[R-es] Pedigreemm
Marcuzzi, Javier Ruben
javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
Mar Mar 12 17:41:27 CET 2013
Estimado Felipe Vargas
Si quieres probar distintas formas de pedigree, con pedigreemm, estos
datos son pocos pero válidos como para intentar "jugar" y ver que pasa
al extraer los valores genéticos.
require(stats); require(graphics)
boxplot(weight ~ feed, data = chickwts, col = "lightgray",
varwidth = TRUE, notch = TRUE, main = "chickwt data",
ylab = "Weight at six weeks (gm)")
anova(fm1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts))
Javier Marcuzzi
On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> Claro estimado Javier, no hay problema. Me basaré en un ejemplo del
> libro de Mrode y enviaré un detalle del mismo. Saludos
>
> Felipe
>
> El 11 de marzo de 2013 22:15, Marcuzzi, Javier Ruben
> <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
> Estimado Felipe
>
> Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un
> pedigree con
> cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y
> corra
> pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para
> prestarle
> atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen
> los
> resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para
> aprender.
>
> En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las
> tengo en otro
> sistema y tendría que acomodarlas como para enviarlas.
>
> Javier
>
>
> On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> > Me parece que esta bien el label, de todos modos lo
> volveré a
> > revisar. Gracias igual por tu aporte y comentarios Javier.
> >
> > He intentado comunicarme con la autora, pero no he tenido
> suerte
> > aún. Saludos
> >
> > Felipe
> >
> > El 11 de marzo de 2013 17:40, Marcuzzi, Javier Ruben
> > <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
> > Estimado Felipe
> >
> > En:
> > (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos,
> > pedigree=list(TREE_ID=PED2)
> >
> > Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID,
> porque al
> > ver:
> > str(PED2)
> > Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with
> 3 slots
> > ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> NA ...
> > ..@ dam : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> NA ...
> > ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16"
> "C20" ...
> >
> >
> > Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre
> TREE_ID y
> > label.
> >
> > Aunque lo que usted menciona parece correcto.
> >
> > Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella
> podría
> > ayudarlo mucho
> > más que yo.
> >
> > Javier Marcuzzi
> >
> > On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas
> Reeve wrote:
> > > tonces sólo obtengo los valores genéticos de los
> TREE_ID de
> > la
> > > progenie y no vienen las predicciones de los
> parentales, los
> > 3725, son
> > > los individuos sin repeticiones en mi data
> primaria de 3882
> > TREE_I
> >
> >
> >
>
>
>
>
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