[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu

Jose Luis Cañadas Reche canadasreche en gmail.com
Vie Ago 15 19:47:33 CEST 2014 

Hola.

Yo acabo de tener problemas al instalar rJava. Pongo la solución que a 
mi me ha funcionado.

Si tenemos varios jdk instalados elegir openjdk . Yo tengo instalado 
también el de oracle.


sudo update-alternatives --config java

  Selección Ruta                                            Prioridad  
Estado
------------------------------------------------------------
   0 /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java          1074      modo 
automático
* 1 /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/bin/java   1071      modo manual
   2 /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java          1074      modo manual


|Luego reconfigurar java en R con

sudo R CMD javareconf

Y por último instalar rJava dentro de R con

install.packages("rJava")

Y ya puedes instalar por ejemplo el paquete xlsx que funciona bastante bien para leer ficheros excel.
Permite seleccionar hojas del libro y un rango de celdas.

install.packages("xlsx",dep=TRUE)


Espero que te sirva
|


El 15/08/14 a las #4, daniel escribió:
> Miguel,
>
> Me parece que el problema esta en rJava, intenta:
>
> sudo apt-get install r-cran-rJava
>
> Si te da error dinos que dice.
>
> Suerte,
>
> Daniel
>
>
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 10:46, "Marcuzzi, Javier Rubén" <
> javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
>
>> Estimado Miguel
>>
>> Entiendo su postura, una ayuda es desde el paquete Rcmdr, datos, importar,
>> seleccionar el archivo xls y se escribe todo solo, lueogo puede copiar y
>> pegar la parte del código relacionado a la importación, a un archivo R y
>> listo, pero ..., creo que solo funciona correctamente en windows (tendría
>> que intentarlo a la fecha de hoy).
>>
>> Javier Marcuzzi
>>
>>
>> El 15/08/2014 04:29 a.m., Miguel Fiandor Gutiérrez escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera
>>> de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de
>>> xls
>>> a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>>>
>>> @jorge ->
>>>
>>> Con RODBC me salta ->
>>>
>>> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>>>
>>> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>>> <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-
>>> from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
>>> Con gdata ->
>>>
>>> Unable to open file
>>> '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/
>>> xls/madrid.xls'.Error
>>> in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method,  :
>>>     Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In
>>> addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl'
>>>
>>> Con XLConnect ->
>>>
>>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install
>>> itERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’* removing
>>> ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’Warning
>>> in install.packages :
>>>     installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit
>>> statusERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package
>>> ‘XLConnect’* removing
>>> ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’Warning in
>>> install.packages :
>>>     installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status
>>>
>>> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx
>>> ->
>>>
>>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install
>>> itERROR: lazy loading failed for package ‘xlsxjars’* removing
>>> ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’Warning in
>>> install.packages :
>>>     installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit statusERROR:
>>> dependency ‘xlsxjars’ is not available for package ‘xlsx’* removing
>>> ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx’Warning in
>>> install.packages :
>>>     installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status
>>>
>>> ================================= Viendo que el problema parecía java +
>>> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
>>> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
>>> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
>>> compile a JNI program
>>>
>>>
>>> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>>> escribió:
>>>
>>>   Hola Miguel,
>>>> A que te refieres con "y nada"?  Obtienes algun error?  Algun mensaje?
>>>>    Has probado con scan() y/o readLines()?
>>>>
>>>> Saludos,
>>>> Jorge.-
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>>
>>>>   Hola,
>>>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos
>>>>> con
>>>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
>>>>> funcionar.
>>>>>
>>>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>>>>> paquetes
>>>>> y nada:
>>>>>
>>>>> require(RODBC)
>>>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel
>>>>> file
>>>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
>>>>> (alternative
>>>>> SQL sintax)
>>>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>>>
>>>>> require(gdata)
>>>>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>>> df = read.xls (xlsfile)
>>>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>>>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>>>
>>>>> require(xlsx)
>>>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>>>>
>>>>> library(XLConnect)
>>>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>>>
>>>>> --
>>>>>
>>>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml
>>>>> por dentro:
>>>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>>>
>>>>>
>>>>> -- ejemplo del fichero:
>>>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>>>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>>>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
>>>>> instalacion</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>>>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia
>>>>> nominal
>>>>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>>>> FOTOVOLTAICA
>>>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>>>> ...
>>>>>
>>>>>
>>>>> Gracias de antemano.
>>>>>
>>>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación
>>>>> Shiny,
>>>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
>>>>> servidor?
>>>>>
>>>>>
>>>>> Miguel
>>>>>
>>>>>           [[alternative HTML version deleted]]
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