[R-es] Tasa variación diaria COVID-19

Rubén Fernández Casal ruben|c@@@| @end|ng |rom gm@||@com
Mar Mar 24 21:03:45 CET 2020 

Hola a todos,

Aprovecho para comentaros que estuve preparando un repositorio en GitHub (
https://github.com/rubenfcasal/COVID-19) para facilitar el acceso a los
datos oficiales del COVID-19 por CCAA. Principalmente para los que pueden
estar interesados en analizarlos empleando R (web:
https://rubenfcasal.github.io/COVID-19), pero también puede ser de utilidad
simplemente para consultarlos (tablas:
https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html).

Gracias a vuestros mensajes pude descargarme un fichero pdf que me faltaba
y también me animé a ponerlo en github por si puede resultar de interés...

Un saludo, Rubén.

El lun., 23 mar. 2020 a las 3:13, Javier Gómez Gonzalez (<
zaragatan using gmail.com>) escribió:

>  Muchas gracias a todos por su ayuda.
>
> Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a mi
> problema de como calcular el porcentaje de variación.
> La primera es usando el paquete dplyr:
>
> https://stackoverflow.com/questions/48196552/calculate-percentage-change-in-r-using-dplyr/48196871
>
> La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine
> https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html
>
>
> El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (<
> cof using qualityexcellence.es>)
> escribió:
>
> > Hola,
> >
> > Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv().
> > Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table.
> > El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un
> > data.table.
> >
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> > El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (<
> > javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>) escribió:
> >
> > > Eric
> > >
> > > ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen
> > > errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
> > >
> > > > #
> > >
> > >
> >
> https://raw.githubusercontent.com/datasets/covid-19/master/data/time-series-19-covid-combined.csv
> > > > datos <-
> > > read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
> > > >
> > > > library(data.table)
> > > > library(ggplot2)
> > > > library(anytime)
> > > >
> > > > df <-datos
> > > >
> > > > df[, fec:=anytime(fec)]
> > > Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
> > >   Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are
> > > defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").
> > > > setkey(df,com,fec)
> > > Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) :
> > >   x is not a data.table
> > > >
> > > > # newc: son los nuevos casos
> > > > df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
> > > Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by = .(com))
> :
> > >   unused argument (by = .(com))
> > > >
> > > > # tasa: es la tasa de cambio que calculé así (ct2 - ct1)/ct1
> > > >
> > > > df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
> > > Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) :
> > >   unused argument (by = .(com))
> > >
> > > El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz using gmail.com>)
> > > escribió:
> > >
> > > > Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
> > > >
> > > > library(data.table)
> > > > library(ggplot2)
> > > > library(anytime)
> > > >
> > > > df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
> > > > df[, fec:=anytime(fec)]
> > > > setkey(df,com,fec)
> > > >
> > > >      # newc: son los nuevos casos
> > > > df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
> > > >
> > > >      # tasa: es la tasa de cambio que calculé así (ct2 - ct1)/ct1
> > > >
> > > > df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
> > > >
> > > >
> > > > y obtuve lo siguiente:
> > > >
> > > >
> > > >                     fec       com     pob ct newc tasa
> > > > 1: 2020-04-02 23:00:00 Andalucía 8414240 13 NA          NA
> > > > 2: 2020-05-02 23:00:00 Andalucía 8414240 12   -1 -0.08333333
> > > > 3: 2020-06-02 23:00:00 Andalucía 8414240 21    9 0.42857143
> > > > 4: 2020-04-02 23:00:00    Aragón 1319291  0 NA          NA
> > > > 5: 2020-05-02 23:00:00    Aragón 1319291  1    1 1.00000000
> > > > 6: 2020-06-02 23:00:00    Aragón 1319291  6    5 0.83333333
> > > > 7: 2020-04-02 23:00:00  Asturias 1022800  2 NA          NA
> > > > 8: 2020-05-02 23:00:00  Asturias 1022800  5    3 0.60000000
> > > > 9: 2020-06-02 23:00:00  Asturias 1022800  5    0 0.00000000
> > > >
> > > > Espero que te sirva.
> > > >
> > > > Saludos !!
> > > >
> > > > Eric.
> > > >
> > > >
> > > >
> > > >
> > > > On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
> > > > > Hola:
> > > > >
> > > > > Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
> > > > comunidades
> > > > > autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la
> > tasa
> > > > > diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
> > > > >
> > > > > *fecha*
> > > > >
> > > > > *comunidad*
> > > > >
> > > > > *poblacion*
> > > > >
> > > > > *casos_totales*
> > > > >
> > > > > 04/03/2020
> > > > >
> > > > > Andalucía
> > > > >
> > > > > 8414240
> > > > >
> > > > > 13
> > > > >
> > > > > 05/03/2020
> > > > >
> > > > > Andalucía
> > > > >
> > > > > 8414240
> > > > >
> > > > > 12
> > > > >
> > > > > 06/03/2020
> > > > >
> > > > > Andalucía
> > > > >
> > > > > 8414240
> > > > >
> > > > > 21
> > > > >
> > > > > 04/03/2020
> > > > >
> > > > > Aragón
> > > > >
> > > > > 1319291
> > > > >
> > > > > 0
> > > > >
> > > > > 05/03/2020
> > > > >
> > > > > Aragón
> > > > >
> > > > > 1319291
> > > > >
> > > > > 1
> > > > >
> > > > > 06/03/2020
> > > > >
> > > > > Aragón
> > > > >
> > > > > 1319291
> > > > >
> > > > > 6
> > > > >
> > > > > 04/03/2020
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> > > > > Asturias
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> > > > >
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> > > > > 05/03/2020
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> > > > >
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Rubén Fernández Casal
Dep. Matemáticas
UDC

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