[R-es] Análisis PCA

[Ana Rosa Cortazar]

Buenos días a todos,

Estoy llevando a cabo un análisis PCA para un proyecto de fin de master y me
encuentro atascada. Consigo llevar a cabo digo análisis y obtengo el
screeplot correspondiente (adjunto al mensaje) en el que se ven las
diferencias entre los dos grupos de datos (genes improntados y no
improntados respectivamente) en función de si son improntados o no (con ello
se vé claramente cómo afecta la PC1 a los resultados porque tengo esos dos
grupos claramente diferenciados a ambos lados del eje Y). El problema que me
encuentro es que he de buscar algún subgrupo dentro de estos datos (debido a
la PC2) y mostrarlo gráficamente pero no sé como hacerlo.

El código que llevo a cabo es el siguiente:

 > prcomp(genesNormalizados[9:12])

Standard deviations:

[1] 1.5625489 0.9081340 0.8302286 0.2108412


 Rotation:

PC1 PC2 PC3 PC4

bpNormalizado -0.5911346 0.3843897 0.06367693 0.70622212

islasNormalizado -0.5875981 0.3965476 -0.08979227 -0.69958259

simpleNormalizado -0.3935477 -0.5693253 0.71687078 -0.08417327

tandemNormalizado -0.3878254 -0.6089854 -0.68846124 0.06891572

 > summary(prcomp(genesNormalizados[9:12]))

Importance of components:

PC1 PC2 PC3 PC4

Standard deviation 1.5625 0.9081 0.8302 0.21084

Proportion of Variance 0.6104 0.2062 0.1723 0.01111

Cumulative Proportion 0.6104 0.8166 0.9889 1.00000

> plot(genes.pca$scores[, 1], genes.pca$scores[, 2], col = c("blue",
"red")[unclass(genesNormalizados$Improntados)],  pch = c(17, 18))


¿Alguna sugerencia? Muchas gracias a todos por adelantado.

Un saludo

Ana Rosa Cortazar.
------------ próxima parte ------------
Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20110705/c910cf2a/attachment-0001.html>
------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: captura.png
Type: image/png
Size: 20145 bytes
Desc: no disponible
URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20110705/c910cf2a/attachment-0001.png>