[R-es] Gráficas 3D
Andrés Hirigoyen
andreshirigoyen en gmail.com
Lun Feb 19 22:17:30 CET 2018
Manos a la.obra
El lun., 19 de feb. de 2018 18:15, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> Sí, mira estos ejemplos de cómo hacerlo...
> Busca las ecuaciones paramétricas de cada una de estas figuras geométricas
> (lo puedes encontrar en Wikipedia o en Wolfram Mathematica) y ya lo tendrás
> casi todo...
>
> https://alstatr.blogspot.com.es/2014/02/r-fun-with-surf3d-function.html
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 19 de febrero de 2018, 21:32, Andrés Hirigoyen <
> andreshirigoyen en gmail.com> escribió:
>
>> Gracias Carlos, mi idea es construir un cono, un cilindro u otros cuerpos
>> geométrico y luego graficarlos. Alguna idea de como empezar?
>>
>> Muchas gracias como siempre
>>
>> El lun., 19 de feb. de 2018 15:06, <r-help-es-request en r-project.org>
>> escribió:
>>
>> > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
>> > r-help-es en r-project.org
>> >
>> > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >
>> > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
>> > el asunto (subject) o en el cuerpo a:
>> > r-help-es-request en r-project.org
>> >
>> > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
>> > r-help-es-owner en r-project.org
>> >
>> > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
>> > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
>> > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
>> > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
>> > respondiendo.
>> >
>> >
>> > Asuntos del día:
>> >
>> > 1. Gráfica 3D (Andrés Hirigoyen)
>> > 2. Re: gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>> > 3. Re: Gráfica 3D (Carlos Ortega)
>> > 4. Re: gbm.step para clasificación no binaria (Carlos Ortega)
>> > 5. Re: gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>> >
>> > ----------------------------------------------------------------------
>> >
>> > Message: 1
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 16:44:00 +0000
>> > From: Andrés Hirigoyen <andreshirigoyen en gmail.com>
>> > To: Lista R <r-help-es en r-project.org>
>> > Subject: [R-es] Gráfica 3D
>> > Message-ID:
>> > <
>> > CAOaTypVZASi_LTfrSwcsz3SoXzntnUtXsDHaBT2yzv64R0n-zg en mail.gmail.com>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>> >
>> > Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
>> > geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
>> >
>> > Muchas gracias
>> >
>> > [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > ------------------------------
>> >
>> > Message: 2
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:01:21 +0100
>> > From: Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
>> > To: Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> > Cc: "r-help-es en r-project.org" <r-help-es en r-project.org>
>> > Subject: Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria
>> > Message-ID:
>> > <20180219180121.Horde.4LStqNNI0EIN9hWJghBdZg4 en webmail.csic.es>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed";
>> > DelSp="Yes"
>> >
>> >
>> > Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>> >
>> > El argumento family puede ser:
>> >
>> > "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
>> > numérica
>> > "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
>> > "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
>> > integer); numérica también, pues.
>> >
>> > La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me
>> > da este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &
>> > n.fitted < max.trees) { :
>> > missing value where TRUE/FALSE needed
>> >
>> > Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
>> > deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también
>> > es para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
>> > lado. Por eso pregunté.
>> >
>> > Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
>> > Gracias,
>> > Manuel
>> >
>> >
>> > Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
>> >
>> > > Hola,
>> > >
>> > > No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
>> > > Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
>> > > predictora, vaya que al menos sea binaria...
>> > > En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es
>> la
>> > > predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si
>> es
>> > un
>> > > modelo binario o multinominal...
>> > >
>> > > Saludos,
>> > > Carlos Ortega
>> > > www.qualityexcellence.es
>> > >
>> > >
>> > > 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>:
>> > >
>> > >> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
>> > >> binaria?
>> > >> Gracias
>> > >> --
>> > >> Dr Manuel Mendoza
>> > >> Department of Biogeography and Global Change
>> > >> National Museum of Natural History (MNCN)
>> > >> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > >> Spain
>> > >>
>> > >> _______________________________________________
>> > >> R-help-es mailing list
>> > >> R-help-es en r-project.org
>> > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> > >>
>> > >
>> > >
>> > >
>> > > --
>> > > Saludos,
>> > > Carlos Ortega
>> > > www.qualityexcellence.es
>> >
>> >
>> > --
>> > Dr Manuel Mendoza
>> > Department of Biogeography and Global Change
>> > National Museum of Natural History (MNCN)
>> > Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > Spain
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > ------------------------------
>> >
>> > Message: 3
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:07:12 +0100
>> > From: Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> > To: Andrés Hirigoyen <andreshirigoyen en gmail.com>
>> > Cc: Lista R <r-help-es en r-project.org>
>> > Subject: Re: [R-es] Gráfica 3D
>> > Message-ID:
>> > <CAOKbq8iWN+D0jKWwXXwQE_ax=
>> > Q4mUA9SdTY7tEqBZMMJucH_rg en mail.gmail.com>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>> >
>> > Sí, mira esto...
>> > "plot3D" en la viñeta te ofrece hasta 50 posibilidades diferentes de
>> > representar un gráfico 3D...
>> >
>> > https://cran.r-project.org/web/packages/plot3D/vignettes/volcano.pdf
>> >
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> > El 19 de febrero de 2018, 17:44, Andrés Hirigoyen <
>> > andreshirigoyen en gmail.com
>> > > escribió:
>> >
>> > > Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
>> > > geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
>> > >
>> > > Muchas gracias
>> > >
>> > > [[alternative HTML version deleted]]
>> > >
>> > > _______________________________________________
>> > > R-help-es mailing list
>> > > R-help-es en r-project.org
>> > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> > >
>> >
>> >
>> >
>> > --
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> > [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > ------------------------------
>> >
>> > Message: 4
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:09:47 +0100
>> > From: Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> > To: Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
>> > Cc: "r-help-es en r-project.org" <r-help-es en r-project.org>
>> > Subject: Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria
>> > Message-ID:
>> > <
>> > CAOKbq8gbiJwxxRgbKnj0rbiHZ4g2bAO8oLyQbVEm+3bKCB8mhw en mail.gmail.com>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>> >
>> > Hola,
>> >
>> > Sí, tienes razón...
>> > ¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...
>> >
>> > Gracias,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> > El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
>> > escribió:
>> >
>> > >
>> > > Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>> > >
>> > > El argumento family puede ser:
>> > >
>> > > "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
>> > > numérica
>> > > "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por
>> narices
>> > > "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
>> > > integer); numérica también, pues.
>> > >
>> > > La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me
>> da
>> > > este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &
>> n.fitted <
>> > > max.trees) { :
>> > > missing value where TRUE/FALSE needed
>> > >
>> > > Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
>> > > deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que
>> también es
>> > > para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
>> lado.
>> > > Por eso pregunté.
>> > >
>> > > Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
>> > > Gracias,
>> > > Manuel
>> > >
>> > >
>> > >
>> > > Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
>> > >
>> > > Hola,
>> > >>
>> > >> No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
>> > >> Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
>> > >> predictora, vaya que al menos sea binaria...
>> > >> En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna
>> es la
>> > >> predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si
>> es
>> > un
>> > >> modelo binario o multinominal...
>> > >>
>> > >> Saludos,
>> > >> Carlos Ortega
>> > >> www.qualityexcellence.es
>> > >>
>> > >>
>> > >> 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>:
>> > >>
>> > >> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
>> > >>> binaria?
>> > >>> Gracias
>> > >>> --
>> > >>> Dr Manuel Mendoza
>> > >>> Department of Biogeography and Global Change
>> > >>> National Museum of Natural History (MNCN)
>> > >>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > >>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > >>> Spain
>> > >>>
>> > >>> _______________________________________________
>> > >>> R-help-es mailing list
>> > >>> R-help-es en r-project.org
>> > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> > >>>
>> > >>>
>> > >>
>> > >>
>> > >> --
>> > >> Saludos,
>> > >> Carlos Ortega
>> > >> www.qualityexcellence.es
>> > >>
>> > >
>> > >
>> > > --
>> > > Dr Manuel Mendoza
>> > > Department of Biogeography and Global Change
>> > > National Museum of Natural History (MNCN)
>> > > Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > > C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > > Spain
>> > >
>> > >
>> >
>> >
>> > --
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> > [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > ------------------------------
>> >
>> > Message: 5
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:57:39 +0100
>> > From: Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
>> > To: Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> > Cc: "r-help-es en r-project.org" <r-help-es en r-project.org>
>> > Subject: Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria
>> > Message-ID:
>> > <20180219185739.Horde.AFdT7V8spGDZzyOKkCIZwQ2 en webmail.csic.es>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed";
>> > DelSp="Yes"
>> >
>> >
>> > Bueno, primero te comento que si no le indico la family me hace
>> > Bernuilli y da error por no ser binaria.
>> >
>> > La razón de aplicar gbm.step del paquete dismo es que da una
>> > información fundamental, como la interacción entre las variables o los
>> > partial plots. La interacción te la representa en 3D y es super
>> > explicativo.
>> >
>> > El paquete randomforest también me da los partialplots y sale muy
>> > bien, pero me gustaría probar también con boosted. Lo haré con gbm,
>> > aunque no obtenga las interacciones.
>> >
>> > Gracias una vez más,
>> > Manuel
>> >
>> >
>> > Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
>> >
>> > > Hola,
>> > >
>> > > Sí, tienes razón...
>> > > ¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...
>> > >
>> > > Gracias,
>> > > Carlos Ortega
>> > > www.qualityexcellence.es
>> > >
>> > > El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza <
>> mmendoza en mncn.csic.es>
>> > > escribió:
>> > >
>> > >>
>> > >> Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>> > >>
>> > >> El argumento family puede ser:
>> > >>
>> > >> "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
>> > >> numérica
>> > >> "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por
>> narices
>> > >> "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
>> > >> integer); numérica también, pues.
>> > >>
>> > >> La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero
>> me da
>> > >> este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &
>> n.fitted <
>> > >> max.trees) { :
>> > >> missing value where TRUE/FALSE needed
>> > >>
>> > >> Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
>> > >> deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que
>> también
>> > es
>> > >> para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
>> lado.
>> > >> Por eso pregunté.
>> > >>
>> > >> Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
>> > >> Gracias,
>> > >> Manuel
>> > >>
>> > >>
>> > >>
>> > >> Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
>> > >>
>> > >> Hola,
>> > >>>
>> > >>> No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
>> > >>> Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
>> > >>> predictora, vaya que al menos sea binaria...
>> > >>> En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna
>> es
>> > la
>> > >>> predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si
>> > es un
>> > >>> modelo binario o multinominal...
>> > >>>
>> > >>> Saludos,
>> > >>> Carlos Ortega
>> > >>> www.qualityexcellence.es
>> > >>>
>> > >>>
>> > >>> 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>:
>> > >>>
>> > >>> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
>> > >>>> binaria?
>> > >>>> Gracias
>> > >>>> --
>> > >>>> Dr Manuel Mendoza
>> > >>>> Department of Biogeography and Global Change
>> > >>>> National Museum of Natural History (MNCN)
>> > >>>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > >>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > >>>> Spain
>> > >>>>
>> > >>>> _______________________________________________
>> > >>>> R-help-es mailing list
>> > >>>> R-help-es en r-project.org
>> > >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> > >>>>
>> > >>>>
>> > >>>
>> > >>>
>> > >>> --
>> > >>> Saludos,
>> > >>> Carlos Ortega
>> > >>> www.qualityexcellence.es
>> > >>>
>> > >>
>> > >>
>> > >> --
>> > >> Dr Manuel Mendoza
>> > >> Department of Biogeography and Global Change
>> > >> National Museum of Natural History (MNCN)
>> > >> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > >> Spain
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>> > >>
>> > >
>> > >
>> > > --
>> > > Saludos,
>> > > Carlos Ortega
>> > > www.qualityexcellence.es
>> >
>> >
>> > --
>> > Dr Manuel Mendoza
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>> > National Museum of Natural History (MNCN)
>> > Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > Spain
>> >
>> >
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>> >
>> > ------------------------------
>> >
>> > Subject: Pié de página del digest
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-help-es mailing list
>> > R-help-es en r-project.org
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>> > Fin de Resumen de R-help-es, Vol 108, Envío 30
>> > **********************************************
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