[R-es] Coeficientes GLM binomial

[Jaume Tormo]

Estimad using s errer using s

He hecho este modelo glm
m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
             ,family="binomial"
             ,data=long.PILE
             )
Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de tem
(Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla pasa
en esas condiciones).
Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad de
germinación.
Para eso uso:
predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables.

Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
los coeficientes del modelo.
Extraigo los coeficientes mediante:
x<-coefficients(m1.pile)
y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))

Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
esto:
0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot

Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
temp, pot y time.

Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?

Muchas gracias.

Jaume.

Dr. Jaume Tormo.
Area of Ecology
Departament of Agrarian and Environmental Sciences
Technological College. Agri-food and Environment
University of Zaragoza, Spain
0034 974292678
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https://acercad.wordpress.com/



-- 
Jaume Tormo.
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