[R-es] p values con LMER
Marcelino de la Cruz
marcelino.delacruz en upm.es
Vie Jun 13 14:13:51 CEST 2014
Para obtener el pvalue de un t-test, lo que puedes hacer es
(1-pt(abs(tval), df=dftval))*2
donde "tval" es el valor de tu estadístico t (el que te sale en el
summary) y "dftval" son los grados de libertad del test.
La discusión sobre los p-valores en los modelos mixtos tiene que ver con
cómo estimar adecuadamente los grados de libertad. Una vez decidas
cuántos grados de libertad tienes, ya lo tienes solucionado ... ;-)
Saludos,
Marcelino
El 13/06/2014 14:05, José Luis Cañadas escribió:
> Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se
> ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la
> función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas
> Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado
> hacia ecologÃa, pero está muy bien
> El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:
>
>> Hola Miguel,
>>
>>
>> 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>:
>>
>>> Hola Manuel
>>> lo he tratado de hacer pero me sale
>>>
>>> Error: unexpected string constante in:
>>>
>>
>>
>> Creo que te falto una "
>>
>>
>>>
>>> "anova(a,as,test=Chisq")
>>>
>> ^^^^^^^^^^^^^
>> debe ser
>> anova(a, as, test = "Chisq")
>>
>> Saludos,
>> Jorge.-
>>
>>
>>
>>>
>>> no tengo ni idea de por qué...
>>>
>>> Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible
>>> hacerse con ello?
>>>
>>> Saludos,
>>> Miguel
>>>
>>>
>>>
>>> --------------------------------------------
>>> El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió:
>>>
>>> Asunto: Re: [R-es] p values con LMER
>>> Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es>
>>> CC: r-help-es en r-project.org
>>> Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21
>>>
>>>
>>>
>>> Hola Miguel,
>>>
>>>
>>> Aunque algo más arduo que
>>> algún paquete que lo calcule
>>> directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin
>>> la variable de la
>>> que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test
>>> anova. El valor
>>> obtenido por esta comparación puede utilizarse con el
>>> pvalor de esa variable.
>>>
>>>
>>> Por ejemplo:
>>>
>>> Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln *
>>> Z_nsize * frebase_ln + (1|word),
>>> data = x)
>>>
>>> Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize
>>> * frebase_ln + (1|word), data =
>>> x)
>>>
>>> anova(Lm1,Lm2,
>>> test="Chisq") #Obtiens el pvalor de
>>> la variable "fre_ln"
>>>
>>>
>>>
>>> Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln *
>>> frebase_ln + (1|word), data = x)
>>>
>>> anova(Lm1,Lm3,
>>> test="Chisq") #Obtiens el pvalor de
>>> la variable " Z_nsize"
>>>
>>>
>>>
>>> Espero que te sea de
>>> utilidad,
>>>
>>> Un saludo
>>>
>>> Manuel
>>>
>>>
>>>
>>> El 13 de junio de 2014,
>>> 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>
>>> escribió:
>>>
>>> Hola
>>> a todos,
>>>
>>> querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p
>>> usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me
>>> habÃan recomendado, pero por algún motivo no está ya
>>> disponible etc.
>>>
>>>
>>>
>>> Ésta es la función que tengo, pero da las "t",
>>> sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por
>>> encima de 2 son significativos necesito saber las p.
>>>
>>>
>>>
>>> resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln +
>>> (1|word) data = x) (abreviado)
>>>
>>> = print (resultado, c=F)
>>>
>>>
>>>
>>> Fixed effects:
>>>
>>> Estimate Std. Error t value
>>>
>>> (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54
>>>
>>> fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66
>>>
>>> Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65
>>>
>>> frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49
>>>
>>> Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71
>>>
>>> Z_slength 0.011011 0.006692 1.65
>>>
>>> Z_TF 0.009903 0.008801 1.13
>>>
>>> Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56
>>>
>>> Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71
>>>
>>> Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99
>>>
>>> Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> Saludos,
>>>
>>>
>>>
>>> Miguel
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>>
>>> R-help-es mailing list
>>>
>>> R-help-es en r-project.org
>>>
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es en r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
Más información sobre la lista de distribución R-help-es