[R-es] Pedigreemm

[Marcuzzi, Javier Ruben]

Estimado Felipe

Si pero no, yo en una oportunidad pase por eso, los resultados son nada
que ver por una cuestion de escalas, técnicamente hay diferencias al ser
muy pocos datos (aunque es muy buen libro). Entiendo que al aumentar los
números el algoritmo funciona mejor (o como los ejemplos del libro).

Pero si para copiar o crear un pedigree como los de ese libro, no se
preocupe por los números, van a dar cualqier cosa, si lo desea puede
utilizar algo como:

fenotipo <- c(10,20,30,20,10,23 ..)
efecto <-c(3,4,5,4,3 ....)
individuo <- c(1,2,3,4..)

El pedigree y, primero correr lme4 por las dudas si hay problemas de
convergencia, luego pedigreem y cuándo mira los resultados con
ranef()busca si aparecen los individuos que están en el pedigree pero
que no tienen mediciones de fenotipo, sin embargo su valor es estimado.
Es solo para probar que no hay problemas de software o algo que se paso
por alto.

Javier

On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
>    Claro estimado Javier, no hay problema. Me basaré en un ejemplo del
> libro de Mrode y enviaré un detalle del mismo. Saludos
> 
> Felipe
> 
> El 11 de marzo de 2013 22:15, Marcuzzi, Javier Ruben
> <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
>         Estimado Felipe
>         
>         Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un
>         pedigree con
>         cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y
>         corra
>         pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para
>         prestarle
>         atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen
>         los
>         resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para
>         aprender.
>         
>         En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las
>         tengo en otro
>         sistema y tendría que acomodarlas como para enviarlas.
>         
>         Javier
>         
>         
>         On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
>         >    Me parece que esta bien el label, de todos modos lo
>         volveré a
>         > revisar. Gracias igual por tu aporte y comentarios Javier.
>         >
>         >    He intentado comunicarme con la autora, pero no he tenido
>         suerte
>         > aún. Saludos
>         >
>         > Felipe
>         >
>         > El 11 de marzo de 2013 17:40, Marcuzzi, Javier Ruben
>         > <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
>         >         Estimado Felipe
>         >
>         >         En:
>         >          (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos,
>         >         pedigree=list(TREE_ID=PED2)
>         >
>         >         Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID,
>         porque al
>         >         ver:
>         >         str(PED2)
>         >         Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with
>         3 slots
>         >           ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
>         NA ...
>         >           ..@ dam  : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
>         NA ...
>         >           ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16"
>         "C20" ...
>         >
>         >
>         >         Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre
>         TREE_ID y
>         >         label.
>         >
>         >         Aunque lo que usted menciona parece correcto.
>         >
>         >         Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella
>         podría
>         >         ayudarlo mucho
>         >         más que yo.
>         >
>         >         Javier Marcuzzi
>         >
>         >         On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas
>         Reeve wrote:
>         >         > tonces sólo obtengo los valores genéticos de los
>         TREE_ID de
>         >         la
>         >         > progenie y no vienen las predicciones de los
>         parentales, los
>         >         3725, son
>         >         > los individuos sin repeticiones en mi data
>         primaria de 3882
>         >         TREE_I
>         >
>         >
>         >
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