[R-es] NMDS varios

[Marcelino De La Cruz Rot]

Hola Fernando:

Ya que no nos dices con qué función has realizado tu ordenación, la 
manera más sencilla de visualizar los grupos en el espacio NMDS sería 
realizar un diagrama de dispersión usando los factores como parámetros 
gráficos (color, pch, etc).

Por ejemplo:

plot(NMDS$1, NMDS$2, pch=as.numeric(habitat), col=as.numeric(distalidad))

También podrías calcular un convex hull para cada uno de tus grupos y 
representarlo en forma de polígonos sobre el diagrama de ordenación (ver 
función ordihull() en el paquete vegan. Un mini-tutorial sobre esto lo 
tienes en una de las viñetas de dicho programa (sección 2.2)

https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/intro-vegan.pdf


Un saludo,

Marcelino


El 24/10/2019 a las 15:22, Fernando Archuby escribió:
> Buenos días. Realizo el NMDS para ordenar muestras compuestas por especies
> biológicas a partir de abundancias, a partir de una matriz de distancias de
> diferencia porcentual (aka Bray Curtis). Hasta ahí, no encuentro problemas.
> Por otro lado, las muestras se clasifican de los siguientes modos:
> - distalidad al centro de la bahía (D,M,P)
> - vivas versus muertas, estas últimas identificadas a partir de las valvas
> (L,D)
> - hábitat contaminado versus hábitat no contaminado (P,U)
> De modo que tengo tres factores y en total 12 grupos.
>
> Quisiera visualizar apropiadamente la distribución de estos grupos en el
> ordenamiento multivariado en 2 dimensiones.
> ¿Alguna idea sobre cómo proceder? ¿Algún ejemplo o tutorial para guiarme?
> Muchas gracias,
> Fernando.
>

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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España