[R-es] p values con LMER
Jose Luis Cañadas Reche
canadasreche en gmail.com
Vie Jun 13 15:06:04 CEST 2014
También puedes utilizar la función lme del paquete nlme que si da los
p-valores
El 13/06/14 14:56, Miguel Lázaro escribió:
> Sí, en efecto, aunque es muy extraño porque lo ahbía mirado. Me faltaba unas comillas.
> Ahora lo veo ahí bien claro.
>
> Como decís hay una enorme discusión sobre esto de los valores y supongo que si no los dan directamente en lmer será porque decidieron no hacerlo. En todo caso el tema de pvals.fnc, para lo que usamos la estadística a nivel usuario, estaba fenomenal.
> Utilizo el procedimiento que me habéis mostrado y quedo a la expectativa de que vuelva a estar disponible, o algo similar, lo anterior.
>
> ¡muchas gracias!
>
> Miguel
>
>
> --------------------------------------------
> El vie, 13/6/14, José Luis Cañadas <canadasreche en gmail.com> escribió:
>
> Asunto: Re: [R-es] p values con LMER
> Para: "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com>
> CC: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es>, "r-help-es" <r-help-es en r-project.org>
> Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:05
>
> Existe
> discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos.
> Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es
> comparar modelos mediante la función anova. Por Internet
> se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en
> español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela,
> enfocado hacia ecología, pero está muy bien
>
> El 13/06/2014 14:00,
> "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com>
> escribió:
>
> Hola Miguel,
>
>
>
>
>
> 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>:
>
>
>
> > Hola Manuel
>
> > lo he tratado de hacer pero me sale
>
> >
>
> > Error: unexpected string constante in:
>
> >
>
>
>
>
>
> Creo que te falto una "
>
>
>
>
>
> >
>
> > "anova(a,as,test=Chisq")
>
> >
>
> ^^^^^^^^^^^^^
>
> debe ser
>
> anova(a,
> as, test = "Chisq")
>
>
>
> Saludos,
>
> Jorge.-
>
>
>
>
>
>
>
> >
>
> > no tengo ni idea de por qué...
>
> >
>
> > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc.
> ¿Será imposible
>
> > hacerse con ello?
>
> >
>
> > Saludos,
>
> > Miguel
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > --------------------------------------------
>
> > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com>
> escribió:
>
> >
>
> > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER
>
> > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es>
>
> > CC: r-help-es en r-project.org
>
> > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Hola Miguel,
>
> >
>
> >
>
> > Aunque algo más arduo que
>
> > algún paquete que lo calcule
>
> > directamente, yo lo que hago es crear un modelo
> reducido sin
>
> > la variable de la
>
> > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un
> test
>
> > anova. El valor
>
> > obtenido por esta comparación puede utilizarse con
> el
>
> > pvalor de esa variable.
>
> >
>
> >
>
> > Por ejemplo:
>
> >
>
> > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln *
>
> > Z_nsize * frebase_ln + (1|word),
>
> > data = x)
>
> >
>
> > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize
>
> > * frebase_ln + (1|word), data =
>
> > x)
>
> >
>
> > anova(Lm1,Lm2,
>
> > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de
>
> > la variable "fre_ln"
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln *
>
> > frebase_ln + (1|word), data = x)
>
> >
>
> > anova(Lm1,Lm3,
>
> > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de
>
> > la variable " Z_nsize"
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Espero que te sea de
>
> > utilidad,
>
> >
>
> > Un saludo
>
> >
>
> > Manuel
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > El 13 de junio de 2014,
>
> > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>
>
> > escribió:
>
> >
>
> > Hola
>
> > a todos,
>
> >
>
> > quería preguntaros un medio para obtener los valores
> p
>
> > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que
> me
>
> > habían recomendado, pero por algún motivo no está
> ya
>
> > disponible etc.
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Ésta es la función que tengo, pero da las
> "t",
>
> > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores
> por
>
> > encima de 2 son significativos necesito saber las
> p.
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize *
> frebase_ln +
>
> > (1|word) data = x) (abreviado)
>
> >
>
> > = print (resultado, c=F)
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Fixed effects:
>
> >
>
> > Estimate Std. Error t
> value
>
> >
>
> > (Intercept) 6.640496 0.034490
> 192.54
>
> >
>
> > fre_ln -0.046880 0.008278
> -5.66
>
> >
>
> > Z_nsize 0.005787 0.008849
> 0.65
>
> >
>
> > frebase_ln -0.009938 0.006670
> -1.49
>
> >
>
> > Z_wlength 14.239570 20.102536
> 0.71
>
> >
>
> > Z_slength 0.011011 0.006692
> 1.65
>
> >
>
> > Z_TF 0.009903 0.008801
> 1.13
>
> >
>
> > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56
>
> >
>
> > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71
>
> >
>
> > Zaverageres_1 0.018265 0.009195
> 1.99
>
> >
>
> > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71
>
> >
>
> >
>
> >
>
> >
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Saludos,
>
> >
>
> >
>
> >
>
> > Miguel
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