[R-es] Pedigreemm

[Marcuzzi, Javier Ruben]

Estimado Felipe Vargas

Si quieres probar distintas formas de pedigree, con pedigreemm, estos
datos son pocos pero válidos como para intentar "jugar" y ver que pasa
al extraer los valores genéticos.

require(stats); require(graphics)
boxplot(weight ~ feed, data = chickwts, col = "lightgray",
    varwidth = TRUE, notch = TRUE, main = "chickwt data",
    ylab = "Weight at six weeks (gm)")
anova(fm1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts))

Javier Marcuzzi

On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
>    Claro estimado Javier, no hay problema. Me basaré en un ejemplo del
> libro de Mrode y enviaré un detalle del mismo. Saludos
> 
> Felipe
> 
> El 11 de marzo de 2013 22:15, Marcuzzi, Javier Ruben
> <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
>         Estimado Felipe
>         
>         Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un
>         pedigree con
>         cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y
>         corra
>         pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para
>         prestarle
>         atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen
>         los
>         resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para
>         aprender.
>         
>         En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las
>         tengo en otro
>         sistema y tendría que acomodarlas como para enviarlas.
>         
>         Javier
>         
>         
>         On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
>         >    Me parece que esta bien el label, de todos modos lo
>         volveré a
>         > revisar. Gracias igual por tu aporte y comentarios Javier.
>         >
>         >    He intentado comunicarme con la autora, pero no he tenido
>         suerte
>         > aún. Saludos
>         >
>         > Felipe
>         >
>         > El 11 de marzo de 2013 17:40, Marcuzzi, Javier Ruben
>         > <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
>         >         Estimado Felipe
>         >
>         >         En:
>         >          (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos,
>         >         pedigree=list(TREE_ID=PED2)
>         >
>         >         Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID,
>         porque al
>         >         ver:
>         >         str(PED2)
>         >         Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with
>         3 slots
>         >           ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
>         NA ...
>         >           ..@ dam  : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
>         NA ...
>         >           ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16"
>         "C20" ...
>         >
>         >
>         >         Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre
>         TREE_ID y
>         >         label.
>         >
>         >         Aunque lo que usted menciona parece correcto.
>         >
>         >         Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella
>         podría
>         >         ayudarlo mucho
>         >         más que yo.
>         >
>         >         Javier Marcuzzi
>         >
>         >         On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas
>         Reeve wrote:
>         >         > tonces sólo obtengo los valores genéticos de los
>         TREE_ID de
>         >         la
>         >         > progenie y no vienen las predicciones de los
>         parentales, los
>         >         3725, son
>         >         > los individuos sin repeticiones en mi data
>         primaria de 3882
>         >         TREE_I
>         >
>         >
>         >
>         
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>         
>