[R-es] Usar una matriz sparse desde python a R

Carlos J. Gil Bellosta cgb en datanalytics.com
Jue Abr 23 18:00:14 CEST 2015


Hola, ¿qué tal?

Puedes probar a exportar tu objeto "sparse" en Python a alguno de los
formatos que acepta el paquete Matrix de R:

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/Matrix/html/externalFormats.html

Puedes exportar desde Python como dice en

https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/io.html

y luego leer el fichero desde R como en el primer enlace.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com


El día 23 de abril de 2015, 17:51, Pedro Concejero Cerezo
<pedro.concejerocerezo en telefonica.com> escribió:
> Hola erreros
> Estoy rizando el rizo con esto de las matrices sparse y he encontrado la forma de hacerlo en python, que va rapidísimo. Por tanto tengo una matriz sparse en un objeto python con esta info:
>  <138493x26744 sparse matrix of type '<type 'numpy.int64'>
>
> Quiero hacer lo mismo con R pero me he topado con la lentitud de los bucles para rellenar la sparse (también por mi supina ignorancia de los apply y de su versión paralela mcmapply; o la que sea) y tengo prisa. Me pregunto si es posible pasar más o menos directamente de python a R (nada de pasar a texto el objeto, porque eso me lleva al mismo punto de llenar la sparse en R).
>
> He probado rPython (gracias Carlos Gil por esta librería!) pero suelta este error
>     raise TypeError(repr(o) + " is not JSON serializable")
> TypeError: <138493x26744 sparse matrix of type '<type 'numpy.int64'>'
>     with 19761138 stored elements in LInked List format> is not JSON serializable
>
> ¿Hay alguna otra posibilidad?
> Gracias!
> --
> Pedro Concejero
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