[R-es] Gráfico tiempos de supervivencia

Jue Jul 18 14:21:24 CEST 2019

Hola,

Sí, lo puedes hacer de esta forma...

#-----------------
set.seed(20)
DATOS <- data.frame (
    ID      = c (1:10)
  , TIEMPO  = sample(1:40, 10, replace=F)
  , DEF     = as.factor(sample(c(0,1), 10, replace=T))
)

library(ggplot2)

  ggplot( data = DATOS ) +
   geom_point( aes(x = TIEMPO, y = ID , shape = DEF, color = DEF), size = 5
) +
   geom_segment( aes( x = 0, y = ID,  xend = TIEMPO, yend = ID ) ) +
    guides(colour = FALSE) +
    labs(shape = 'LEGEND') +
    scale_y_discrete() +
   theme_minimal()
#-----------------

E incluso puedes reproducirlo usando fuentes parecidas a la de los comics
con el paquete "xkcd".

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El jue., 18 jul. 2019 a las 13:05, Griera-yandex (<griera using yandex.com>)
escribió:

> Hola Pedro:
>
> Gracias por la ayuda. No conocía esta manera más elegante de mostrar las
> curvas de Kaplan-Meier. Te la compro.
>
> En realidad quería mostrar un gráfico con la longitud de les tiempos de
> seguimiento y al final un símbolo para indicar el estado. Seria un gráfico
> similar a:
>
> https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
>
> Pero no encuentro la manera de hacerlo. Igual no se puede.
>
> Muchas gracias y saludos.
>
> On Thu, 18 Jul 2019 10:28:37 +0000
> PEDRO CONCEJERO CEREZO <pedro.concejerocerezo using telefonica.com> wrote:
>
> > Hola, te vale esto? Es forma estandar de representar graficos
> supervivencia
> >
> > Basado en esto:
> >
> > https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/
> >
> > set.seed(20)
> >
> > DATOS <- data.frame (
> >   ID      = c (1:10)
> >   , TIEMPO  = sample(1:40, 10, replace=F)
> >   , DEF     = sample(0:1, 10, replace=T)
> > )
> >
> > DATOS
> >
> > library(survival)
> >
> > DATOS$DEF <- as.numeric(DATOS$DEF)
> > DATOS$TIEMPO <- as.numeric(DATOS$TIEMPO)
> >
> > s <- Surv(DATOS$TIEMPO, DATOS$DEF)
> > head(s)
> >
> > ## Kaplan-Meier estimator.
> > km <- survfit(s ~ 1,
> >               data = DATOS,
> >               conf.type = "log-log")
> >
> > ## Show object
> > km
> >
> > summary(km)
> >
> > plot(km)
> >
> > # Instala las librerías necesarias:
> > library(ranger)
> > library(ggplot2)
> > library(dplyr)
> > library(ggfortify)
> >
> > autoplot(km)
> >
> >
> > El 18/07/2019 a las 12:00, r-help-es-request using r-project.org<mailto:
> r-help-es-request using r-project.org> escribió:
> >
> > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> >         r-help-es using r-project.org<mailto:r-help-es using r-project.org>
> >
> > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> >         https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
> > el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> >         r-help-es-request using r-project.org<mailto:
> r-help-es-request using r-project.org>
> >
> > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> >         r-help-es-owner using r-project.org<mailto:
> r-help-es-owner using r-project.org>
> >
> > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
> > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> > respondiendo.
> >
> >
> > Asuntos del día:
> >
> >    1. Gráfico tiempos de supervivencia (Griera-yandex)
> >
> > ----------------------------------------------------------------------
> >
> > Message: 1
> > Date: Thu, 18 Jul 2019 10:18:42 +0200
> > From: Griera-yandex <griera using yandex.com><mailto:griera using yandex.com>
> > To: Lista R <r-help-es using r-project.org><mailto:r-help-es using r-project.org>
> > Subject: [R-es] Gráfico tiempos de supervivencia
> > Message-ID: <20190718101842.280414d5 using debian-dde>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> >
> > Buenos días a todos:
> >
> > Alguien me puede ayudar a hacer (si se puede) con unos datos similares a:
> >
> > set.seed(20)
> > DATOS <- data.frame (
> >       ID      = c (1:10)
> >     , TIEMPO  = sample(1:40, 10, replace=F)
> >     , DEF     = sample(0:1, 10, replace=T)
> >                     );DATOS
> >
> > un gráfico que muestre los tiempos de supervivencia similar a:
> > https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
> >
> > Lo he intentado con la función followup.plot del paquete
> > "epiDisplay" (
> https://cran.r-project.org/web/packages/epiDisplay/index.html),
> > pero no encuentro la forma.
> >
> > Muchas gracias y saludos.
> >
> >
> >
> >
> > ------------------------------
> >
> > Subject: Pié de página del digest
> >
> > _______________________________________________
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es using r-project.org<mailto:R-help-es using r-project.org>
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> >
> > ------------------------------
> >
> > Fin de Resumen de R-help-es, Vol 125, Envío 7
> > *********************************************
> >
> >
> > --
> > Pedro Concejero
> > Telefónica CDO - 4th Platform - Internal Use Cases
> > E-mail: pedro.concejerocerezo using telefonica.com<mailto:
> pedro.concejerocerezo using telefonica.com>
> > skype: pedro.concejero
> > twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
> > linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
> > eRReRo feliz, me puedes encontrar en gRupo R madRid <
> http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>
> >
> > ________________________________
> >
> > Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario,
> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso
> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización,
> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de
> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
> >
> > The information contained in this transmission is privileged and
> confidential information intended only for the use of the individual or
> entity named above. If the reader of this message is not the intended
> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
> sender that you have received this communication in error and then delete
> it.
> >
> > Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu
> destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para
> uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o
> destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização,
> divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da
> legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos
> o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
> >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > _______________________________________________
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es using r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es using r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

	[[alternative HTML version deleted]]