[R-es] Paquete pdp

[Manuel Mendoza]

Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo aplico  
a mis datos me da:

Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found.

Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un  
boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la  
razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para RF,  
aunque en los ejemplos que encontré nunca eran de boosted ... Solo de  
RF y SVM.

Gracias,
Manuel


library(pdp)
data (boston)  # load the boston housing data
set.seed(101)  # for reproducibility
boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston)

# Partial dependence of cmedv on lstat and rm

pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"), chull = TRUE)

head(pd)  # print first 6 rows
#>     lstat      rm     yhat
#> 1  7.5284 3.66538 24.13683
#> 2  8.2532 3.66538 23.24916
#> 3  8.9780 3.66538 23.13119
#> 4  9.7028 3.66538 22.13531
#> 5 10.4276 3.66538 20.62331
#> 6 11.1524 3.66538 20.51258







Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:

> Hola,
>
> A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto randomForest de
> tu modelo.
> Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas indicado
> en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest". Por defecto "ntrees"
> tiene un valor de 500.
> Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo "randomForest", que seguramente
> le hayas indicado un valor de 1000...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
> escribió:
>
>> Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize,
>> que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a 1000),
>> y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así?
>> Gracias,
>> Manuel
>> --
>> Dr Manuel Mendoza
>> Department of Biogeography and Global Change
>> National Museum of Natural History (MNCN)
>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> Spain
>>
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>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es


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Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
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Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain