[R-es] Convex hulls para NMDS o PCoA

[Carlos Ortega]

Hola,

No estoy del todo seguro si los gráficos que incluye puede contemplar lo
que pides, pero probaría el paquete "factoextra".
Puedes ver sus posibilidades aquí:

http://www.sthda.com/english/wiki/factoextra-r-package-easy-multivariate-data-analyses-and-elegant-visualization

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El dom., 3 may. 2020 a las 15:05, Fernando Archuby (<farchuby using gmail.com>)
escribió:

> Buenos días/tardes.
> Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un
> estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con
> hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos.
> He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el
> comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con
> metaMDS(). Les comparto dos consultas:
> - ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de
> ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color
> diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de
> variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los
> clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la
> que quiero graficar los convex hulls.
> - Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de "aprovechar" la
> varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una
> estrategia adecuada?
> Saludos,
> Fernando.
>
> --
>
> *Dr. Fernando M. Archuby*
> CONICET-UNLP
> Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
> farchuby using gmail.com
> paleobiologia using gmail.com
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es using r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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