[R-es] Contraste polinomial con dos factores con niveles no equidistantes

[Argel Gastélum Arellánez]

      Hola compañeros de la lista, qué tal.

     Los molesto con la siguiente duda: Tengo un experimento con dos 
factores A y B, cada uno de los cuales tiene los siguientes niveles (que 
son concentraciones de dos hormonas vegetales aplicadas a plantas):
niveles del factor A: 0, 0.2, 0.5, 1
niveles del factor B: 0, 0.1, 0.2, 0.5, 1
y mi variable de respuesta es continua, todo dentro del set de datos 
llamado "datos".

     Mi asesor de tesis me recomienda que en vez de aplicar una anova de 
dos factores, que mejor aproveche que los factores A y B son continuos 
en vez de categóricos, y que mejor aplique un contraste polinomial para 
analizar los datos. Como se habrán dado cuenta, los niveles de los 
factores no son equidistantes, condición que según entiendo es necesaria 
para poder codificar los mismos con la función "contr.poly".

     Investigando por la red encontré que existe una forma de codificar 
usando unas fórmulas que se pueden aplicar cuando los niveles no son 
equidistantes, y revisando la ayuda de la función "contr.poly" encontré 
el argumento "scores", que en la ayuda dice:

"scores: the set of values over which orthogonal polynomials are to be 
computed"

     Viendo esto estoy usando la función de la siguiente forma:
contrasts(datos$A) <- contr.poly(4, scores = c(0, 0.2, 0.5, 1))
contrasts(datos$B) <- contr.poly(5, scores = c(0, 0.1, 0.2, 0.5, 1))
con lo que obtengo valores diferentes a cuando uso la función sólo como 
"contrasts(datos$A) <- contr.poly(4)" y "contrasts(datos$A) <- 
contr.poly(5)". Después aplico la siguiente orden:

anova.dos.vias.contraste.polinomial = aov(respuesta ~ A * B, data = datos)

summary(anova.dos.vias.contraste.polinomial, split = list(A = 
list(AL=1,AQ=2,AC=3), B = list(BL=1,BQ=2,BC=3,BT=4)))

     Mi duda es si es correcto usar la función "contr.poly" de esta 
forma y, sobre todo, si puede ser correcto realizar los contrastes 
polinomiales de esta forma cuando los niveles de los factores no son 
equidistantes.

     De antemano muchas gracias por la ayuda.

     Saludos.

--
     Argel.