[R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola Jaume:

Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:

  findMethods(biovars)

La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los 
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del 
paquete. Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código 
fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN 
(https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este 
caso, directamente desde su página de Github 
(https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).


Un saludo,

Marcelino


El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:
> Hola Jorge y Marcelino,
>
> Muchas gracias a los dos.
> Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una 
> función?
>
> Gracias de nuevo.
>
> Jaume.
>
> El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <jorge.virto using ehu.es 
> <mailto:jorge.virto using ehu.es>> escribió:
>
>     Hola,
>
>     en la misma definición de la función:
>
>     # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
>
>     # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
>     is < 1)
>
>     p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
>
>     Un saludo,
>
>     Jorge
>
>     On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
>     escribió:
>
>     > Hola Jaume:
>
>     >
>
>     > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
>
>     > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
>
>     > previamente 1 a "prec":
>
>     >
>
>     > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>
>     >
>
>     >
>
>     > Es decir, en tu caso,
>
>     >
>
>     > > cv(prec+1)
>
>     >
>
>     > [1] 109.9637
>
>     >
>
>     > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>
>     >
>
>     > > cv(prec)
>
>     >
>
>     > [1] 112.5923
>
>     >
>
>     >  coincide con tu cálculo manual.
>
>     >
>
>     > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
>
>     > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
>
>     > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
>     los que
>
>     > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>
>     >
>
>     > Saludos,
>
>     >
>
>     > Marcelino
>
>     >
>
>     > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
>
>     > > Estimados erreros,
>
>     > >
>
>     > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
>
>     > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
>     <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
>     coeficiente
>
>     > > de
>
>     > > variación. Os pongo un ejemplo:
>
>     > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
>     mínima media
>
>     > > mensual de un año
>
>     > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
>
>     > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
>     media mensual
>
>     > > de un año
>
>     > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
>     variables
>
>     > > relevantes para la distribución de especies.
>
>     > >
>
>     > > #El resultado es:
>
>     > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
>
>     > >
>
>     > > bio11
>
>     > > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
>
>     > > 13.83333
>
>     > >
>
>     > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
>
>     > >
>
>     > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
>
>     > >
>
>     > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
>
>     > >
>
>     > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>
>     > >> (sd(prec)/mean(prec))*100
>
>     > >
>
>     > > [1] *112.5923*
>
>     > >
>
>     > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
>
>     > > perdiendo
>
>     > > algo. En el manual del paquete (
>
>     > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
>     <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
>     explica como
>
>     > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
>     en dentro de
>
>     > > biovars para saber que está haciendo?
>
>     > >
>
>     > > Muchas gracias.
>
>     -- 
>
>     --
>
>     Jorge Virto Moreno
>
>     Dpt. Economia Aplicada III
>
>     Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU
>
>     Avda. Lehendakari Agirre, 83
>
>     48015 Bilbao
>
>     Spain
>
>     Tel: 94 601 3851
>
>     Fax: 94 601 3754
>
>     eman ta zabal zazu
>
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>
>     Universidad del País Vasco
>
>     Euskal Herriko Unibertsitatea
>
>
>
>
> -- 
> Jaume Tormo.
> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
> https://acercad.wordpress.com/


-- 
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España