[R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

[Jaume Tormo]

Muchas gracias.

Jaume.

El 20 de junio de 2018, 14:21, Marcelino de la Cruz Rot <
marcelino.delacruz using urjc.es> escribió:

> Hola Jaume:
>
> Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:
>
>  findMethods(biovars)
>
> La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los
> tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del paquete.
> Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código fuente comprimido
> (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN (
> https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este
> caso, directamente desde su página de Github (
> https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).
>
>
> Un saludo,
>
> Marcelino
>
>
> El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:
>
>> Hola Jorge y Marcelino,
>>
>> Muchas gracias a los dos.
>> Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
>> función?
>>
>> Gracias de nuevo.
>>
>> Jaume.
>>
>> El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <jorge.virto using ehu.es <mailto:
>> jorge.virto using ehu.es>> escribió:
>>
>>     Hola,
>>
>>     en la misma definición de la función:
>>
>>     # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
>>
>>     # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
>>     is < 1)
>>
>>     p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
>>
>>     Un saludo,
>>
>>     Jorge
>>
>>     On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
>>     escribió:
>>
>>     > Hola Jaume:
>>
>>     >
>>
>>     > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
>>
>>     > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
>>
>>     > previamente 1 a "prec":
>>
>>     >
>>
>>     > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>>
>>     >
>>
>>     >
>>
>>     > Es decir, en tu caso,
>>
>>     >
>>
>>     > > cv(prec+1)
>>
>>     >
>>
>>     > [1] 109.9637
>>
>>     >
>>
>>     > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>>
>>     >
>>
>>     > > cv(prec)
>>
>>     >
>>
>>     > [1] 112.5923
>>
>>     >
>>
>>     >  coincide con tu cálculo manual.
>>
>>     >
>>
>>     > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
>>
>>     > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
>>
>>     > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
>>     los que
>>
>>     > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>>
>>     >
>>
>>     > Saludos,
>>
>>     >
>>
>>     > Marcelino
>>
>>     >
>>
>>     > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
>>
>>     > > Estimados erreros,
>>
>>     > >
>>
>>     > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
>>
>>     > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
>>     <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
>>
>>     coeficiente
>>
>>     > > de
>>
>>     > > variación. Os pongo un ejemplo:
>>
>>     > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
>>     mínima media
>>
>>     > > mensual de un año
>>
>>     > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
>>
>>     > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
>>     media mensual
>>
>>     > > de un año
>>
>>     > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
>>     variables
>>
>>     > > relevantes para la distribución de especies.
>>
>>     > >
>>
>>     > > #El resultado es:
>>
>>     > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
>>
>>     > >
>>
>>     > > bio11
>>
>>     > > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
>>
>>     > > 13.83333
>>
>>     > >
>>
>>     > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
>>
>>     > >
>>
>>     > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
>>
>>     > >
>>
>>     > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
>>
>>     > >
>>
>>     > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>>
>>     > >> (sd(prec)/mean(prec))*100
>>
>>     > >
>>
>>     > > [1] *112.5923*
>>
>>     > >
>>
>>     > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
>>
>>     > > perdiendo
>>
>>     > > algo. En el manual del paquete (
>>
>>     > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
>>     <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
>>
>>     explica como
>>
>>     > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
>>     en dentro de
>>
>>     > > biovars para saber que está haciendo?
>>
>>     > >
>>
>>     > > Muchas gracias.
>>
>>     --
>>     --
>>
>>     Jorge Virto Moreno
>>
>>     Dpt. Economia Aplicada III
>>
>>     Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU
>>
>>     Avda. Lehendakari Agirre, 83
>>
>>     48015 Bilbao
>>
>>     Spain
>>
>>     Tel: 94 601 3851
>>
>>     Fax: 94 601 3754
>>
>>     eman ta zabal zazu
>>
>>     _ _
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>>     | [_ | ______/
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>>     | |
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>>     |______|
>>
>>     Universidad del País Vasco
>>
>>     Euskal Herriko Unibertsitatea
>>
>>
>>
>>
>> --
>> Jaume Tormo.
>> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
>> https://acercad.wordpress.com/
>>
>
>
> --
> Marcelino de la Cruz Rot
> Depto. de Biología y Geología
> Física y Química Inorgánica
> Universidad Rey Juan Carlos
> Móstoles España
>
>


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Jaume Tormo.
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