[R-es] igraph o network

[Javier Rubén Marcuzzi]

Estimados, estoy “jugando” con unos datos clínicos donde realizo un análisis de redes, utilicé igraph como nerwork, pero finalmente uso igraph (creo que tiene más opciónes).

Son algo de 200 nodos y algo más de 2000 relaciones. Puedo graficarlos.

Los datos están de la siguiente forma, por ejemplo, individuo, patología, (las dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo farmacológico, el grupo de patología, etc.

Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, fastgreedy.community(datos)  dice algo como

Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, fast_community.c:538: detection works for undirected graph only.

¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1, lógicamente hay varias patología como infecciones que pertenecen al grupo infecciones, (en los nodos y vértices esto aparece “contado” en forma correcta.

Me da la impresión de un error al preparar los datos, algo que inicialmente puede procesar pero que al profundizar salta el error. ¿Alguna sugerencia?

Otra pregunta, ¿Qué prefieren, igraph o network? Creo que igraph tiene más opciones, pero … con algo de trabajo básicamente se puede realizar lo mismo.

Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario

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