[R-es] Warnings en GLMM (lme4)

[Freddy Omar López Quintero]

Hola Javier. Talvez peque de obvio, pero tu problema no es exactamente
del software sino del modelo. El mensaje es claro: casi no es
identificable. Puedes aumentar el número de iteraciones para ver si
este modelo específico converge felizmente (no sé si tenga esta opción
la función).

Lo que yo, externamente, sospecho, es que el modelo tiene muchos
efectos aleatorios (año, nido, hembra, macho) y posiblemente una gran
cantidad de interacciones. Considera correr un modelo con un
intercepto aleatorio primero y observa si obtienes warnings por
convergencia. Eso te dará ideas del problema.

¡Salud!

On 10/19/14, javier bueno enciso <jbuenoenciso en hotmail.com> wrote:
> Hola,
> Soy nuevo manejando R y no tengo mucha experiencia. Estoy intentando modelar
> una función que me relacione el nº de cebas (nº de presas que los padres
> traen a los pollos) con el tamaño de parche de un bosque (factor categórico;
> 2 niveles= grande y pequeño). Al ser un conteo (nº de cebas) he pensado
> utilizar familia= poisson con link= logarítmico. He construido un GLMM con:
> Nº de cebas (variable respuesta), Duración del video (esfuerzo de muestreo:
> 60, 50 y 45 minutos) como una offset en el modelo (transformándola
> previamente por el logaritmo). Tamaño de parche, factor explicativo, Nº de
> pollos y fecha de puesta covariables. Además he incluido como random el año
> de estudio (3 años), el ID del nido anidado dentro del ID de cada parche
> (tengo varios parches, grandes y pequeños) y la identidad del padre y de la
> madre también como rándom, puesto que se pueden repetir entre años. La
> estructura de mi modelo es la siguiente:
> #paquete(lme4), mi versión de R es la 3.1.1.
>
> m1<- glmer(ncebas~offset(LogDur_video)+ TamañoParche*Ldate*Csize+(1|YEAR) +
> (1|Bosque/nideo)+ (1|Hembra) + (1|Macho), data=Cebas,
> family=poisson(link=log)) #con todas las variables e interacciones posibles
> para que sirva como referencia a la hora de la selección del modelo final.
>
> El modelo me funciona, sin embargo me aparecen unos warnings que no sé a que
> se deben ni la importancia real en el cáculo de mi modelo. Mi pregunta es si
> alguien en el foro sabe  porqué aparecen y como solucionarlos. Los warnings
> son:
>
> Warning messages:
> 1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
>   Model failed to converge with max|grad| = 0.00431561 (tol = 0.001,
> component 7)
> 2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
>   Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue
>  - Rescale variables?;Model is nearly unidentifiable: large eigenvalue
> ratio
>  - Rescale variables?
> Muchas gracias, atentamente,
> Javier
>  		 	   		
> 	[[alternative HTML version deleted]]
>
>


-- 
«No soy aquellas sombras tutelares
que honré con versos que no olvida el tiempo.»

JL Borges