[R-es] Convex hulls para NMDS o PCoA

[Fernando Archuby]

Buenos días/tardes.
Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un
estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con
hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos.
He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el
comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con
metaMDS(). Les comparto dos consultas:
- ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de
ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color
diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de
variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los
clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la
que quiero graficar los convex hulls.
- Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de "aprovechar" la
varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una
estrategia adecuada?
Saludos,
Fernando.

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*Dr. Fernando M. Archuby*
CONICET-UNLP
Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
farchuby using gmail.com
paleobiologia using gmail.com

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