[R-es] Unir archivos netCDF

[Isa García Barón]

Buenos días lista,

Lo que quiero es unir archivos netCDF. Tengo varios archivos con las mismas
características, pero de días consecutivos y me gustaría unir todos.

He probado con las funciones "transNcdfMerge" y "aggregateNcdf", ambas del
paquete ncdf.tools. Con ninguna de las dos he conseguido nada, a
continuación os copio el script que he escrito hasta el momento:

setwd(DataDir_geo_cur)

## lista con todos los archivo netCDF contenido en el directorio:
files = list.files(DataDir_geo_cur,pattern='*.nc',full.names=TRUE)

## leemos todos los archivos:
for(i in seq_along(files)) {
  assign(paste0("gc",i),nc_open(files[i]))
}

# ejemplo de uno de los archivos
gc1

File C:/use/dt_global_allsat_msla_uv_20070905_20140106.nc
(NC_FORMAT_CLASSIC):

     5 variables (excluding dimension variables):
        float lat_bnds[nv,lat]
        float lon_bnds[nv,lon]
        int crs[]
            grid_mapping_name: latitude_longitude
            semi_major_axis: 6371000
            inverse_flattening: 0
        int u[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: zonal component
            standard_name:
surface_eastward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04
        int v[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: meridian component
            standard_name:
surface_northward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04

     4 dimensions:
        time  Size:1
            long_name: Time
            standard_name: time
            units: days since 1950-01-01 00:00:00 UTC
            calendar: julian
            axis: T
        lat  Size:720
            long_name: Latitude
            standard_name: latitude
            units: degrees_north
            bounds: lat_bnds
            axis: Y
            valid_min: -90
            valid_max: 90
        lon  Size:1440
            long_name: Longitude
            standard_name: longitude
            units: degrees_east
            bounds: lon_bnds
            axis: X
            valid_min: 0
            valid_max: 360
        nv  Size:2

    26 global attributes:
        cdm_data_type: Grid
        title: DT merged Global Ocean Gridded Geostrophic Velocities
SSALTO/Duacs L4 product
        summary: This dataset contains Delayed Time Level-4 geostrophic
velocities products from multi-satellite observations over Global Ocean.
        comment: Surface product; Geostrophic Velocities referenced to the
[1993, 2012] period
        time_coverage_resolution: P1D
        product_version: 5.0
        institution: CNES, CLS
        project: SSALTO/DUACS
        references: www.aviso.altimetry.fr
        contact: aviso en altimetry.fr
        license:
http://www.aviso.altimetry.fr/fileadmin/documents/data/License_Aviso.pdf
        platform: Envisat, Geosat Follow On, Jason-1
        date_created: 2014-02-27 20:27:23
        history: 2014-02-27 20:27:23:creation
        Conventions: CF-1.6
        standard_name_vocabulary:
http://cf-pcmdi.llnl.gov/documents/cf-standard-names/standard-name-table/12/cf-standard-name-table.html
        geospatial_lat_min: -90
        geospatial_lat_max: 90
        geospatial_lon_min: 0
        geospatial_lon_max: 360
        geospatial_vertical_min: 0.0
        geospatial_vertical_max: 0.0
        geospatial_lat_units: degrees_north
        geospatial_lon_units: degrees_east
        geospatial_lat_resolution: 0.25
        geospatial_lon_resolution: 0.25

## creamos un vector con todos los archivos abiertos en el environment:
names = ls(pattern='gc')

## Intento de unión con la función transNcdfMerge:
Geo_cur <- transNcdfMerge(names, path.target = DataDir)

Error in convertDateNcdf2R(fileT) : File gc1 is not existent!

## Intento de unión con la función aggregateNcdf:
Geo_cur_1 <- aggregateNcdf(names, path.out = DataDir, period=1)

Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) : character
string expected as first argument

Espero que podaís ayudarme, muchísimas gracias y feliz año!

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*Isabel García Barón*
Email: xanamb en gmail.com
PhD Student at AZTI Foundation -  AZTI Fundazioa
Marine Ecosystems Functioning
Herrera Kaia, Portualdea z/g 20110 - Pasaia (Gipuzkoa)

	[[alternative HTML version deleted]]