[R-es] Coeficientes GLM binomial

[Marcelino De La Cruz Rot]

Hola Jaume:

La transformación de la predicción a la escala de la respuesta la debes 
hacer sobre la predicción, no sobre los coeficientes. La "x" en tu 
fórmula es el predictor lineal completo, no los coeficientes 
individuales. Así que predice con los coeficientes que te da le modelo 
(sin "detransfomar") y luego aplica la fórmula a esa predicción.

Un saludo,

Marcelino

El 28/11/2019 a las 13:27, Jaume Tormo escribió:
> Estimad using s errer using s
>
> He hecho este modelo glm
> m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>               ,family="binomial"
>               ,data=long.PILE
>               )
> Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de tem
> (Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla pasa
> en esas condiciones).
> Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad de
> germinación.
> Para eso uso:
> predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
> Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables.
>
> Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
> los coeficientes del modelo.
> Extraigo los coeficientes mediante:
> x<-coefficients(m1.pile)
> y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
> binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
> Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))
>
> Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
> Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
> esto:
> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>
> Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
> time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
> temp, pot y time.
>
> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>
> Muchas gracias.
>
> Jaume.
>
> Dr. Jaume Tormo.
> Area of Ecology
> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
> Technological College. Agri-food and Environment
> University of Zaragoza, Spain
> 0034 974292678
> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
> https://acercad.wordpress.com/
>
>
>

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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España