[R-es] Análisis PCA
Ana Rosa Cortazar
anarokin en gmail.com
Mar Jul 5 14:45:35 CEST 2011
Buenos días a todos,
Estoy llevando a cabo un análisis PCA para un proyecto de fin de master y me
encuentro atascada. Consigo llevar a cabo digo análisis y obtengo el
screeplot correspondiente (adjunto al mensaje) en el que se ven las
diferencias entre los dos grupos de datos (genes improntados y no
improntados respectivamente) en función de si son improntados o no (con ello
se vé claramente cómo afecta la PC1 a los resultados porque tengo esos dos
grupos claramente diferenciados a ambos lados del eje Y). El problema que me
encuentro es que he de buscar algún subgrupo dentro de estos datos (debido a
la PC2) y mostrarlo gráficamente pero no sé como hacerlo.
El código que llevo a cabo es el siguiente:
> prcomp(genesNormalizados[9:12])
Standard deviations:
[1] 1.5625489 0.9081340 0.8302286 0.2108412
Rotation:
PC1 PC2 PC3 PC4
bpNormalizado -0.5911346 0.3843897 0.06367693 0.70622212
islasNormalizado -0.5875981 0.3965476 -0.08979227 -0.69958259
simpleNormalizado -0.3935477 -0.5693253 0.71687078 -0.08417327
tandemNormalizado -0.3878254 -0.6089854 -0.68846124 0.06891572
> summary(prcomp(genesNormalizados[9:12]))
Importance of components:
PC1 PC2 PC3 PC4
Standard deviation 1.5625 0.9081 0.8302 0.21084
Proportion of Variance 0.6104 0.2062 0.1723 0.01111
Cumulative Proportion 0.6104 0.8166 0.9889 1.00000
> plot(genes.pca$scores[, 1], genes.pca$scores[, 2], col = c("blue",
"red")[unclass(genesNormalizados$Improntados)], pch = c(17, 18))
¿Alguna sugerencia? Muchas gracias a todos por adelantado.
Un saludo
Ana Rosa Cortazar.
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