Buenos días a todos, <br><br>Estoy llevando a cabo un análisis PCA para un proyecto de fin de master y me encuentro atascada. Consigo llevar a cabo digo análisis y obtengo el screeplot correspondiente (adjunto al mensaje) en el que se ven las diferencias entre los dos grupos de datos (genes improntados y no improntados respectivamente) en función de si son improntados o no (con ello se vé claramente cómo afecta la PC1 a los resultados porque tengo esos dos grupos claramente diferenciados a ambos lados del eje Y). El problema que me encuentro es que he de buscar algún subgrupo dentro de estos datos (debido a la PC2) y mostrarlo gráficamente pero no sé como hacerlo.<br>

<br>El código que llevo a cabo es el siguiente:<br><br>

        <style type="text/css">

        <!--

                @page { margin: 2cm }

                P { margin-bottom: 0.21cm }

        -->

        </style>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">>

prcomp(genesNormalizados[9:12]) </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">Standard deviations: </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">[1] 1.5625489 0.9081340 0.8302286

0.2108412 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<br>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">Rotation: </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

                         <font face="Courier New, monospace">PC1     

  PC2         PC3         PC4 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">bpNormalizado     -0.5911346 

0.3843897  0.06367693  0.70622212 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">islasNormalizado  -0.5875981 

0.3965476 -0.08979227 -0.69958259 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">simpleNormalizado -0.3935477

-0.5693253  0.71687078 -0.08417327 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">tandemNormalizado -0.3878254

-0.6089854 -0.68846124  0.06891572 <br></font><br>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">>

summary(prcomp(genesNormalizados[9:12])) </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">Importance of components: </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

                          <font face="Courier New, monospace">PC1   

PC2    PC3     PC4 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">Standard deviation     1.5625

0.9081 0.8302 0.21084 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace">Proportion of Variance 0.6104

0.2062 0.1723 0.01111 </font>

</p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none;" align="LEFT">

<font face="Courier New, monospace"><font size="3">Cumulative

Proportion  0.6104 0.8166 0.9889 1.00000 <br></font></font></p><p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none;" align="LEFT"><font face="Courier New, monospace"><font size="3">> plot(genes.pca$scores[, 1], genes.pca$scores[, 2], col = c("blue", "red")[unclass(genesNormalizados$Improntados)],  pch = c(17, 18))</font></font></p>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal; font-weight: normal; line-height: 150%; text-decoration: none;" align="LEFT"> ¿Alguna sugerencia? Muchas gracias a todos por adelantado. Un saludo Ana Rosa Cortazar.