[R-es] Tasa variación diaria COVID-19

Javier Gómez Gonzalez z@r@g@t@n @end|ng |rom gm@||@com
Mar Mar 24 01:57:22 CET 2020


Los datos del COVID-19 por comunidades los puedes obtener en esta dirección
https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov-China/situacionActual.htm
En el apartado que pone actualización nº 53: enfermedad
SARS-COV-2(COVID-19) 23-03-2020.
Al pinchar el enlace solo puedes descargar el pdf correspondiente al día
23-03-2020. Para obtener los anteriores cambian en la barra de direcciones
el número de la actualización y así puedes descargar las más antiguas, pero
no todas. las que te falten prueba a buscar en google.

Los datos por países los puedes descargar del
European Centre for Disease Prevention and Control
https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/download-todays-data-geographic-distribution-covid-19-cases-worldwide


El lun., 23 mar. 2020 a las 10:29, Juan Abasolo (<juan.abasolo using ehu.eus>)
escribió:

> Buenas y ascépticas!
> Capaz que sea demasiado disgregante, pero creo que a alguno le puede
> interesar. En el usuario de R-Blogers de Twitter estos días estan
> presentando hasta paquetes para tratar los temas del corina...
>
> No ando yo en eso, pero creo que les puede interesar, si no andan
> aplastados con tele-urgencias.
>
> Yo sí, simple pero mucho.
>
> Cuidense y a los cercanos y lejanos,
>
> Juan
>
> Hau idatzi du Javier Gómez Gonzalez (zaragatan using gmail.com) erabiltzaileak
> (2020 mar. 23, al. (03:13)):
>
>>  Muchas gracias a todos por su ayuda.
>>
>> Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a mi
>> problema de como calcular el porcentaje de variación.
>> La primera es usando el paquete dplyr:
>>
>> https://stackoverflow.com/questions/48196552/calculate-percentage-change-in-r-using-dplyr/48196871
>>
>> La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine
>> https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html
>>
>>
>> El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (<
>> cof using qualityexcellence.es>)
>> escribió:
>>
>> > Hola,
>> >
>> > Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv().
>> > Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table.
>> > El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un
>> > data.table.
>> >
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> > El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (<
>> > javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>) escribió:
>> >
>> > > Eric
>> > >
>> > > ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen
>> > > errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
>> > >
>> > > > #
>> > >
>> > >
>> >
>> https://raw.githubusercontent.com/datasets/covid-19/master/data/time-series-19-covid-combined.csv
>> > > > datos <-
>> > > read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
>> > > >
>> > > > library(data.table)
>> > > > library(ggplot2)
>> > > > library(anytime)
>> > > >
>> > > > df <-datos
>> > > >
>> > > > df[, fec:=anytime(fec)]
>> > > Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
>> > >   Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...)
>> are
>> > > defined for use in j, once only and in particular ways. See
>> help(":=").
>> > > > setkey(df,com,fec)
>> > > Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) :
>> > >   x is not a data.table
>> > > >
>> > > > # newc: son los nuevos casos
>> > > > df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
>> > > Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by =
>> .(com)) :
>> > >   unused argument (by = .(com))
>> > > >
>> > > > # tasa: es la tasa de cambio que calculé así (ct2 - ct1)/ct1
>> > > >
>> > > > df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
>> > > Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) :
>> > >   unused argument (by = .(com))
>> > >
>> > > El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz using gmail.com>)
>> > > escribió:
>> > >
>> > > > Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
>> > > >
>> > > > library(data.table)
>> > > > library(ggplot2)
>> > > > library(anytime)
>> > > >
>> > > > df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
>> > > > df[, fec:=anytime(fec)]
>> > > > setkey(df,com,fec)
>> > > >
>> > > >      # newc: son los nuevos casos
>> > > > df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
>> > > >
>> > > >      # tasa: es la tasa de cambio que calculé así (ct2 - ct1)/ct1
>> > > >
>> > > > df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
>> > > >
>> > > >
>> > > > y obtuve lo siguiente:
>> > > >
>> > > >
>> > > >                     fec       com     pob ct newc tasa
>> > > > 1: 2020-04-02 23:00:00 Andalucía 8414240 13 NA          NA
>> > > > 2: 2020-05-02 23:00:00 Andalucía 8414240 12   -1 -0.08333333
>> > > > 3: 2020-06-02 23:00:00 Andalucía 8414240 21    9 0.42857143
>> > > > 4: 2020-04-02 23:00:00    Aragón 1319291  0 NA          NA
>> > > > 5: 2020-05-02 23:00:00    Aragón 1319291  1    1 1.00000000
>> > > > 6: 2020-06-02 23:00:00    Aragón 1319291  6    5 0.83333333
>> > > > 7: 2020-04-02 23:00:00  Asturias 1022800  2 NA          NA
>> > > > 8: 2020-05-02 23:00:00  Asturias 1022800  5    3 0.60000000
>> > > > 9: 2020-06-02 23:00:00  Asturias 1022800  5    0 0.00000000
>> > > >
>> > > > Espero que te sirva.
>> > > >
>> > > > Saludos !!
>> > > >
>> > > > Eric.
>> > > >
>> > > >
>> > > >
>> > > >
>> > > > On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
>> > > > > Hola:
>> > > > >
>> > > > > Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
>> > > > comunidades
>> > > > > autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la
>> > tasa
>> > > > > diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
>> > > > >
>> > > > > *fecha*
>> > > > >
>> > > > > *comunidad*
>> > > > >
>> > > > > *poblacion*
>> > > > >
>> > > > > *casos_totales*
>> > > > >
>> > > > > 04/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Andalucía
>> > > > >
>> > > > > 8414240
>> > > > >
>> > > > > 13
>> > > > >
>> > > > > 05/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Andalucía
>> > > > >
>> > > > > 8414240
>> > > > >
>> > > > > 12
>> > > > >
>> > > > > 06/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Andalucía
>> > > > >
>> > > > > 8414240
>> > > > >
>> > > > > 21
>> > > > >
>> > > > > 04/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Aragón
>> > > > >
>> > > > > 1319291
>> > > > >
>> > > > > 0
>> > > > >
>> > > > > 05/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Aragón
>> > > > >
>> > > > > 1319291
>> > > > >
>> > > > > 1
>> > > > >
>> > > > > 06/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Aragón
>> > > > >
>> > > > > 1319291
>> > > > >
>> > > > > 6
>> > > > >
>> > > > > 04/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Asturias
>> > > > >
>> > > > > 1022800
>> > > > >
>> > > > > 2
>> > > > >
>> > > > > 05/03/2020
>> > > > >
>> > > > > Asturias
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>> > > > > Gracias
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>>
>
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> --
> Juan Abasolo
>
> Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
> Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> Euskal Herriko Unibertsitatea
> UPV/EHU
>
> Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
>
> T: (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
> Skype: abasolo72
>
> Tutoretza ordutegia <https://labur.eus/JAbasolo-tutoretzak>
> [blo <https://juanabasolo.netlify.com/>][gak
> <http://bosgarrena.blogspot.com/>]
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