[R-es] Paquete pdp

[Manuel Mendoza]

Acabo de encontrar que si sirve para gbm, por lo que no es esa la razón.

Aquí: https://journal.r-project.org/archive/2017/RJ-2017-016/RJ-2017-016.pdf







Quoting Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>:

> Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo  
> aplico a mis datos me da:
>
> Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found.
>
> Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un  
> boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la  
> razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para  
> RF, aunque en los ejemplos que encontré nunca eran de boosted ...  
> Solo de RF y SVM.
>
> Gracias,
> Manuel
>
>
> library(pdp)
> data (boston)  # load the boston housing data
> set.seed(101)  # for reproducibility
> boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston)
>
> # Partial dependence of cmedv on lstat and rm
>
> pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"), chull = TRUE)
>
> head(pd)  # print first 6 rows
> #>     lstat      rm     yhat
> #> 1  7.5284 3.66538 24.13683
> #> 2  8.2532 3.66538 23.24916
> #> 3  8.9780 3.66538 23.13119
> #> 4  9.7028 3.66538 22.13531
> #> 5 10.4276 3.66538 20.62331
> #> 6 11.1524 3.66538 20.51258
>
>
>
>
>
>
>
> Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
>
>> Hola,
>>
>> A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto randomForest de
>> tu modelo.
>> Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas indicado
>> en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest". Por defecto "ntrees"
>> tiene un valor de 500.
>> Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo "randomForest", que seguramente
>> le hayas indicado un valor de 1000...
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
>> escribió:
>>
>>> Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize,
>>> que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a 1000),
>>> y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así?
>>> Gracias,
>>> Manuel
>>> --
>>> Dr Manuel Mendoza
>>> Department of Biogeography and Global Change
>>> National Museum of Natural History (MNCN)
>>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>>> Spain
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es en r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>>
>>
>> --
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>
>
> -- 
> Dr Manuel Mendoza
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Spain