)
>
>
> B) And how can I make visible, if there are two or more equal values in one row?
>
>
> Thaank you so much for your answer!!!
>
> Have a nice day & best wishes
>
> Jacqueline
>
>> dput(Sp)
> structure(list(`491114` = c("Amaranthus cruentus ", "Chenopodium album",
> "Chenopodium polyspermum", "Fallopia convolvulus", "Lolium perenne",
> "Polygonum aviculare ", "Polygonum persicaria", "Viola tricolor ",
> "Aethusa cynapium", "Anagallis arvensis", "Aphanes arvensis",
> "Conyza canadensis ", "Equisetum arvense", "", "", "", "", "",
> "", "", "", "", "", "", ""), `491118` = c("Arrhenatherum elatius",
> "Calystegia sepium", "Capsella bursa-pastoris", "Centaurium erythraea",
> "Chaenorrhinum minus", "Chenopodium album", "Chenopodium polyspermum",
> "Crepis setosa", "Dactylis glomerata", "Daucus carota", "Euphorbia exigua",
> "Festuca pratensis ", "Geranium dissectum", "Kickxia elatine",
> "Kickxia spuria", "Lathyrus tuberosus", "Lolium multiflorum",
> "Lolium perenne", "Lotus corniculatus ", "Matricaria recutita",
> "Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Picris hieracioides ",
> "Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Polygonum
> aviculare ",
> "Potentilla reptans", "Prunella vulgaris", "Sonchus asper", "Taraxacum
> officinale ",
> "Trifolium pratense ", "Trifolium repens", "Verbena officinalis",
> "Agropyron repens", "Bromus hordeaceus", "Cerastium fontanum ",
> "Festuca rubra ", "Poa trivialis ", "Trisetum flavescens", "Veronica arvensis",
> "Veronica serpyllifolia ", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
> ), `497114` = c("Agropyron repens", "Anagallis arvensis", "Carpinus betulus",
> "Lolium perenne", "Medicago lupulina", "Plantago major ", "Polygonum
> aviculare ",
> "Taraxacum officinale ", "Trifolium repens", "Veronica hederifolia",
> "Veronica persica", "Plantago lanceolata", "Ligustrum vulgare",
> "Lapsana communis", "Poa trivialis ", "", "", "", "", "", "",
> "", "", ""), `497118` = c("Plantago major ", "Cardamine hirsuta",
> "Conyza canadensis ", "Poa trivialis ", "Sagina procumbens",
> "", "", ""), `497142` = c("Alchemilla alpina ", "Anemone narcissiflora",
> "Anthyllis vulneraria ", "Arabis ciliata", "Cardamine heptaphylla",
> "Carduus defloratus ", "Carex caryophyllea", "Carex ornithopoda",
> "Carex sempervirens", "Centaurea montana", "Cotoneaster integerrima",
> "Euphrasia salisburgensis", "Festuca ovina ", "Galium anisophyllon",
> "Gentiana campestris", "Gentiana lutea", "Gentiana verna", "Globularia
> cordifolia",
> "Helianthemum nummularium ", "Hieracium murorum ", "Hieracium pilosella ",
> "Hippocrepis comosa", "Juniperus communis ", "Laserpitium latifolium",
> "Leucanthemum vulgare ", "Linum catharticum", "Lotus corniculatus ",
> "Mercurialis perennis", "Phyteuma orbiculare", "Plantago atrata",
> "Plantago media", "Poa alpina", "Polygala alpestris", "Polygonatum
> verticillatum",
> "Polygonum viviparum", "Potentilla crantzii", "Pulsatilla alpina ",
> "Ranunculus montanus ", "Scabiosa lucida", "Senecio doronicum",
> "Seseli libanotis", "Sesleria caerulea", "Silene nutans ", "Thesium alpinum",
> "Thymus serpyllum ", "Trifolium montanum", "Trifolium pratense ",
> "Valeriana montana", "Alchemilla vulgaris ", "Campanula thyrsoides",
> "Carlina acaulis", "Erigeron alpinus", "Euphorbia verrucosa",
> "Gymnadenia conopsea", "Nigritella nigra ", "Rhinanthus minor",
> "Sedum album", "Traunsteinera globosa", "", "", "", "", "", "",
> "", "", "", "", "", ""), `497146` = c("Ajuga reptans", "Cardamine heptaphylla",
> "Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca",
> "Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus",
> "Knautia dipsacifolia", "Lamium galeobdolon ", "Oxalis acetosella",
> "Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea", "Rubus idaeus",
> "Vaccinium myrtillus", "Viola reichenbachiana ", "Acer pseudoplatanus",
> "Heracleum sphondylium ", "Galium odoratum", "Adenostyles alliariae",
> "", "", ""), `503114` = c("Achillea millefolium ", "Alliaria petiolata",
> "Arabidopsis thaliana", "Arrhenatherum elatius", "Bromus hordeaceus",
> "Bromus sterilis", "Buxus sempervirens", "Cardamine hirsuta",
> "Carpinus betulus", "Convolvulus arvensis", "Daucus carota",
> "Erodium cicutarium", "Euphorbia helioscopia", "Fallopia convolvulus",
> "Festuca pratensis ", "Geranium columbinum", "Geranium pyrenaicum",
> "Hordeum murinum ", "Lamium purpureum", "Lapsana communis", "Medicago lupulina",
> "Picris hieracioides ", "Plantago lanceolata", "Poa annua", "Poa pratensis ",
> "Polygonum aviculare ", "Potentilla reptans", "Ranunculus ficaria",
> "Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Veronica persica",
> "Vicia sepium", "Acer pseudoplatanus", "Agropyron repens", "Alopecurus
> myosuroides",
> "Cerastium glomeratum", "Clematis vitalba", "Erophila verna ",
> "Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Plantago major ", "Poa bulbosa",
> "Poa trivialis ", "Valerianella carinata", "Veronica arvensis",
> "Veronica hederifolia", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
> "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503118` = c("Ranunculus ficaria",
> "Ranunculus acris ", "Stellaria media ", "Rumex acetosa", "Viola hirta",
> "Cardamine hirsuta", "Cardamine pratensis ", "Primula acaulis",
> "Lysimachia nummularia", "Geum urbanum", "Potentilla sterilis",
> "Trifolium repens", "Euphorbia peplus", "Hedera helix", "Ajuga reptans",
> "Prunella vulgaris", "Plantago lanceolata", "Plantago media",
> "Plantago major ", "Veronica chamaedrys", "Veronica arvensis",
> "Veronica persica", "Veronica filiformis", "Bellis perennis",
> "Galinsoga ciliata", "Leucanthemum vulgare ", "Hypochaeris radicata",
> "Leontodon hispidus ", "Taraxacum officinale ", "Hieracium pilosella ",
> "Festuca arundinacea ", "Festuca rubra ", "Poa trivialis ", "Poa pratensis ",
> "Lolium perenne", "Trisetum flavescens", "Agrostis stolonifera",
> "Anthoxanthum odoratum ", "", "", "", ""), `503130` = c("Oxalis corniculata",
> "", "", ""), `503134` = c("Agrostis stolonifera", "Bromus hordeaceus",
> "Carpinus betulus", "Dactylis glomerata", "Digitaria ischaemum",
> "Equisetum arvense", "Fallopia convolvulus", "Festuca arundinacea ",
> "Fraxinus excelsior", "Heracleum sphondylium ", "Holcus lanatus",
> "Lolium perenne", "Oxalis fontana", "Phleum pratense ", "Plantago major ",
> "Poa annua", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Polygonum persicaria",
> "Ranunculus acris ", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
> "Trifolium repens", "Veronica serpyllifolia ", "Viola tricolor ",
> "Agropyron repens", "Bromus sterilis", "Capsella bursa-pastoris",
> "Cerastium fontanum ", "Epilobium tetragonum ", "Geranium robertianum ",
> "Polygonum aviculare ", "Trifolium dubium", "Veronica arvensis",
> "Vicia sativa ", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503138` =
> c("Capsella bursa-pastoris",
> "Polygonum aviculare ", "Stellaria media ", "Trifolium pratense ",
> "Veronica hederifolia", "Viola tricolor ", "Aphanes arvensis",
> "Convolvulus arvensis", "Veronica persica", "Orobanche minor",
> "Tripleurospermum perforatum", "", "", "", "", "", ""), `503142` =
> c("Acer campestre",
> "Acer opalus", "Anemone nemorosa", "Berberis vulgaris", "Carex alba",
> "Carex digitata", "Carex flacca", "Carex ornithopoda", "Crataegus monogyna ",
> "Daphne laureola", "Euphorbia amygdaloides", "Fagus sylvatica",
> "Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Fraxinus excelsior", "Hedera helix",
> "Helleborus foetidus", "Hieracium murorum ", "Ilex aquifolium",
> "Ligustrum vulgare", "Lonicera xylosteum", "Lotus corniculatus ",
> "Mercurialis perennis", "Pinus sylvestris", "Primula veris ",
> "Prunus spinosa", "Quercus petraea", "Ranunculus nemorosus ",
> "Rosa arvensis", "Rosa canina ", "Sanguisorba minor ", "Sesleria caerulea",
> "Sorbus aria", "Taraxacum officinale ", "Teucrium chamaedrys",
> "Tilia platyphyllos", "Viburnum lantana", "Viola reichenbachiana ",
> "Ajuga reptans", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia",
> "Carex caryophyllea", "Carex montana", "Crataegus laevigata",
> "Dactylis glomerata", "Euphorbia dulcis", "Pimpinella saxifraga ",
> "Primula acaulis", "Ranunculus bulbosus", "Rubus fruticosus ",
> "Vinca minor", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `503146` =
> c("Acer pseudoplatanus",
> "Achillea millefolium ", "Alchemilla vulgaris ", "Bellis perennis",
> "Bromus erectus ", "Capsella bursa-pastoris", "Carum carvi",
> "Cerastium fontanum ", "Chenopodium bonus-henricus", "Cynosurus cristatus",
> "Dactylis glomerata", "Geranium pyrenaicum", "Leontodon autumnalis",
> "Lolium perenne", "Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Plantago
> lanceolata",
> "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris",
> "Ranunculus acris ", "Ranunculus bulbosus", "Ranunculus ficaria",
> "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
> "Trifolium repens", "Trisetum flavescens", "Veronica arvensis",
> "Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ", "Agrostis stolonifera",
> "Festuca pratensis ", "Lamium purpureum", "Poa supina", "Rumex obtusifolius",
> "", "", "", "", "", ""), `503150` = c("Agrostis capillaris",
> "Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
> "Asarum europaeum", "Briza media", "Campanula rhomboidalis",
> "Cardamine pratensis ", "Carex montana", "Carex pallescens",
> "Carum carvi", "Colchicum autumnale", "Crocus albiflorus", "Cruciata laevipes",
> "Dactylis glomerata", "Deschampsia cespitosa", "Euphorbia verrucosa",
> "Galium verum ", "Geranium sylvaticum", "Geum rivale", "Helictotrichon
> pubescens",
> "Hieracium pilosella ", "Hypericum maculatum ", "Knautia dipsacifolia",
> "Lathyrus pratensis", "Leontodon hispidus ", "Luzula campestris ",
> "Phyteuma spicatum", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago media",
> "Poa pratensis ", "Polygonum bistorta", "Potentilla aurea", "Potentilla erecta",
> "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ", "Rhinanthus minor",
> "Rumex acetosa", "Stellaria graminea", "Trifolium pratense ",
> "Trifolium repens", "Trollius europaeus", "Veronica chamaedrys",
> "Veronica officinalis", "Vicia sepium", "Primula elatior", "Plantago
> lanceolata",
> "Centaurea montana", "Festuca rubra ", "", "", "", "", "", "",
> ""), `503154` = c("Acer pseudoplatanus", "Ajuga reptans",
> "Anthoxanthum odoratum ",
> "Aster bellidiastrum", "Astrantia major", "Athyrium filix-femina",
> "Cardamine heptaphylla", "Centaurea montana", "Crepis Mollis",
> "Crepis paludosa", "Dryopteris dilatata", "Dryopteris filix-mas",
> "Fragaria vesca", "Geranium sylvaticum", "Hieracium murorum ",
> "Homogyne alpina", "Knautia dipsacifolia", "Lamium galeobdolon ",
> "Lonicera nigra", "Luzula sylvatica ", "Melampyrum sylvaticum",
> "Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia", "Phyteuma spicatum",
> "Picea abies", "Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea",
> "Ranunculus nemorosus ", "Solidago virgaurea ", "Sorbus aucuparia",
> "Sorbus chamaemespilus", "Vaccinium myrtillus", "Valeriana montana",
> "Veratrum album ", "Veronica chamaedrys", "Adenostyles alliariae",
> "Dryopteris carthusiana", "Hieracium prenanthoides", "Luzula luzulina",
> "Primula elatior", "Ranunculus platanifolius", "Veronica officinalis",
> "", "", "", "", "", "", ""), `503158` = c("Andromeda polifolia",
> "Calluna vulgaris", "Eriophorum vaginatum", "Pinus mugo ",
> "Trichophorum cespitosum",
> "Vaccinium oxycoccos", "Vaccinium uliginosum ", "Melampyrum pratense",
> ""), `503162` = c("Abies alba", "Adenostyles glabra", "Athyrium filix-femina",
> "Dryopteris dilatata", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca", "Galium odoratum",
> "Geranium sylvaticum", "Hieracium murorum ", "Listera cordata",
> "Lonicera nigra", "Maianthemum bifolium", "Oxalis acetosella",
> "Paris quadrifolia", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
> "Prenanthes purpurea", "Rubus idaeus", "Rubus saxatilis", "Sorbus aucuparia",
> "Vaccinium myrtillus", "Dryopteris carthusiana", "Luzula sylvatica ",
> "Melampyrum sylvaticum", "Rosa arvensis", "Rubus fruticosus ",
> "", "", "", "", "", "", "", ""), `509122` = c("Bromus hordeaceus",
> "Cardamine hirsuta", "Cerastium fontanum ", "Clematis vitalba",
> "Convolvulus arvensis", "Digitaria sanguinalis", "Erodium cicutarium",
> "Erophila verna ", "Festuca rubra ", "Fraxinus excelsior", "Geranium dissectum",
> "Lolium perenne", "Picris hieracioides ", "Plantago lanceolata",
> "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris",
> "Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Trifolium repens",
> "Veronica persica", "Vitis vinifera ", "Lamium purpureum", "Poa annua",
> "", "", ""), `509142` = c("Achillea millefolium ", "Agropyron repens",
> "Agrostis stolonifera", "Arenaria serpyllifolia ", "Arrhenatherum elatius",
> "Bromus erectus ", "Centaurea jacea ", "Cerastium semidecandrum",
> "Cirsium arvense", "Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata",
> "Echium vulgare", "Erodium cicutarium", "Erophila verna ", "Festuca
> arundinacea ",
> "Galium mollugo ", "Lolium perenne", "Picris hieracioides ",
> "Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
> "Polygonum aviculare ", "Ranunculus acris ", "Sanguisorba minor ",
> "Senecio vulgaris", "Taraxacum officinale ", "Thymus serpyllum ",
> "Tripleurospermum perforatum", "Vicia sativa ", "Mercurialis annua",
> "Galium verum ", "Senecio inaequidens", "Trisetum flavescens",
> "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
> "", ""), `509146` = c("Poa pratensis ", "Taraxacum officinale ",
> "Veronica arvensis", "Veronica hederifolia", "Veronica persica",
> "Viola tricolor ", "Stellaria media ", "", "", "", "", ""), `509150` =
> c("Anagallis arvensis",
> "Capsella bursa-pastoris", "Cerastium fontanum ", "Dactylis glomerata",
> "Fallopia convolvulus", "Fraxinus excelsior", "Geum urbanum",
> "Hypochaeris radicata", "Lolium multiflorum", "Phleum pratense ",
> "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Rumex obtusifolius", "Stellaria media ",
> "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Veronica arvensis",
> "Veronica persica", "Viola tricolor ", "Brassica napus", "Lamium purpureum",
> "Poa annua", "Veronica hederifolia", "", "", "", "", "", "",
> "", "", ""), `509154` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
> "Ajuga reptans", "Corylus avellana", "Fagus sylvatica", "Festuca altissima",
> "Fragaria vesca", "Geranium sylvaticum", "Heracleum sphondylium ",
> "Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus", "Knautia dipsacifolia",
> "Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ", "Lonicera nigra",
> "Lonicera xylosteum", "Luzula pilosa", "Melampyrum sylvaticum",
> "Melica nutans", "Oxalis acetosella", "Picea abies", "Polygonatum
> verticillatum",
> "Prenanthes purpurea", "Primula elatior", "Rosa pendulina", "Rubus idaeus",
> "Rubus saxatilis", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia", "Vaccinium myrtillus",
> "Viola reichenbachiana ", "", "", "", ""), `509158` = c("Achillea millefolium ",
> "Acinos alpinus", "Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Alchemilla alpina ",
> "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ", "Anthyllis vulneraria ",
> "Arabis ciliata", "Asperula cynanchica", "Bellis perennis", "Briza media",
> "Campanula rotundifolia", "Carduus defloratus ", "Carlina acaulis",
> "Carum carvi", "Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cirsium acaule",
> "Crocus albiflorus", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
> "Euphorbia verrucosa", "Festuca ovina ", "Festuca rubra ", "Galium
> anisophyllon",
> "Gentiana lutea", "Gentiana verna", "Hieracium murorum ", "Hieracium
> pilosella ",
> "Hippocrepis comosa", "Homogyne alpina", "Leucanthemum vulgare ",
> "Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ", "Medicago lupulina",
> "Phyteuma orbiculare", "Plantago atrata", "Plantago lanceolata",
> "Plantago media", "Poa alpina", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
> "Potentilla neumanniana", "Ranunculus acris ", "Rumex acetosa",
> "Scabiosa columbaria", "Sesleria caerulea", "Silene nutans ",
> "Thymus serpyllum ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
> "Valeriana officinalis ", "Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis",
> "Veronica serpyllifolia ", "Botrychium lunaria", "Hypericum maculatum ",
> "Polygala alpestris", "Potentilla crantzii", "Ranunculus montanus ",
> "Rhinanthus minor", "", "", "", "", "", "", "", ""), `509162` =
> c("Achillea millefolium ",
> "Agrostis stolonifera", "Alchemilla vulgaris ", "Bellis perennis",
> "Bromus erectus ", "Cardamine pratensis ", "Carex flacca", "Carum carvi",
> "Cerastium arvense ", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
> "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ", "Fraxinus excelsior",
> "Galium anisophyllon", "Helictotrichon pubescens", "Heracleum sphondylium ",
> "Hieracium pilosella ", "Leontodon autumnalis", "Lotus corniculatus ",
> "Medicago lupulina", "Phleum pratense ", "Pimpinella major",
> "Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Plantago media", "Poa annua",
> "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Potentilla neumanniana",
> "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ", "Rumex acetosa", "Rumex obtusifolius",
> "Sanguisorba minor ", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
> "Thymus serpyllum ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
> "Trisetum flavescens", "Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ",
> "Vicia cracca ", "Cerastium fontanum ", "Primula elatior", "Ajuga reptans",
> "Glechoma hederacea ", "Galeopsis tetrahit", "Euphrasia rostkoviana",
> "Campanula rotundifolia", "Senecio jacobaea", "Cirsium vulgare",
> "Cirsium arvense", "Crepis Mollis", "Carex hirta", "Agrostis capillaris",
> "", "", "", "", "", "", "", ""), `509166` = c("Ajuga reptans",
> "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ", "Arrhenatherum elatius",
> "Bellis perennis", "Carex flacca", "Carum carvi", "Coeloglossum viride",
> "Crepis Mollis", "Crocus albiflorus", "Cynosurus cristatus",
> "Dactylis glomerata", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
> "Geum urbanum", "Lathyrus pratensis", "Leucanthemum vulgare ",
> "Lolium perenne", "Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ",
> "Plantago lanceolata", "Plantago media", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
> "Primula veris ", "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ",
> "Ranunculus montanus ",
> "Rhinanthus alectorolophus", "Rumex acetosa", "Taraxacum officinale ",
> "Trifolium pratense ", "Trifolium repens", "Veronica chamaedrys",
> "Veronica serpyllifolia ", "Agrostis capillaris", "Cerastium fontanum ",
> "Galium anisophyllon", "Geum rivale", "Helictotrichon pubescens",
> "Phleum pratense ", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago major ",
> "Poa alpina", "Polygonum aviculare ", "Veronica arvensis", "",
> "", "", "", ""), `515150` = c("Centaurea cyanus", "Chenopodium album",
> "Poa annua", "Polygonum aviculare ", "Polygonum persicaria",
> "Trifolium repens", "Viola tricolor ", "Polygonum hydropiper",
> "", "", "", "", "", ""), `515154` = c("Acer pseudoplatanus",
> "Achillea millefolium ", "Agrostis capillaris", "Anthoxanthum odoratum ",
> "Arrhenatherum elatius", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia",
> "Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cerastium glomeratum",
> "Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata", "Daucus carota",
> "Fraxinus excelsior", "Galium verum ", "Hypericum perforatum",
> "Hypochaeris radicata", "Linum catharticum", "Lotus corniculatus ",
> "Luzula campestris ", "Myosotis ramosissima", "Phleum pratense ",
> "Pimpinella saxifraga ", "Plantago lanceolata", "Poa pratensis ",
> "Potentilla neumanniana", "Ranunculus bulbosus", "Rumex acetosa",
> "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Trisetum flavescens",
> "Veronica arvensis", "Veronica chamaedrys", "Ajuga reptans",
> "Alopecurus pratensis", "Carex flacca", "Dianthus carthusianorum ",
> "Festuca arundinacea ", "Festuca rubra ", "Galium mollugo ",
> "Holcus lanatus", "Knautia arvensis", "Scabiosa columbaria",
> "Thymus serpyllum ", "Veronica serpyllifolia ", "", "", "", "",
> "", "", "", "", "", ""), `515158` = c("Abies alba", "Acer platanoides",
> "Acer pseudoplatanus", "Cardamine heptaphylla", "Euphorbia amygdaloides",
> "Fagus sylvatica", "Festuca altissima", "Fraxinus excelsior",
> "Galium odoratum", "Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ",
> "Melittis melissophyllum", "Mercurialis perennis", "Oxalis acetosella",
> "Phyteuma spicatum", "Polygonatum verticillatum", "Prenanthes purpurea",
> "Rubus idaeus", "Viola reichenbachiana ", "Hordelymus europaeus",
> "", "", "", ""), `515162` = c("Acer pseudoplatanus", "Adenostyles alliariae",
> "Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Arabis ciliata", "Asplenium viride",
> "Aster bellidiastrum", "Carex ornithopoda", "Centaurea montana",
> "Chaerophyllum hirsutum ", "Dryopteris filix-mas", "Epilobium montanum",
> "Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Galium anisophyllon", "Geranium
> sylvaticum",
> "Hieracium murorum ", "Homogyne alpina", "Lamium galeobdolon ",
> "Leontodon hispidus ", "Leucanthemum vulgare ", "Lonicera nigra",
> "Luzula luzulina", "Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia",
> "Phyteuma spicatum", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
> "Polystichum lonchitis", "Ranunculus nemorosus ", "Rubus idaeus",
> "Saxifraga rotundifolia", "Silene vulgaris ", "Sorbus aucuparia",
> "Vaccinium myrtillus", "Vaccinium vitis-idaea", "Valeriana montana",
> "Veronica officinalis", "Veronica urticifolia", "Viola biflora",
> "Knautia dipsacifolia", "Primula elatior", "Rosa pendulina",
> "Rumex alpestris", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
> "", ""), `515166` = c("Achillea millefolium ", "Agrostis capillaris",
> "Alchemilla alpina ", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
> "Anthyllis vulneraria ", "Arabis ciliata", "Asperula cynanchica",
> "Briza media", "Bromus erectus ", "Campanula rotundifolia", "Cardamine
> pratensis ",
> "Carex caryophyllea", "Carex flacca", "Carlina acaulis", "Carum carvi",
> "Cerastium arvense ", "Cerastium fontanum ", "Cirsium acaule",
> "Coeloglossum viride", "Cynosurus cristatus", "Dactylis glomerata",
> "Erophila verna ", "Euphorbia cyparissias", "Festuca ovina ",
> "Festuca rubra ", "Gymnadenia conopsea", "Helianthemum nummularium ",
> "Helictotrichon pubescens", "Hieracium pilosella ", "Hippocrepis comosa",
> "Hypericum maculatum ", "Lotus corniculatus ", "Luzula campestris ",
> "Medicago lupulina", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago atrata",
> "Plantago lanceolata", "Plantago media", "Poa alpina", "Poa trivialis ",
> "Potentilla erecta", "Potentilla neumanniana", "Primula veris ",
> "Prunella vulgaris", "Ranunculus bulbosus", "Rhinanthus alectorolophus",
> "Rhinanthus minor", "Sanguisorba minor ", "Silene nutans ", "Thymus serpyllum ",
> "Trifolium montanum", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
> "Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis", "Veronica serpyllifolia ",
> "Picea abies", "Ranunculus acris ", "Ranunculus montanus ", "Rumex acetosa",
> "Potentilla crantzii", "Linum catharticum", "Galium anisophyllon",
> "Leucanthemum vulgare ", "Trisetum flavescens", "Crocus albiflorus",
> "", "", "", "", "", ""), `521150` = c("Agropyron repens", "Agrostis
> stolonifera",
> "Anthriscus sylvestris", "Arrhenatherum elatius", "Bellis perennis",
> "Bromus hordeaceus", "Cerastium fontanum ", "Crepis biennis",
> "Dactylis glomerata", "Festuca arundinacea ", "Geum urbanum",
> "Glechoma hederacea ", "Heracleum sphondylium ", "Holcus lanatus",
> "Lolium multiflorum", "Lolium perenne", "Myosotis arvensis",
> "Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
> "Potentilla reptans", "Ranunculus acris ", "Ranunculus ficaria",
> "Rumex acetosa", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
> "Trifolium dubium", "Trifolium pratense ", "Trisetum flavescens",
> "Veronica arvensis", "Veronica chamaedrys", "Veronica hederifolia",
> "Veronica serpyllifolia ", "Lysimachia nummularia", "Trifolium repens",
> "Hedera helix", "Daucus carota", "Prunella vulgaris", "Fraxinus excelsior",
> "Leucanthemum vulgare ", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
> "", "", ""), `521154` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
> "Anemone nemorosa", "Fagus sylvatica", "Fraxinus excelsior",
> "Galeopsis tetrahit", "Galium odoratum", "Hedera helix", "Lamium galeobdolon ",
> "Luzula pilosa", "Rubus fruticosus ", "Viburnum opulus", "Castanea sativa",
> "Deschampsia cespitosa", "Picea abies", "", "", "", "", "", ""
> ), `521158` = character(0), `521162` = c("Agropyron repens",
> "Agrostis capillaris", "Bromus hordeaceus", "Bromus sterilis",
> "Chenopodium album", "Convolvulus arvensis", "Dactylis glomerata",
> "Echinochloa crus-galli", "Festuca pratensis ", "Festuca rubra ",
> "Geranium dissectum", "Hedera helix", "Holcus mollis", "Lamium purpureum",
> "Lolium multiflorum", "Lolium perenne", "Plantago lanceolata",
> "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Polygonum aviculare ", "Ranunculus acris ",
> "Stellaria media ", "Trifolium pratense ", "Trifolium repens",
> "Veronica chamaedrys", "Veronica serpyllifolia ", "Cerastium fontanum ",
> "Rumex acetosa", "Viola tricolor ", "Brassica napus", "Sorbus aria",
> "Prunus avium", "Acer pseudoplatanus", "Geranium pyrenaicum",
> "Fraxinus excelsior", "Galium aparine", "Taraxacum officinale ",
> "Festuca arundinacea ", "Holcus lanatus", "Digitaria sanguinalis",
> "Setaria pumila", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `521166` =
> c("Acer platanoides",
> "Acer pseudoplatanus", "Adoxa moschatellina", "Alliaria petiolata",
> "Anthriscus sylvestris", "Arrhenatherum elatius", "Arum maculatum",
> "Chaerophyllum aureum", "Clinopodium vulgare", "Convolvulus arvensis",
> "Crataegus monogyna ", "Fraxinus excelsior", "Galium aparine",
> "Galium odoratum", "Geranium robertianum ", "Glechoma hederacea ",
> "Hedera helix", "Lamium maculatum", "Lapsana communis", "Poa nemoralis",
> "Poa trivialis ", "Ranunculus bulbosus", "Rubus caesius", "Taraxacum
> officinale ",
> "Urtica dioica", "Veronica chamaedrys", "Veronica hederifolia",
> "Viola alba ", "Agropyron repens", "Brachypodium pinnatum", "Crepis biennis",
> "Dactylis glomerata", "Euonymus europea", "Festuca rubra ", "Galium mollugo ",
> "Poa pratensis ", "Quercus petraea", "Ranunculus acris ", "",
> "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `521170` = c("Achillea millefolium ",
> "Agrostis capillaris", "Alchemilla vulgaris ", "Anthoxanthum odoratum ",
> "Bromus erectus ", "Cardamine pratensis ", "Carex flacca", "Carum carvi",
> "Cerastium fontanum ", "Crepis Mollis", "Cynosurus cristatus",
> "Dactylis glomerata", "Festuca pratensis ", "Galium verum ",
> "Helictotrichon pubescens", "Hypericum perforatum", "Lathyrus pratensis",
> "Leucanthemum vulgare ", "Lolium perenne", "Lotus corniculatus ",
> "Luzula campestris ", "Pimpinella saxifraga ", "Plantago lanceolata",
> "Poa pratensis ", "Poa trivialis ", "Prunella vulgaris", "Ranunculus acris ",
> "Rumex acetosa", "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ",
> "Trifolium repens", "Trisetum flavescens", "Veronica chamaedrys",
> "Veronica serpyllifolia ", "Vicia sepium", "Anemone nemorosa",
> "Hypericum maculatum ", "Rhinanthus minor", "Leontodon autumnalis",
> "Festuca rubra ", "Crocus albiflorus", "", ""), `521174` = c("Abies alba",
> "Acer pseudoplatanus", "Corylus avellana", "Euphorbia dulcis",
> "Fagus sylvatica", "Galium odoratum", "Hedera helix", "Lonicera xylosteum",
> "Mercurialis perennis", "Pinus sylvestris", "Viola reichenbachiana ",
> "Fraxinus excelsior", "Picea abies", "", ""), `521178` = c("Abies alba",
> "Acer pseudoplatanus", "Anemone nemorosa", "Cardamine heptaphylla",
> "Carex muricata ", "Corylus avellana", "Dactylis glomerata",
> "Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca",
> "Galium odoratum", "Geranium robertianum ", "Heracleum sphondylium ",
> "Hieracium murorum ", "Hordelymus europaeus", "Knautia dipsacifolia",
> "Lamium galeobdolon ", "Lathyrus vernus ", "Lonicera nigra",
> "Lonicera xylosteum", "Luzula sylvatica ", "Melica nutans",
> "Mercurialis perennis",
> "Milium effusum", "Moehringia trinervia", "Mycelis muralis",
> "Oxalis acetosella", "Polygonatum verticillatum", "Ranunculus aconitifolius",
> "Ribes alpinum", "Ribes petraeum", "Rosa pendulina", "Rubus idaeus",
> "Sambucus racemosa", "Solidago virgaurea ", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia",
> "Veronica chamaedrys", "Viola reichenbachiana ", "Ajuga reptans",
> "Fraxinus excelsior", "Hypericum hirsutum", "Phyteuma spicatum",
> "Primula elatior", "", "", "", "", "", ""), `527154` = c("Achillea
> millefolium ",
> "Apera spica-venti", "Brassica napus", "Daucus carota", "Equisetum arvense",
> "Euphorbia platyphyllos", "Fallopia convolvulus", "Lolium multiflorum",
> "Medicago sativa", "Papaver rhoeas", "Poa annua", "Rumex obtusifolius",
> "Sherardia arvensis", "Sonchus asper", "Taraxacum officinale ",
> "Tripleurospermum perforatum", "Veronica persica", "Viola tricolor ",
> "Chenopodium album", "Cerastium fontanum ", "Polygonum persicaria",
> "Fagopyrum esculentum", "Anagallis arvensis", "Oxalis fontana",
> "Convolvulus arvensis", "Myosotis arvensis", "Plantago major ",
> "Veronica hederifolia", "Poa trivialis ", "Lolium perenne", "Setaria pumila",
> "", "", "", "", "", "", "", "", ""), `527158` = c("Agropyron repens",
> "Festuca pratensis ", "Polygonum aviculare ", "Sinapis arvensis",
> "Brassica napus", "Viola tricolor ", "", "", "", "", ""), `527162` =
> c("Aethusa cynapium",
> "Capsella bursa-pastoris", "Chenopodium album", "Chenopodium polyspermum",
> "Plantago major ", "Poa annua", "Polygonum aviculare ", "Polygonum
> lapathifolium ",
> "Solanum nigrum ", "Stellaria media ", "Taraxacum officinale ",
> "Anagallis arvensis", "Atriplex patula", "Brassica napus", "Matricaria
> discoidea",
> "Polygonum persicaria", "Rumex obtusifolius", "Sonchus oleraceus",
> "Trifolium repens", "Tripleurospermum perforatum", "Viola tricolor ",
> "", "", "", "", "", ""), `527166` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus",
> "Anemone nemorosa", "Carpinus betulus", "Corylus avellana", "Fagus sylvatica",
> "Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Lamium galeobdolon ",
> "Phyteuma spicatum", "Rubus fruticosus ", "", "", "", ""), `527170` =
> c("Acer opalus",
> "Asplenium ruta-muraria", "Brachypodium sylvaticum", "Campanula rotundifolia",
> "Carex digitata", "Carex halleriana", "Crataegus monogyna ",
> "Euphorbia dulcis", "Fraxinus excelsior", "Hedera helix", "Hepatica nobilis",
> "Hieracium murorum ", "Hippocrepis emerus", "Ligustrum vulgare",
> "Melittis melissophyllum", "Primula acaulis", "Sesleria caerulea",
> "Sorbus aria", "Taxus baccata", "Teucrium chamaedrys", "Thymus serpyllum ",
> "Bromus erectus ", "Melica nutans", "Melica uniflora", "Mercurialis perennis",
> "Viola hirta", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
> "", "", "", "", ""), `527174` = c("Abies alba", "Corylus avellana",
> "Fagus sylvatica", "Fragaria vesca", "Fraxinus excelsior", "Galium odoratum",
> "Galium rotundifolium", "Hedera helix", "Hieracium murorum ",
> "Juglans regia", "Luzula pilosa", "Picea abies", "Rubus fruticosus ",
> "Rubus idaeus", "Sorbus aria", "Viola reichenbachiana ", "Euonymus europea",
> "Quercus petraea", "", "", "", "", ""), `527178` = c("Arabidopsis thaliana",
> "Bellis perennis", "Bromus hordeaceus", "Capsella bursa-pastoris",
> "Cardamine hirsuta", "Cerastium fontanum ", "Dactylis glomerata",
> "Lolium multiflorum", "Medicago sativa", "Myosotis arvensis",
> "Phleum pratense ", "Plantago lanceolata", "Poa trivialis ",
> "Ranunculus acris ", "Rumex obtusifolius", "Stellaria media ",
> "Taraxacum officinale ", "Trifolium pratense ", "Veronica arvensis",
> "Veronica persica", "Arrhenatherum elatius", "Erophila verna ",
> "Festuca pratensis ", "Lamium purpureum", "Poa pratensis ",
> "Ranunculus bulbosus",
> "Rumex acetosa", "Trifolium repens", "", "", "", "", ""), `527182` =
> c("Abies alba",
> "Acer pseudoplatanus", "Cardamine pentaphyllos", "Dryopteris filix-mas",
> "Fagus sylvatica", "Fraxinus excelsior", "Galium odoratum", "Lamium
> galeobdolon ",
> "Mercurialis perennis", "", ""), `527186` = c("Abies alba", "Acer
> pseudoplatanus",
> "Agrostis capillaris", "Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ",
> "Anemone nemorosa", "Campanula rotundifolia", "Cardamine hirsuta",
> "Carex digitata", "Carex sylvatica", "Dactylis glomerata",
> "Dactylorhiza maculata ",
> "Epilobium montanum", "Euphorbia cyparissias", "Fagus sylvatica",
> "Festuca rubra ", "Fragaria vesca", "Hieracium murorum ", "Lonicera nigra",
> "Lonicera xylosteum", "Luzula pilosa", "Melampyrum sylvaticum",
> "Oxalis acetosella", "Paris quadrifolia", "Picea abies", "Poa nemoralis",
> "Potentilla erecta", "Ranunculus acris ", "Sorbus aria", "Sorbus aucuparia",
> "Trifolium pratense ", "Veronica chamaedrys", "Vicia sepium",
> "Viola reichenbachiana ", "Ranunculus nemorosus ", "Arabis ciliata",
> "Primula elatior", "Rubus idaeus", "Galeopsis tetrahit", "Veronica officinalis",
> "Galium odoratum", "Taraxacum officinale ", "Luzula luzulina",
> "Hordelymus europaeus", "Anthoxanthum odoratum ", "Polygonatum verticillatum",
> "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
> ), `527190` = c("Abies alba", "Acer pseudoplatanus", "Ajuga reptans",
> "Athyrium filix-femina", "Dryopteris filix-mas", "Fagus sylvatica",
> "Galeopsis tetrahit", "Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ",
> "Lonicera nigra", "Moehringia trinervia", "Mycelis muralis",
> "Oxalis acetosella", "Picea abies", "Polygonatum verticillatum",
> "Primula elatior", "Ribes petraeum", "Rubus idaeus", "Sambucus racemosa",
> "Sorbus aucuparia", "Dactylis glomerata", "Epilobium montanum",
> "Phyteuma spicatum", "Taraxacum officinale ", "Veronica chamaedrys",
> "", "", "", "", "", "", ""), `527194` = c("Agrostis capillaris",
> "Alchemilla vulgaris ", "Alopecurus pratensis", "Anthoxanthum odoratum ",
> "Anthriscus sylvestris", "Cerastium fontanum ", "Crepis biennis",
> "Dactylis glomerata", "Fraxinus excelsior", "Heracleum sphondylium ",
> "Lolium perenne", "Myosotis scorpioides", "Phleum pratense ",
> "Plantago lanceolata", "Plantago major ", "Poa pratensis ", "Poa trivialis ",
> "Ranunculus acris ", "Rumex acetosa", "Rumex obtusifolius",
> "Sanguisorba officinalis",
> "Silene dioica", "Taraxacum officinale ", "Trifolium repens",
> "Trisetum flavescens", "Veronica arvensis", "Veronica serpyllifolia ",
> "Vicia cracca ", "Vicia sepium", "Cardamine pratensis ", "Trifolium pratense ",
> ""), `527198` = c("Abies alba", "Ajuga reptans", "Alchemilla vulgaris ",
> "Anemone nemorosa", "Anthoxanthum odoratum ", "Asplenium trichomanes",
> "Campanula rotundifolia", "Cardamine hirsuta", "Carex ornithopoda",
> "Carex sylvatica", "Centaurea montana", "Clinopodium vulgare",
> "Corylus avellana", "Dactylis glomerata", "Dactylorhiza maculata ",
> "Euphorbia cyparissias", "Festuca rubra ", "Fragaria vesca",
> "Geranium robertianum ", "Hieracium murorum ", "Hieracium pilosella ",
> "Hypericum maculatum ", "Lamium galeobdolon ", "Leucanthemum vulgare ",
> "Luzula pilosa", "Moehringia muscosa", "Mycelis muralis", "Oxalis acetosella",
> "Picea abies", "Polygonatum verticillatum", "Potentilla erecta",
> "Primula elatior", "Ranunculus nemorosus ", "Ranunculus platanifolius",
> "Rosa pendulina", "Rubus idaeus", "Sedum album", "Senecio ovatus",
> "Sorbus aucuparia", "Taraxacum officinale ", "Vaccinium myrtillus",
> "Veronica chamaedrys", "Veronica officinalis", "Vicia sepium",
> "Viola reichenbachiana ", "Agrostis capillaris", "Cardamine pratensis ",
> "Epilobium montanum", "Fagus sylvatica", "Gentiana lutea", "Geranium
> sylvaticum",
> "Luzula luzulina", "Ranunculus aconitifolius", "Ranunculus lanuginosus",
> "", "", "", "", "", "")), .Names = c("491114", "491118", "497114",
> "497118", "497142", "497146", "503114", "503118", "503130", "503134",
> "503138", "503142", "503146", "503150", "503154", "503158", "503162",
> "509122", "509142", "509146", "509150", "509154", "509158", "509162",
> "509166", "515150", "515154", "515158", "515162", "515166", "521150",
> "521154", "521158", "521162", "521166", "521170", "521174", "521178",
> "527154", "527158", "527162", "527166", "527170", "527174", "527178",
> "527182", "527186", "527190", "527194", "527198"))
>
>
>
>> dput(LCT)
> structure(list(AFH_8_2_1_1.txt = c("Hypochaeris glabra", "Papaver argemone",
> "Raphanus raphanistrum", "Vicia tetrasperma", "Vicia villosa",
> "Anthemis arvensis", "Apera spica-venti", "Aphanes arvensis",
> "Arabidopsis thaliana", "Matricaria chamomilla", "Scleranthus annuus"
> ), AFH_8_2_1_2.txt = c("Adonis aestivalis", "Adonis flammea",
> "Ajuga chamaepitys", "Androsace maxima", "Asperula arvensis",
> "Bifora radians", "Bupleurum rotundifolium", "Caucalis platycarpos",
> "Conringia orientalis", "Consolida regalis", "Euphorbia exigua",
> "Fumaria vaillantii", "Galium tricornutum", "Iberis amara", "Kickxia spuria",
> "Lathyrus aphaca", "Lathyrus cicera", "Lathyrus tuberosus", "Myagrum
> perfoliatum",
> "Nigella arvensis", "Orlaya grandiflora", "Polycnemum arvense",
> "Reseda phyteuma", "Scandix pecten-veneris", "Silene noctiflora",
> "Stachys annua", "Thymelaea passerina", "Torilis arvensis", "Turgenia
> latifolia",
> "Vaccaria hispanica", "Valerianella rimosa", "Kickxia elatine",
> "Papaver rhoeas", "Ranunculus arvensis", "Viola arvensis"),
> AFH_8_2_3_1.txt = c("Chenopodium glaucum",
> "Chrysanthemum segetum", "Erysimum cheiranthoides", "Galeopsis speciosa",
> "Oxalis dillenii", "Oxalis fontana", "Chenopodium ficifolium",
> "Chenopodium polyspermum", "Chenopodium rubrum", "Galinsoga ciliata",
> "Polygonum persicaria", "Ranunculus repens"), AFH_8_2_3_2.txt =
> c("Fumaria officinalis",
> "Mercurialis annua", "Veronica polita", "Allium vineale", "Althaea hirsuta",
> "Calendula arvensis", "Eranthis hyemalis", "Erucastrum gallicum",
> "Euphorbia helioscopia", "Euphorbia peplus", "Fumaria schleicheri",
> "Geranium dissectum", "Geranium rotundifolium", "Lamium hybridum",
> "Muscari racemosum", "Ornithogalum umbellatum", "Thlaspi alliaceum",
> "Tulipa sylvestris", "Aethusa cynapium", "Lamium purpureum",
> "Sonchus oleraceus", "Veronica persica"), AFH_8_2_3_3.txt =
> c("Amaranthus cruentus",
> "Digitaria ischaemum", "Galinsoga parviflora", "Panicum miliaceum",
> "Setaria pumila", "Setaria glauca", "Setaria verticillata",
> "Amaranthus bouchonii",
> "Amaranthus retroflexus", "Digitaria sanguinalis", "Echinochloa crus-galli",
> "Panicum capillare", "Panicum dichotomiflorum"), AFH_8_2_3_4.txt =
> c("Eragrostis pilosa",
> "Bufonia paniculata", "Eragrostis cilianensis", "Heliotropium europaeum",
> "Setaria italica", "Tragus racemosus", "Amaranthus albus", "Amaranthus blitum",
> "Digitaria sanguinalis", "Eragrostis minor", "Erodium cicutarium",
> "Portulaca oleracea"), FCH_5_2_2.txt = c("Digitalis purpurea",
> "Senecio sylvaticus", "Epilobium angustifolium"), FCH_6_6_1.txt =
> c("Abies alba",
> "Picea abies", "Vaccinium myrtillus"), FCH_6_6_2.txt = c("Galium triflorum",
> "Calamagrostis villosa", "Picea abies", "Vaccinium myrtillus"
> ), FCH_6_6_3.txt = c("Larix decidua", "Pinus cembra", "Rhododendron
> ferrugineum",
> "Vaccinium gaultherioides", "Vaccinium myrtillus"), FCH_6_6_4.txt =
> c("Larix decidua",
> "Rhododendron ferrugineum", "Vaccinium myrtillus", "Vaccinium vitis-idaea"
> ), FCL_6_4_1.txt = c("Aster amellus", "Cirsium tuberosum", "Thlaspi montanum",
> "Calamagrostis varia", "Molinia arundinacea", "Pinus sylvestris"
> ), FCL_6_4_2.txt = c("Cytisus nigricans", "Daphne cneorum", "Leontodon incanus",
> "Rhamnus saxatilis", "Thesium rostratum", "Carex alba", "Erica carnea",
> "Picea abies", "Pinus sylvestris"), FCL_6_4_3.txt = c("Astragalus exscapus",
> "Astragalus monspessulanus", "Coronilla minima", "Odontites viscosus",
> "Ononis rotundifolia", "Arctostaphylos uva-ursi", "Carex humilis",
> "Pinus sylvestris"), FCL_6_5_3.txt = c("Picea abies", "Vaccinium myrtillus"
> ), FCL_6_6_5.txt = c("Daphne striata", "Erica carnea", "Pinus mugo",
> "Rhododendron hirsutum"), FDH_5_2_1.txt = c("Arctium nemorosum",
> "Bromus ramosus", "Geranium bohemicum", "Hypericum hirsutum",
> "Stachys alpina", "Atropa bella-donna", "Fragaria vesca", "Galeopsis tetrahit",
> "Rubus idaeus"), FDH_6_1_4.txt = c("Carex brizoides", "Carex pendula",
> "Carex remota", "Carex strigosa", "Equisetum telmateia", "Malaxis monophyllos",
> "Matteuccia struthiopteris", "Prunus padus", "Ribes rubrum",
> "Ulmus laevis", "Fraxinus excelsior", "Quercus robur"), FDH_6_2_3.txt
> = c("Allium ursinum",
> "Anemone nemorosa", "Arum maculatum", "Circaea lutetiana", "Fagus sylvatica",
> "Galium odoratum"), FDL_6_1_1.txt = c("Carex elongata", "Dryopteris cristata",
> "Galium elongatum", "Hypericum androsaemum", "Osmunda regalis",
> "Ribes nigrum", "Thelypteris palustris", "Alnus glutinosa"),
> FDL_6_1_2.txt = c("Salix fragilis", "Salix viminalis", "Salix x rubens",
> "Salix alba"), FDL_6_1_3.txt = c("Alnus incana", "Equisetum hyemale",
> "Rubus caesius"), FDL_6_2_2.txt = c("Fagus sylvatica", "Luzula luzuloides",
> "Luzula nivea", "Luzula sylvatica", "Melampyrum pratense",
> "Quercus petraea"), FDL_6_3_1.txt = c("Aconitum variegatum",
> "Campanula latifolia", "Lunaria rediviva", "Phyllitis scolopendrium",
> "Polystichum setiferum", "Acer pseudoplatanus", "Mercurialis perennis"
> ), FDL_6_3_2.txt = c("Euonymus latifolius", "Staphylea pinnata",
> "Acer opalus", "Corylus avellana", "Mercurialis perennis",
> "Tilia cordata", "Tilia platyphyllos"), FDL_6_3_3.txt =
> c("Dactylis polygama",
> "Isopyrum thalictroides", "Stellaria holostea", "Anemone nemorosa",
> "Carex montana", "Carex pilosa", "Carpinus betulus", "Festuca heterophylla",
> "Quercus petraea", "Quercus robur"), FDL_6_3_4.txt = c("Asplenium
> onopteris",
> "Buglossoides purpurocaerulea", "Lonicera etrusca", "Mercurialis ovata",
> "Viola suavis", "Acer opalus", "Carex montana", "Cornus mas",
> "Hippocrepis emerus", "Quercus petraea", "Quercus pubescens"
> ), FDL_6_3_5.txt = c("Celtis australis", "Cnidium silaifolium",
> "Lathyrus venetus", "Cornus mas", "Fraxinus ornus", "Hippocrepis emerus",
> "Ostrya carpinifolia", "Quercus pubescens", "Teucrium chamaedrys"
> ), FDL_6_3_6.txt = c("Festuca heterophylla", "Luzula nivea",
> "Molinia arundinacea", "Pteridium aquilinum", "Quercus petraea"
> ), FDL_6_3_7.txt = c("Castanea sativa", "Festuca heteraphylla",
> "Luzula nivea", "Molinia arundinacea", "Pteridium aquilinum",
> "Quercus petraea"), FDL_6_5_1.txt = c("Betula pendula", "Betula pubescens",
> "Molinia caerulea", "Vaccinium myrtillus"), FMH_6_2_4.txt =
> c("Cardamine heptaphylla",
> "Fagus sylvatica", "Galium odoratum", "Lamium galeobdolon",
> "Mercurialis perennis"), FMH_6_2_5.txt = c("Abies alba",
> "Adenostyles alliariae", "Athyrium filix-femina", "Fagus sylvatica",
> "Hordelymus europaeus", "Picea abies"), FML_6_2_1.txt =
> c("Cephalanthera damasonium",
> "Cephalanthera longifolia", "Cephalanthera rubra", "Acer opalus",
> "Carex alba", "Carex flacca", "Carex montana", "Fagus sylvatica",
> "Quercus petraea", "Sesleria caerulea", "Taxus baccata"),
> FML_6_4_4.txt = c("Chimaphila umbellata", "Diphasiastrum complanatum",
> "Calluna vulgaris", "Pinus sylvestris", "Vaccinium myrtillus"
> ), FML_6_5_2.txt = c("Pinus mugo", "Vaccinium myrtillus",
> "Vaccinium uliginosum"), GDL_4_2_1_1.txt = c("Festuca rupicola",
> "Festuca valesiaca", "Stipa capillata", "Stipa eriocaulis Borbas",
> "Achillea tomentosa", "Alyssum alpestre", "Artemisia vallesiaca",
> "Astragalus onobrychis", "Centaurea valesiaca", "Dracocephalum austriacum",
> "Ephedra helvetica", "Linum austriacum", "Onosma helvetica",
> "Onosma pseudoarenaria", "Poa molinerii", "Poa perconcinna",
> "Potentilla cinerea", "Pulsatilla halleri", "Scabiosa triandra",
> "Carex humilis", "Koeleria macrantha", "Koeleria vallesiana"
> ), GDL_4_2_1_2.txt = c("Adonis vernalis", "Astragalus exscapus",
> "Hypochaeris maculata", "Inula spiraeifolia", "Knautia purpurea",
> "Onobrychis arenaria", "Oxytropis halleri", "Potentilla alba",
> "Potentilla arenaria", "Scabiosa ochroleuca", "Stipa pennata",
> "Tephroseris integrifolia", "Thesium linophyllon", "Veronica prostrata",
> "Brachypodium pinnatum", "Bromus erectus", "Carex humilis"
> ), GDL_4_2_2.txt = c("Allium carinatum", "Anthyllis montana",
> "Eryngium campestre", "Helianthemum apenninum", "Helianthemum canum",
> "Potentilla leucopolitana", "Pulsatilla vulgaris", "Salvia sclarea",
> "Anthericum liliago", "Artemisia campestris", "Bromus erectus",
> "Festuca guestfalica", "Fumana procumbens", "Globularia bisnagarica",
> "Hippocrepis comosa", "Linum tenuifolium", "Potentilla neumanniana",
> "Stachys recta", "Teucrium chamaedrys", "Trinia glauca",
> "Veronica spicata"), GDL_4_2_3.txt = c("Chrysopogon grylus",
> "Heteropogon contortus", "Bromus erectus", "Cleistogenes serotina",
> "Danthonia alpina", "Bothriochloa ischaemum", "Bromus erectus",
> "Carex humilis"), GDL_4_2_4.txt = c("Anacamptis pyramidalis",
> "Euphorbia verrucosa", "Gentiana ciliata", "Gentiana germanica",
> "Himantoglossum hircinum", "Ononis repens", "Ophrys apifera",
> "Ophrys apifera", "Ophrys araneola", "Ophrys holosericea",
> "Ophrys sphegodes", "Orchis morio", "Orchis simia", "Orchis tridentate",
> "Polygala calcarea", "Prunella laciniata", "Spiranthes spiralis",
> "Brachypodium pinnatum", "Bromus erectus", "Festuca ovina",
> "Onobrychis viciifolia", "Sanguisorba minor"), GDL_4_3_1.txt =
> c("Arabis ciliata",
> "Arenaria grandiflora", "Bupleurum ranunculoides", "Carex baldensis",
> "Hieracium pilosum", "Hieracium villosum", "Koeleria eriostachya",
> "Oxytropis helvetica", "Oxytropis jacquinii", "Scutellaria alpina",
> "Taraxacum aquilonare", "Carex austroalpina", "Carex sempervirens",
> "Festuca curvula", "Sesleria caerulea"), GDL_4_3_5.txt = c("Arnica montana",
> "Geum montanum", "Ajuga pyramidalis", "Campanula barbata",
> "Gentiana acaulis", "Hypochaeris uniflora", "Luzula alpina",
> "Meum athamanticum", "Pseudorchis albida", "Agrostis schraderiana",
> "Antennaria dioica", "Leontodon helveticus", "Nardus stricta"
> ), GDL_4_3_6.txt = c("Armeria alpina", "Euphrasia christii",
> "Koeleria hirsuta", "Laserpitium halleri", "Sempervivum wulfenii",
> "Valeriana celtica", "Festuca acuminata", "Festuca paniculata",
> "Festuca scabriculmis", "Helictotrichon pratense", "Poa violacea"
> ), GFGH_4_5_3.txt = c("Crepis capillaris", "Gaudinia fragilis",
> "Leontodon autumnalis", "Phleum bertolonii", "Senecio jacobaea",
> "Trifolium patens", "Veronica filiformis", "Bellis perennis",
> "Cynosurus cristatus", "Festuca pratensis", "Festuca rubra",
> "Lolium perenne", "Prunella vulgaris", "Trifolium repens"
> ), GFGH_4_5_4.txt = c("Cerastium fontanum", "Crepis aurea",
> "Phleum rhaeticum", "Festuca rubra", "Poa alpina", "Trifolium badium"
> ), GFMH_4_5_1.txt = c("Arrhenatherum elatius", "Campanula patula",
> "Crepis biennis", "Geranium pratense", "Malva moschata",
> "Anthriscus sylvestris", "Bromus hordeaceus", "Dactylis glomerata",
> "Festuca pratensis", "Holcus lanatus", "Poa trivialis",
> "Rhinanthus alectorolophus",
> "Rumex acetosa"), GFMH_4_5_2.txt = c("Campanula rhomboidalis",
> "Cardaminopsis halleri", "Centaurea pseudophrygia", "Muscari botryoides",
> "Narcissus radiiflorus", "Polygonum alpinum", "Thlaspi brachypetalum",
> "Geranium sylvaticum", "Polygonum bistorta", "Trisetum flavescens",
> "Trollius europaeus"), GWL_2_2_1.txt = c("Carex acuta", "Carex
> appropinquata",
> "Carex elata", "Carex riparia\xca", "Carex vesicaria", "Carex cespitosa",
> "Carex disticha", "Carex juncella", "Peucedanum palustre",
> "Rorippa x anceps", "Scutellaria galericulata", "Senecio paludosus",
> "Carex paniculata", "Carex rostrata", "Carex vulpina"),
> GWL_2_2_2.txt = c("Carex canescens",
> "Eriophorum scheuchzeri", "Cardamine matthioli", "Carex echinata",
> "Carex norvegica", "Carex paupercula", "Phleum alpinum",
> "Stellaria palustris", "Viola palustris", "Carex nigra",
> "Trichophorum cespitosum"), GWL_2_2_3.txt = c("Carex davalliana",
> "Schoenus ferrugineus", "Schoenus nigricans", "Carex dioica",
> "Dactylorhiza cruenta", "Eriophorum latifolium", "Liparis loeselii",
> "Orchis palustris", "Pinguicula leptoceras", "Primula farinosa",
> "Spiranthes aestivalis", "Swertia perennis", "Carex panicea",
> "Trichophorum cespitosum", "Typha minima"), GWL_2_3_1.txt =
> c("Allium angulosum",
> "Allium suaveolens", "Anagallis tenella", "Carex tomentosa",
> "Cirsium tuberosum", "Festuca trichophylla", "Gentiana amarella",
> "Gentiana asclepiadea", "Gentiana pneumonanthe", "Gladiolus imbricatus",
> "Gladiolus palustris", "Gratiola officinalis", "Iris sibirica",
> "Juncus acutiflorus", "Laserpitium prutenicum", "Lathyrus palustris",
> "Lotus maritimus", "Oenanthe lachenalii", "Oenanthe peucedanifolia",
> "Ophioglossum vulgatum", "Scorzonera humilis", "Selinum carvifolia",
> "Serratula tinctoria", "Sisyrinchium montanum", "Viola elatior",
> "Viola persicifolia", "Viola pumila", "Juncus conglomeratus",
> "Molinia caerulea"), GWL_2_3_2.txt = c("Bromus racemosus",
> "Cirsium rivulare", "Crepis paludosa", "Fritillaria meleagris",
> "Lotus pedunculatus", "Myosotis nemorosa", "Senecio aquaticus",
> "Scirpus sylvaticus", "Caltha palustris", "Polygonum bistorta",
> "Ranunculus aconitifolius"), GWL_4_3_3.txt = c("Carex ferruginea",
> "Agrostis schleicheri", "Crepis bocconei", "Dianthus superbus",
> "Festuca norica", "Festuca pulchella", "Lathyrus occidentalis",
> "Pedicularis foliosa", "Pedicularis rostratospicata", "Phleum hirsutum",
> "Serratula tinctoria", "Traunsteinera globosa", "Calamagrostis varia",
> "Festuca violacea", "Laserpitium latifolium"), PL_2_5_1.txt =
> c("Anagallis minima",
> "Blackstonia acuminata", "Blackstonia perfoliata", "Carex bohemica",
> "Centaurium pulchellum", "Cyperus michelianus", "Eleocharis ovata",
> "Gnaphalium luteoalbum", "Gypsophila muralis", "Illecebrum verticillatum",
> "Isolepis setacea", "Juncus ambiguus", "Juncus capitatus",
> "Juncus sphaerocarpus", "Juncus tenageia", "Limosella aquatica",
> "Lindernia procumbens", "Ludwigia palustris", "Lythrum hyssopifolia",
> "Lythrum portula", "Montia fontana", "Myosurus minimus",
> "Radiola linoides", "Ranunculus sardous", "Sagina apetala",
> "Sagina nodosa", "Sagina subulata", "Schoenoplectus supinus",
> "Spergularia segetalis", "Veronica acinifolia", "Veronica anagalloides",
> "Veronica scutellata", "Cyperus flavescens", "Cyperus fuscus",
> "Juncus bufonius"), PL_2_5_2.txt = c("Bidens bipinnata",
> "Bidens cernua", "Bidens connata", "Bidens frondosa", "Bidens radiata",
> "Bidens subalternans", "Brassica nigra", "Corrigiola litoralis",
> "Potentilla supina", "Pulicaria vulgaris", "Ranunculus sceleratus",
> "Rumex maritimus", "Sisymbrium supinum", "Veronica peregrina",
> "Alopecurus aequalis", "Bidens tripartita", "Impatiens balfourii",
> "Polygonum hydropiper", "Polygonum lapathifolium", "Polygonum minus",
> "Polygonum mite"), PL_3_2_1_1.txt = c("Calamagrostis pseudophragmites",
> "Chondrilla chondrilloides", "Erigeron acer", "Glaucium flavum",
> "Hieracium staticifolium", "Ptychotis saxifraga", "Scrophularia canina",
> "Trifolium saxatile", "Epilobium dodonaei", "Epilobium fleischeri"
> ), PL_3_3_1_5.txt = c("Calamintha nepetoides", "Centranthus angustifolius",
> "Erysimum ochroleucum", "Iberis linifolia", "Linaria alpina",
> "Scrophularia juratensis", "Achnatherum calamagrostis", "Galeopsis
> angustifolia",
> "Rumex scutatus"), PL_3_3_2_3.txt = c("Anarrhinum bellidifolium",
> "Epilobium lanceolatum", "Galeopsis segetum", "Rumex scutatus",
> "Sedum album", "Senecio viscosus"), PL_4_1_1.txt = c("Arabis auriculata",
> "Cerastium brachypetalum", "Cerastium pumilum", "Clypeola jonthlaspi",
> "Dianthus gratianopolitanus", "Erophila praecox", "Micropus erectus",
> "Minuartia hybrida", "Minuartia rubra", "Veronica praecox",
> "Alyssum alyssoides", "Hornungia petraea", "Poa badensis",
> "Saxifraga tridactylites", "Sedum album", "Sedum sexangulare"
> ), PL_4_1_3.txt = c("Aira caryophyllea", "Aira elegantissima",
> "Cruciata pedemontana", "Filago minima", "Filago pyramidata",
> "Gagea saxatilis", "Minuartia viscosa", "Myosotis discolor",
> "Myosotis ramosissima", "Myosotis stricta", "Potentilla argentea",
> "Scleranthus annuus", "Vicia lathyroides", "Vulpia bromoides",
> "Arabidopsis thaliana", "Poa bulbosa", "Sedum montanum",
> "Veronica verna"), PL_4_6_1.txt = c("Anthemis tinctoria",
> "Asparagus officinalis", "Calepina irregularis", "Carex praecox",
> "Centaurea stoebe", "Chondrilla juncea", "Falcaria vulgaris",
> "Melica transsilvanica", "Scorzonera laciniata", "Tragopogon dubius",
> "Agropyron intermedium", "Agropyron repens", "Bromus inermis",
> "Cardaria draba", "Convolvulus arvensis"), PL_5_3_6.txt =
> c("Myricaria germanica",
> "Calamagrostis epigejos", "Hippopha\x91 rhamnoides", "Salix daphnoides",
> "Salix elaeagnos", "Salix purpurea"), PL_6_3_9.txt = c("Robinia
> pseudoacacia",
> "Bromus sterilis", "Chelidonium majus", "Clematis vitalba"
> ), PL_7_1_1.txt = c("Agropyron pungens", "Alopecurus geniculatus",
> "Apium repens", "Barbarea vulgaris", "Holoschoenus romanus",
> "Inula britannica", "Juncus compressus", "Mentha pulegium",
> "Mentha suaveolens", "Plantago major", "Pulicaria dysenterica",
> "Teucrium scordium", "Trifolium fragiferum", "Agropyron repens",
> "Agrostis stolonifera", "Carex hirta", "Carex otrubae", "Equisetum arvense",
> "Festuca arundinacea", "Juncus inflexus", "Mentha longifolia",
> "Potentilla anserina", "Potentilla reptans", "Ranunculus repens",
> "Rumex conglomeratus", "Rumex crispus", "Rumex obtusifolius"
> ), PL_7_1_3.txt = c("Gagea fragifera", "Alchemilla vulgaris",
> "Plantago major", "Poa supina"), PL_7_1_4.txt = c("Chenopodium botrys",
> "Consolida ajacis", "Cynosurus echinatus", "Eruca sativa",
> "Erysimum repandum", "Hirschfeldia incana", "Hymenolobus pauciflorus",
> "Lepidium densiflorum", "Lepidium graminifolium", "Sinapis alba",
> "Sisymbrium austriacum", "Stellaria pallida", "Asperugo procumbens",
> "Bromus sterilis", "Bromus tectorum", "Cirsium arvense",
> "Descurainia sophia", "Hordeum murinum", "Lactuca serriola",
> "Lepidium virginicum", "Malva neglecta", "Sisymbrium officinale",
> "Tripleurospermum perforatum"), PL_7_1_5.txt = c("Anchusa officinalis",
> "Arabis nova", "Carthamus lanatus", "Centaurea solstitialis",
> "Chenopodium urbicum", "Echinops sphaerocephalus", "Marrubium vulgare",
> "Nepeta cataria", "Nepeta nuda", "Salvia sylvestris", "Silybum marianum",
> "Stachys germanica", "Verbascum phlomoides", "Artemisia absinthium",
> "Carduus nutans", "Cirsium arvense", "Cirsium eriophorum",
> "Cynoglossum officinale", "Onopordum acanthium", "Verbascum densiflorum"
> ), PL_7_1_6.txt = c("Ambrosia psilostachya", "Berteroa incana",
> "Crepis setosa", "Euphorbia virgata", "Oenothera glazioviana",
> "Oenothera parviflora", "Rumex thyrsiflorus", "Tanacetum vulgare",
> "Daucus carota", "Erigeron annuus", "Melilotus albus", "Melilotus
> officinalis",
> "Oenothera biennis", "Pastinaca sativa", "Poa compressa"),
> PL_7_1_7.txt = c("Tephroseris tenuifolia", "Aconitum compactum",
> "Chenopodium bonus-henricus", "Cirsium spinosissimum", "Rumex alpinus",
> "Senecio alpinus"), PL_7_1_8.txt = c("Armoracia rusticana",
> "Ballota nigra", "Conium maculatum", "Lamium album", "Leonurus cardiaca",
> "Mentha spicata", "Rumex longifolius", "Rumex patientia",
> "Symphytum asperum", "Arctium lappa", "Arctium minus", "Arctium tomentosum",
> "Artemisia vulgaris", "Bunias orientalis", "Cirsium arvense",
> "Cirsium vulgare", "Phytolacca americana", "Urtica dioica"
> ), PUEH_4_0.txt = c("Cuscuta campestris", "Phacelia tanacetifolia",
> "Sanguisorba dodecandra", "Trifolium alexandrinum", "Trifolium incarnatum",
> "Trifolium incarnatum ssp. molinerii", "Trifolium resupinatum",
> "Trifolium subterraneum", "Trigonella caerulea", "Vicia sativa",
> "Agrostis stolonifera", "Festuca rubra", "Lolium perenne",
> "Poa annua"), PUEH_7_1_2.txt = c("Amaranthus deflexus", "Centaurea
> calcitrapa",
> "Coronopus didymus", "Coronopus squamatus", "Sclerochloa dura",
> "Cynodon dactylon", "Matricaria discoidea", "Plantago major",
> "Poa annua", "Polygonum arenastrum", "Polygonum aviculare"
> ), UEH_7_2_2.txt = c("Euphorbia humifusa", "Euphorbia maculata",
> "Euphorbia prostrata", "Polycarpon tetraphyllum", "Poa annua",
> "Sagina procumbens")), .Names = c("AFH_8_2_1_1.txt", "AFH_8_2_1_2.txt",
> "AFH_8_2_3_1.txt", "AFH_8_2_3_2.txt", "AFH_8_2_3_3.txt", "AFH_8_2_3_4.txt",
> "FCH_5_2_2.txt", "FCH_6_6_1.txt", "FCH_6_6_2.txt", "FCH_6_6_3.txt",
> "FCH_6_6_4.txt", "FCL_6_4_1.txt", "FCL_6_4_2.txt", "FCL_6_4_3.txt",
> "FCL_6_5_3.txt", "FCL_6_6_5.txt", "FDH_5_2_1.txt", "FDH_6_1_4.txt",
> "FDH_6_2_3.txt", "FDL_6_1_1.txt", "FDL_6_1_2.txt", "FDL_6_1_3.txt",
> "FDL_6_2_2.txt", "FDL_6_3_1.txt", "FDL_6_3_2.txt", "FDL_6_3_3.txt",
> "FDL_6_3_4.txt", "FDL_6_3_5.txt", "FDL_6_3_6.txt", "FDL_6_3_7.txt",
> "FDL_6_5_1.txt", "FMH_6_2_4.txt", "FMH_6_2_5.txt", "FML_6_2_1.txt",
> "FML_6_4_4.txt", "FML_6_5_2.txt", "GDL_4_2_1_1.txt", "GDL_4_2_1_2.txt",
> "GDL_4_2_2.txt", "GDL_4_2_3.txt", "GDL_4_2_4.txt", "GDL_4_3_1.txt",
> "GDL_4_3_5.txt", "GDL_4_3_6.txt", "GFGH_4_5_3.txt", "GFGH_4_5_4.txt",
> "GFMH_4_5_1.txt", "GFMH_4_5_2.txt", "GWL_2_2_1.txt", "GWL_2_2_2.txt",
> "GWL_2_2_3.txt", "GWL_2_3_1.txt", "GWL_2_3_2.txt", "GWL_4_3_3.txt",
> "PL_2_5_1.txt", "PL_2_5_2.txt", "PL_3_2_1_1.txt", "PL_3_3_1_5.txt",
> "PL_3_3_2_3.txt", "PL_4_1_1.txt", "PL_4_1_3.txt", "PL_4_6_1.txt",
> "PL_5_3_6.txt", "PL_6_3_9.txt", "PL_7_1_1.txt", "PL_7_1_3.txt",
> "PL_7_1_4.txt", "PL_7_1_5.txt", "PL_7_1_6.txt", "PL_7_1_7.txt",
> "PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt", "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt"
> ))
>
> 2013/8/21 David Winsemius <dwinsemius at comcast.net>:
>>
>> PLEASE do not crosspost to Rhelp and googlegroups. (removed that address.)
>>
>> On Aug 20, 2013, at 9:43 AM, Jacqueline Oehri wrote:
>>
>>> Dear R users
>>>
>>>
>>> I have a question concerning applying a function to each element of a dataframe:
>>>
>>>
>>> 1)
>>> --> I have a dataframe like this: "d":
>>> (columnames: names of Landcovertypes, rownames: coordinates, nr:
>>> rowsums, nc:colummnsums)
>>> (look at the end of the mail for the structure of d, dput(d) )
>>> here, "d" has 14 rows and 6 colummns:
>>>
>>>> d
>>> PL_7_1_7.txt PL_7_1_8.txt PUEH_4_0.txt PUEH_7_1_2.txt UEH_7_2_2.txt nr
>>> 821194 0 0 0 0 0 29
>>> 821202 0 0 0 0 0 8
>>> 821206 1 0 0 0 0 2
>>> 827162 1 0 0 0 0 6
>>> 827166 0 1 1 1 1 17
>>> 827178 0 0 0 0 0 0
>>> 827182 1 0 0 0 0 4
>>> 827186 0 0 0 0 0 16
>>> 827190 0 0 0 0 0 16
>>> 827194 0 0 0 0 0 18
>>> 827198 0 0 0 0 0 19
>>> 827206 0 0 0 0 0 19
>>> 833166 0 0 0 0 0 8
>>> nc 86 120 905 300 309 18733
>>>
>>>
>>> -->And i want to apply the following function "f" to each element xij
>>> of the dataframe "d":
>>> (xij is the element of the dataframe "d" at row nr. "i" and colummn
>>> nr. "j", x11 is therefore the element in the first row & the first
>>> collumn, which in case of "d" is equal to "0".)
>>>
>>> f = (x[i][j] -((nr[i]*nc[j])/n))^2/((nr[i]*nc[j])/n)
>>
>> Looks like you are trying to reinvent the chisq.test function. These are snippets of that code with the continuity correction material removed:
>>
>> sr <- rowSums(x)
>> sc <- colSums(x)
>> E <- outer(sr, sc, "*")/n
>> STATISTIC <- sum( ..see below.. )
>>
>> You would probably remove the sum and go with
>>
>> fmat <- (abs(x - E) )^2/E
>>
>> (I'm not sure why that abs is in the `chisq.test` code.)
>>
>>>
>>>
>>> so that in the end I will have a new dataframe "e", which contains the
>>> results of the function "f" as its elements instead of the original
>>> values! (do you know what I mean?)
>>> Do you have any hints how to do that?
>>>
>>> 2) After this, I wanted to filter out for EACH ROW in "e" the maximum
>>> value in the row & assign or link the respective columname of this
>>> maxiumum value to the respective rowname;
>>> so that in the end I will know for each rowname,
>>
>> Just index the column names by the result of row-which.max:
>>
>> colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ] # (be sure to remove the "nr" column)
>>
>> Test to see if I'm missing anything:
>>
>> chisq.test # to see the code
>>
>> # posting dput() on the corner of your matrix was a good idea:
>>
>> m <- d[!rownames(d)=="nc", !colnames(d)=="nr"]
>> m <- data.matrix(m); n <- sum(m); sr <- rowSums(m)
>> sc <- colSums(m)
>> E <- outer(sr, sc, "*")/n
>> fmat <- (abs(m - E) )^2/E
>> colnames(m) [ apply(m, 1, which.max) ]
>>
>> [1] "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
>> [5] "PL_7_1_8.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
>> [9] "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt" "PL_7_1_7.txt"
>> [13] "PL_7_1_7.txt"
>>
>> The sum of the "predicteds" checks out:
>>> sum(E, na.rm=TRUE)
>> [1] 7
>>
>>> round(fmat, 3)
>> PL_7_1_7.txt PL_7_1_8.txt PUEH_4_0.txt PUEH_7_1_2.txt UEH_7_2_2.txt
>> 821194 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 821202 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 821206 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
>> 827162 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
>> 827166 1.714 0.321 0.321 0.321 0.321
>> 827178 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 827182 0.762 0.143 0.143 0.143 0.143
>> 827186 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 827190 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 827194 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 827198 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 827206 NaN NaN NaN NaN NaN
>> 833166 NaN NaN NaN NaN NaN
>>
>> Obviously with a more complete set of data than you offered you would get fewer NaN rows caused by the zero denominators in your data.
>>
>> Note that which.max of c(0,0,0,0,0) is 1, so be aware that there is ambiguity when the row count is zero.
>>
>> --
>> David
>>
>>> which columname "fits
>>> best to it" i.e. which columname had the biggest value for this
>>> respective row.
>>> For example, in dataframe "d", in the third row called "821206 ", the
>>> maximum-value lies in the first colummn, which is named "PL_7_1_7.txt
>>> ". In this example I would link the name "821206 " somehow to the name
>>> "PL_7_1_7.txt ".
>>>
>>> Do you have any suggestions for me, how to do this the best way? or
>>> where i should look up possible solutions? I m really lost...
>>
>>>
>>> What i tried until now was this:
>>>
>>>>
>>> f.good <- function(x, nr, nc, n) {
>>> n <- d[14,6]
>>> nr <- d[,6]
>>> nc <- d[14,]
>>> z1 <- (x-((nr*nc)/n))^2/((nr*nc)/n)
>>> return(z1)
>>> }
>>>
>>> and then i wanted to use the "apply" function:
>>>
>>>>
>>> apply(d, c(1,2), f.good)
>>>
>>> but it never worked at all, and I think Im far away from a solution!
>>>
>>> Can somebody help me out and give me a hint what to do? does somebody
>>> know a clever way to achieve tasks 1) &2) ?
>>>
>>> Im very glad about every input!!!!!
>>>
>>> Thanks a lot already!!! Have a nice day!
>>>
>>> Best wishes,
>>> Jacqueline
>>>
>>>
>>>> dput(d)
>>> structure(list(PL_7_1_7.txt = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,
>>> 0, 0, 0, 86), PL_7_1_8.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
>>> 0, 0, 0, 120), PUEH_4_0.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
>>> 0, 0, 0, 905), PUEH_7_1_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
>>> 0, 0, 0, 0, 300), UEH_7_2_2.txt = c(0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
>>> 0, 0, 0, 0, 309), nr = c(29, 8, 2, 6, 17, 0, 4, 16, 16, 18, 19,
>>> 19, 8, 18733)), .Names = c("PL_7_1_7.txt", "PL_7_1_8.txt", "PUEH_4_0.txt",
>>> "PUEH_7_1_2.txt", "UEH_7_2_2.txt", "nr"), row.names = c("821194",
>>> "821202", "821206", "827162", "827166", "827178", "827182", "827186",
>>> "827190", "827194", "827198", "827206", "833166", "nc"), class = "data.frame")
>>>
>>> ______________________________________________
>>> R-help at r-project.org mailing list
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>>> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
>>> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>>
>> David Winsemius
>> Alameda, CA, USA
>>
David Winsemius
Alameda, CA, USA
More information about the R-help
mailing list