[R-es] Usar una matriz sparse desde python a R

[javier.ruben.marcuzzi en gmail.com]

Estimado Pedro Concejero Cerezo


¿Qué usa de R para sparse matrix? Me llama la atención que funcione lento, se me ocurre en un error al escribir su código R y no de R en si mismo, aunque puedo estar muy errado.


Javier Rubén Marcuzzi 






Enviado desde Correo de Windows





De: pedro.concejerocerezo en telefonica.com
Enviado el: ‎jueves‎, ‎23‎ de ‎abril‎ de ‎2015 ‎12‎:‎51‎ ‎p.m.
Para: R-help-es en r-project.org





Hola erreros
Estoy rizando el rizo con esto de las matrices sparse y he encontrado la forma de hacerlo en python, que va rapidísimo. Por tanto tengo una matriz sparse en un objeto python con esta info:
 <138493x26744 sparse matrix of type '<type 'numpy.int64'>

Quiero hacer lo mismo con R pero me he topado con la lentitud de los bucles para rellenar la sparse (también por mi supina ignorancia de los apply y de su versión paralela mcmapply; o la que sea) y tengo prisa. Me pregunto si es posible pasar más o menos directamente de python a R (nada de pasar a texto el objeto, porque eso me lleva al mismo punto de llenar la sparse en R).

He probado rPython (gracias Carlos Gil por esta librería!) pero suelta este error
    raise TypeError(repr(o) + " is not JSON serializable")
TypeError: <138493x26744 sparse matrix of type '<type 'numpy.int64'>'
    with 19761138 stored elements in LInked List format> is not JSON serializable

¿Hay alguna otra posibilidad?
Gracias!
--
Pedro Concejero
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