[R] Please Help FDR BH correction of pvalues

David Lyon david_lyon3 at yahoo.com
Wed Apr 10 17:50:00 CEST 2013


I have a matrix of p values below. Column1 are the analytes and the other columns are p values comparing time points.
How do I convert this table of pvalues into adjust p values for FDR/BH


This is wrong does anyone know how to fix this code

a<-read.table("file", header=T, sep"\t")
b<-as.numeric(as.matrix((a[,2:8])))
p.adjust(b, "BH")






Analyte  -0.5-8        -0.5-12       -0.5-24       -0.5-168      8-12  12-24 24-168
1_1     0.98    0.31    0.71    0.73    0.54    0.08    0.02
2_1     0.51    0.03    0.65    0.64    0.18    0.02    0.90
3_1     0.92    0.18    0.49    0.93    0.12    0.04    0.37
4_1     0.18    0.52    0.86    0.17    0.68    0.68    0.67
5_1     0.20    0.59    0.05    0.61    0.24    0.02    0.17
6_1     0.86    0.92    0.83    0.23    0.74    0.92    0.97
7_1     0.86    0.28    0.04    0.58    0.20    0.00    0.08
8       0.00    0.05    0.10    0.90    0.98    0.95    0.21
9       0.00    0.03    0.04    0.37    0.77    0.86    0.18
10      0.00    0.07    0.10    0.90    1.00    0.98    0.18
11      0.05    0.04    0.14    0.14    0.74    0.86    0.87
12      0.00    0.31    0.07    0.09    0.02    0.28    0.00
13      0.80    0.42    0.98    0.09    0.21    0.42    0.04



More information about the R-help mailing list