[R-es] Unir archivos netCDF
javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
Lun Ene 9 14:45:01 CET 2017
Estimada Isa García Barón
No se sobe netCDF, en su ejemplo usa Windows, yo supe agregar un archivo a otro, o en otras palabras, crear un archivo donde se copia el contenido de otros, pero son archivos de texto, para eso hay una herramienta para concatenar en el sistema operativo, y otra más simple pero en node js que se utiliza para unir varios archivos de JavaScript en uno solo, luego se optimiza (quita espacios, etc.).
Si netCDF acepta concatenar archivos, podría ser una alternativa, pero se trabajan como archivos de texto.
Javier Rubén Marcuzzi
De: Isa García Barón
Enviado: lunes, 9 de enero de 2017 6:34
Para: r-help-es en r-project.org
Asunto: [R-es] Unir archivos netCDF
Buenos días lista,
Lo que quiero es unir archivos netCDF. Tengo varios archivos con las mismas
características, pero de días consecutivos y me gustaría unir todos.
He probado con las funciones "transNcdfMerge" y "aggregateNcdf", ambas del
paquete ncdf.tools. Con ninguna de las dos he conseguido nada, a
continuación os copio el script que he escrito hasta el momento:
setwd(DataDir_geo_cur)
## lista con todos los archivo netCDF contenido en el directorio:
files = list.files(DataDir_geo_cur,pattern='*.nc',full.names=TRUE)
## leemos todos los archivos:
for(i in seq_along(files)) {
assign(paste0("gc",i),nc_open(files[i]))
}
# ejemplo de uno de los archivos
gc1
File C:/use/dt_global_allsat_msla_uv_20070905_20140106.nc
(NC_FORMAT_CLASSIC):
5 variables (excluding dimension variables):
float lat_bnds[nv,lat]
float lon_bnds[nv,lon]
int crs[]
grid_mapping_name: latitude_longitude
semi_major_axis: 6371000
inverse_flattening: 0
int u[lon,lat,time]
_FillValue: -2147483647
long_name: Geostrophic velocity anomalies: zonal component
standard_name:
surface_eastward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
units: m/s
scale_factor: 1e-04
int v[lon,lat,time]
_FillValue: -2147483647
long_name: Geostrophic velocity anomalies: meridian component
standard_name:
surface_northward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
units: m/s
scale_factor: 1e-04
4 dimensions:
time Size:1
long_name: Time
standard_name: time
units: days since 1950-01-01 00:00:00 UTC
calendar: julian
axis: T
lat Size:720
long_name: Latitude
standard_name: latitude
units: degrees_north
bounds: lat_bnds
axis: Y
valid_min: -90
valid_max: 90
lon Size:1440
long_name: Longitude
standard_name: longitude
units: degrees_east
bounds: lon_bnds
axis: X
valid_min: 0
valid_max: 360
nv Size:2
26 global attributes:
cdm_data_type: Grid
title: DT merged Global Ocean Gridded Geostrophic Velocities
SSALTO/Duacs L4 product
summary: This dataset contains Delayed Time Level-4 geostrophic
velocities products from multi-satellite observations over Global Ocean.
comment: Surface product; Geostrophic Velocities referenced to the
[1993, 2012] period
time_coverage_resolution: P1D
product_version: 5.0
institution: CNES, CLS
project: SSALTO/DUACS
references: www.aviso.altimetry.fr
contact: aviso en altimetry.fr
license:
http://www.aviso.altimetry.fr/fileadmin/documents/data/License_Aviso.pdf
platform: Envisat, Geosat Follow On, Jason-1
date_created: 2014-02-27 20:27:23
history: 2014-02-27 20:27:23:creation
Conventions: CF-1.6
standard_name_vocabulary:
http://cf-pcmdi.llnl.gov/documents/cf-standard-names/standard-name-table/12/cf-standard-name-table.html
geospatial_lat_min: -90
geospatial_lat_max: 90
geospatial_lon_min: 0
geospatial_lon_max: 360
geospatial_vertical_min: 0.0
geospatial_vertical_max: 0.0
geospatial_lat_units: degrees_north
geospatial_lon_units: degrees_east
geospatial_lat_resolution: 0.25
geospatial_lon_resolution: 0.25
## creamos un vector con todos los archivos abiertos en el environment:
names = ls(pattern='gc')
## Intento de unión con la función transNcdfMerge:
Geo_cur <- transNcdfMerge(names, path.target = DataDir)
Error in convertDateNcdf2R(fileT) : File gc1 is not existent!
## Intento de unión con la función aggregateNcdf:
Geo_cur_1 <- aggregateNcdf(names, path.out = DataDir, period=1)
Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) : character
string expected as first argument
Espero que podaís ayudarme, muchísimas gracias y feliz año!
*-----------------------------------------------------------------------------------------------------*
*Isabel García Barón*
Email: xanamb en gmail.com
PhD Student at AZTI Foundation - AZTI Fundazioa
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Herrera Kaia, Portualdea z/g 20110 - Pasaia (Gipuzkoa)
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